Pathomx

Software screenshot:
Pathomx
Software detaljer:
Version: 3.0.0a
Upload dato: 17 Feb 15
Licens: Gratis
Popularitet: 12

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Pathomx (tidligere MetaPath) er en open source grafisk software implementeret i IPython, Qt og PyQt, designet fra bunden til at fungere som et interaktivt værktøj til visualisering og analyse af metaboliske data under GNU / Linux og andre POSIX & nbsp; drift systemer. Det blev oprindeligt udviklet til at blive brugt til behandling af metabolomik data.Features på et glanceKey funktioner omfatter støtte til import og eksport af NMR (Nuclear Magnetic Resonance) data, spektre behandling, herunder normalisering, binning og tilpasning, samt metaboliske vej visualisering og minedrift. Du vil også være i stand til at importere genomiske og metabolomics data gennem forskellige ruter til visualisering på bestemte veje.
Forskellige MetaCyc database anmærkninger er også inkluderet i Pathomx ansøgningen, blandt hvilke vi kan nævne database forening links, synonymer, samt tilknyttede veje og reaktioner. Bemærk venligst, at MetaCyc databasen stammer fra det offentlige API.
Programmet bruger den kraftfulde MetaCyc database til hurtig udforskning af komplekse datasæt, takket være Extensible og konfigurerbare plugins. Desuden bruger de numpy og Scipy biblioteker til nummer håndtering, Matplotlib for graftegning, nmrglue til NMR data import, d3.js til interaktive grafer, og scikit-lære til statistisk analyse methods.Under hætten og støttede OSesLooking under kølerhjelmen af Pathomx, kan vi mærke, at ansøgningen er bygget på IPython kommando shell. Det virker også godt under Microsoft Windows og Mac OS X-operativsystemer, for hvilke det er tilgængelig for download som præ-bygget binære pakker. Til GNU / Linux, er softwaren distribueres kun som en gzipped kilde arkiv kompatibel med 32-bit og 64-bit hardware-platforme.
Når du bruger Pathomx, skal brugerne huske på, at anvendelsen gør brug af data fra MetaCyc pathway selve databasen, som er en del af BioCyc familien. Den MetaCyc API bruges til at generere den medfølgende database, der er lagret lokalt

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

  • En helt ny drag-drop visuelle editor blev tilføjet.
  • Det giver dig mulighed for at oprette analyse arbejdsgange ved at trække værktøjer i arbejdsområdet, redigering forbindelser ved at trække data linjer mellem værktøj, og ved hjælp af visninger inline at få et overblik over aktuelle behandling.
  • Data kan blive ført til arbejdsområdet for øjeblikkelig import.
  • Den tilføjede også levende pr-værktøj fremskridt meddelelser, barer og statusindikatorer.
  • Fejl markeres med hjælpetekst (tooltips på værktøjer, når indiceret rød).

Krav :

  • Graphviz

Lignende software

OpenElectrophy
OpenElectrophy

15 Apr 15

CWC Simulator
CWC Simulator

11 May 15

SyntenyMiner
SyntenyMiner

3 Jun 15

Andre software developer Martin Fitzpatrick

Pathomx
Pathomx

22 Nov 14

Pathomx
Pathomx

8 Dec 14

Kommentarer til Pathomx

Kommentarer ikke fundet
Tilføj kommentar
Tænd billeder!