mpiBLAST

Software screenshot:
mpiBLAST
Software detaljer:
Version: 1.4.0-pio / 1.5.0 Beta 1
Upload dato: 3 Jun 15
Udvikler: mpiBLAST team
Licens: Gratis
Popularitet: 35

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

mpiBLAST er en MPI baseret parallel gennemførelse af NCBI BLAST. Projektet består af et par programmer, som erstatter formatdb og blastall med versioner, der udfører BLAST jobs parallelt på en klynge af computere med MPI installeret. Der er to primære fordele ved at bruge mpiBLAST versus traditionel BLAST.
Første, mpiBLAST opdeler databasen over hver node i klyngen. Fordi hver node segment af databasen er mindre kan det normalt er bosiddende i bufferen-cache, hvilket giver en væsentlig hastighedsforøgelse på grund af afskaffelsen af ​​disk-I / O. For det andet giver det BLAST brugere at drage fordel af effektive, billige Beowulf klynger fordi interprocessor kommunikation krav er lav.
mpiBLAST opnår super-lineære hastighedsforøgelse i situationer, hvor databasen er for stor til at passe ind i RAM, og i nærheden af ​​lineære speedup i andre situationer. Det kræver ikke en dedikeret klynge.
Krav:

Lignende software

checkmyclones
checkmyclones

11 May 15

CodonW
CodonW

2 Jun 15

TRMiner
TRMiner

14 Apr 15

pysam
pysam

14 Apr 15

Kommentarer til mpiBLAST

Kommentarer ikke fundet
Tilføj kommentar
Tænd billeder!