NeuronVisio

Software screenshot:
NeuronVisio
Software detaljer:
Version: 0.8.6
Upload dato: 20 Feb 15
Udvikler: Michele Mattioni
Licens: Gratis
Popularitet: 28

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

NeuronVisio forbinder med NEURON ved hjælp af den nye Python NEURON grænseflade.
Installation:
For at installere NeuronVisio skal du opfylde følgende afhængigheder
& Nbsp; * PyGTK
& Nbsp; * visuel
& Nbsp; * matplotlib
Nem installation
Den nemmeste måde at få neuronvisio er, hvis du har setuptools installeret:
easy_install neuronvisio
Uden setuptools, er det stadig temmelig let. Hent neuronvisio.tgz fil fra neuronvisio s Cheeseshop side, untar det og køre:
python setup.py installere
Dokumentation
Dokumentationen er tilgængelig i doc mappe eller online.
Quickstart
Denne kode er blot for at give en idé i, hvordan man bruger nrnvisio modul:
1. brand op en ipython konsol med pylab switch .:
& Nbsp; ipython -pylab # Hvis du ikke bruger kontakten vil du ikke se nogen graf.
2. Importer modulet:
& Nbsp; fra neuronvisio.controls importkontrol
& nbsp; kontroller = Controls ()
Når nrnvisio startes tråden er lanceret. I denne tråd hele processen nrnvisio vil ske uden at blokere konsollen.
Som en hurtig eksempel følgende kode:
& Nbsp; 1. Opretter en enkelt sektion kaldet soma
& Nbsp; 2. Indsæt et Hodgkey-Huxley kanal og en passiv ledningsevne
& Nbsp; 3. Indsæt et alphaSynapse at give en stimul.
Et hurtigt eksempel kan være følgende ::
fra Controls nrnvisio.controls import-
kontroller = Controls () # Start af GUI
fra neuron import h # At få HocInterpreter
soma = h.Section () # Oprettelse af en sektion
soma.insert (hh) # Indsættelse af en HH-kanal
soma.insert (»pas«) # indsætte en passiv ledningsevne
syn = h.AlphaSynapse (0,5, sec = soma) # synaptiske input
syn.onset = 0,5 # når at fyre
syn.gmax = 0.05 # konduktansen af ​​synapsen
syn.e = 0 # tilbageførsel potentiale
Mere eksempel i eksemplet biblioteket viser, hvordan du bruger Neuronvisio med mere kompleks model

Egenskaber :.

  • 3D-visualisering af modellen med mulighed for at ændre det runtime
  • Oprettelse af vektorer registrere alle variabler til stede i afsnittet
  • Pylab integration at plotte direkte resultatet af simuleringen
  • Udforskning af tidsforløbet af enhver variabel blandt tid ved hjælp af en farvekodet skala
  • GUI kører i sin egen tråd, så det er muligt at bruge konsollen (stærkt antydet ipython)

Krav :

  • Python

Lignende software

SLFFEA
SLFFEA

2 Jun 15

Grace
Grace

20 Feb 15

OpenMap
OpenMap

2 Jun 15

Mondrian
Mondrian

12 May 15

Kommentarer til NeuronVisio

Kommentarer ikke fundet
Tilføj kommentar
Tænd billeder!