SSuMMo er et bibliotek med funktioner designet omkring iterativt ved hjælp HMMER at tildele sekvenser til taxa. & Nbsp; Resultaterne er yderst kommenterede træer med arter / slægten fordeling inden for dette samfund.
Programmer inkluderet med kildekoden omfatter værktøjer til at: -
- Byg en hierarkisk database af skjulte Markov Models - dictify.py;
- Tildele sekvenser til anerkendte taksonomiske navne - SSUMMO.py;
- Analysere den biologiske mangfoldighed, ved hjælp af Simpson, Shannon & andre methods- rankAbundance.py;
- Visualisere resultater som cladograms med en særskilt mulighed for nemt tværs sammenligne datasæt - comparative_results.py
- Konvertere resultater til phyloxml format: dict_to_phyloxml.py;
- Build html repræsentation - dict_to_html.py.
- Plot rarefaction kurver og beregne tilsvarende indeks biodiversitet
Python kildekode leveres her, på Google Code. Den forudindstillede hierarkiske database over HMM'er, samt en optimeret SQL taksonomi database (bruges til at udlede rækker hver taxon) kan downloades fra: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
For installation information, se venligst README. For brugsoplysninger, er der en wiki (ovenfor), og en foreløbig brugsanvisning er blevet tilføjet til svn stammen
Krav :.
- Python
Kommentarer ikke fundet