Biopython

Software screenshot:
Biopython
Software detaljer:
Version: 1.65
Upload dato: 1 Mar 15
Licens: Gratis
Popularitet: 140

Rating: 5.0/5 (Total Votes: 1)

Udviklet et internationalt team af udviklere er det en distribueret fælles indsats for at udvikle Python biblioteker og applikationer, som opfylder behovene i de nuværende og fremtidige værker i bioinformatik.

Hvad er nyt denne udgivelse:.

  • Bio.Phylo har nu træ byggeri og konsensus moduler, fra den GSoC arbejde Yanbo Ye
  • Bio.Entrez nu automatisk hente og cache nye NCBI DTD-filer til XML parsing under brugerens hjemmemappe (ved hjælp af ~ / .biopython på Unix lignende systemer, og $ APPDATA / biopython på Windows).
  • Bio.Sequencing.Applications omfatter nu en wrapper for samtools kommandolinjen værktøj.
  • Bio.PopGen.SimCoal understøtter nu også fastsimcoal.
  • SearchIO hmmer3-tekst, hmmer3-fane, og hmmer3-domtab understøtter nu output fra hmmer3.1b1.
  • BioSQL kan nu bruge mysql-stik pakke (tilgængelig for Python 2, 3 og PYPY) som et alternativ til MySQLdb (Python 2 kun) for at oprette forbindelse til en MySQL-database.

Hvad er nyt i version 1.63:

  • Nu bruger Python 3 stil indbygget næste funktion i stedet for Python 2 stil iteratorer '.next () metode.
  • Den aktuelle version fjernet kravet om 2to3 bibliotek.

Hvad er nyt i version 1.62:.

  • Første udgivelse af Biopython som officielt understøtter Python 3

Hvad er nyt i version 1.60:

  • Ny modul Bio.bgzf understøtter læsning og skrivning BGZF filer ( Blokeret GNU zip-format), en variant af GZIP med effektiv random access, mest almindeligt anvendte som en del af BAM filformat og i tabix.
  • GenBank / EMBL parser vil nu give en advarsel om ikke indregnede har placeringer og fortsætte parsing (forlader funktionen placering som Ingen).
  • Bio.PDB.MMCIFParser nu udarbejdet som standard (men er stadig ikke tilgængelig under Jython, PYPY eller Python 3).

Hvad er nyt i version 1.59:

  • Nye modul Bio.TogoWS tilbyder en wrapper for TogoWS REST API.
  • NCBI Entrez Fetch funktionen Bio.Entrez.efetch er blevet opdateret til at håndtere NCBI er strengere håndtering af flere ID-argumenter EFetch 2.0.

Hvad er nyt i version 1.58:

  • En ny grænseflade og parsere til PAML (fylogenetisk analyse af Maksimal risiko) pakke af programmer, støtte codeml, baseml og yn00 samt en Python re-implementering af Chi2 blev tilføjet som Bio.Phylo.PAML modul.
  • Bio.SeqIO omfatter nu læst understøttelse af ABI-filer (& quot; Sanger & quot; kapillære sekventering sporingsfiler, der indeholder kaldes sekvens med Phred kvaliteter)
  • .
  • Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; fortolkeren blev opdateret til at klare de markør linjer som anvendt i Bill Pearsons FASTA-version 3.36.

Hvad er nyt i version 1.57:.

  • Biopython kan nu installeres med pip

Hvad er nyt i version 1.56:

  • Bio.SeqIO modulet er blevet opdateret til at understøtte protein EMBL filer (anvendes til patenter database), IMGT filer (en variant af EMBL filformat, med hjælp fra Uri Laserson) og UniProt XML-filer.

Hvad er nyt i version 1.55:

  • En masse arbejde er gået i retning af Python 3 support (via det 2to3 skrift), men medmindre vi brød noget, du bør ikke mærke nogen ændringer.
  • Med hensyn til nye funktioner, den mest bemærkelsesværdige højdepunkt er, at kommandolinjen værktøj ansøgning wrapper klasser er nu eksekverbar, hvilket skulle gøre det meget lettere at ringe til eksterne værktøjer.

Krav :

  • Python 2.6 eller højere

Lignende software

BioJava
BioJava

10 Dec 15

NumPy
NumPy

12 Apr 15

Kommentarer til Biopython

Kommentarer ikke fundet
Tilføj kommentar
Tænd billeder!