Cell Elektrofysiologi Simulation Environment (CESE) er en omfattende ramme specielt designet til at udføre beregningsmæssige elektrofysiologiske simuleringer, for eksempel, simuleringer af hjerte- myocyt elektriske aktivitet.
Celle Elektrofysiologi Simulation Environment er nyttigt for simuleringer af aktionspotentialer, individuelle ioniske strømme, og ændringer i ioniske koncentrationer.
CESE er et cross-platform program, det kører på et hvilket som helst system, der har Java Runtime Environment (JRE) version 1.4 eller nyere. Den blev testet på Windows, Linux, Solaris, MacOS X, og AIX.
CESE brugere
CESE er et integreret miljø til udførelse beregningsmæssige simuleringer ved hjælp af forskellige elektrofysiologiske modeller.
På dette stadium CESE tillader oprettelse og udførelse af encellede modeller (der indeholder både Hodgkin-Huxley (HH) og Markovian aktuelle formuleringer). Modeller af elektriske aktivitet i hjertemyocytter med kildekode er inkluderet i CESE distribution. Vi håber at udvide antallet af tilgængelige modeller og tilføje visse neuronale modeller i fremtiden.
Den største styrke i CESE er i sin ensartethed & # 65533; et program interface forbliver den samme for forskellige typer af modeller. Du kan nemt skifte mellem modellerne og sammenligne simulation udgange. Modelparametre kan modificeres, udvælges til produktion og / eller fastspændes på samme, standard måde.
CESE udvider den konventionelle elektrofysiologisk betydning af "spænding klemme". Du kan klemme næsten enhver model variabel, herunder spænding (membranpotentiale), total eller individuelle ionstrømme, ioniske koncentrationer, temperatur, gating variabler osv spændeelementerne kommandoer kan være komplekse stykke-kloge funktioner, individuelt fastsat for model variabel af interesse . Dette åbner uendelige muligheder for udforskning af komplekse model adfærd.
CESE giver enkle, men effektive data visualiseringer. Simulation resultater kan præsenteres i den grafiske og tabelform former. Plots kan tilpasses, og områder af interesse zoomet.
Selvom CESE ikke er designet til at være en dataanalyse værktøj, kan du generere strøm spænding relationer (I-Vs) og beregne statistiske parametre for en given signal inden for programmet. Du kan eksportere dine data til ASCII, at Axon Tekstfil (ATF), og NetCDF formater fortsætte analysen i din foretrukne pakke.
CESE udviklere
CESE blev skabt fra grunden til at indarbejde bedste programmering praksis til rådighed for Java-udviklere, både med hensyn til brugergrænsefladen konsistens og kode klarhed og genbrug. Hvor det er muligt, CESE afhængige tilgængelige Java API'er (f.eks Java2D, JavaBeans, JAXP) for at forenkle koden.
Model skabelse kræver en række hus-føring funktioner, der skal kodes & # 65533; disse omfatter ODE integratorer, rutiner for håndtering af model parametre, sparer / genoprette model tilstand, visualisere simulering resultater mv CESE giver dig med implementering af disse rutiner dermed du kan koncentrere dig om at skrive koden til beton ionstrømmen (r), og CESE vil håndtere resten.
CESE ikke forsøger at skabe komplicerede programmering rammer på eget & # 65533; snarere, det udnytter centrale Java API'er. For eksempel er modeller er Java komponenter opfylder de JavaBeans specifikation. Vi bruger XML til at angive fastspænding kommandoer, og Java-objekt serialisering at gemme / gendanne modelparametre.
Hvad er nyt i denne version:
Kommentarer ikke fundet