Gabedit

Gabedit er en Graphical User Interface til Gauss, Molcas, Molpro og MPQC beregningsmæssige kemi pakker.
 
 Gabedit inkluderer grafiske faciliteter til at generere søgeord og optioner, molekyle specifikationer og ther input afsnit for selv de mest avancerede former beregningsmetoder Gabedit indeholder en avanceret Molecule Builder.
 
 Du kan bruge det til hurtigt at skitsere i molekyler og undersøge dem i tre dimensioner. Du kan bygge molekyler ved atom, ring, gruppe, aminosyre og nukleosid. Du kan også læse geometri fra en fil. De fleste større molekylær filformater understøttes.
 
 Gabedit indeholder en Gauss, Molcas, Molpro og MPQC Beregning Setup vinduet som giver dig mulighed for at oprette Gauss, Molcas, Molpro og MPQC job på en enkel og ligefrem måde.
 
 Gabedit indeholder en teksteditor til redigering Molcas, Molpro, Gauss og MPQC inputfiler.
 
 Gabedit kan grafisk vise en lang række Gauss, Molcas, Molpro, MPQC og (delvist) beregningsresultater ADF resultater, herunder følgende:
 
 ย ท molekylorbitaler.
 ย ท overflader mod elektrontætheden, elektrostatisk potentiale, NMR afskærmning densitet og andre egenskaber.
 ย ท Overflader kan vises i solide, gennemskinnelige og trådnet tilstande.
 ย ท Overflader kan være farvet af en særeje.
 ย ท Konturer (farvemærkede).
 ย ท Planes (farvemærkede).
 ย ท Dipol
 ย ท XYZ akser og de vigtigste akser molekylet.
 ย ท Animation af de normale tilstande, der svarer til vibrationelle frekvenser.
 ย ท Animation af rotationen af ​​geometrien, overflade, dipol, xyz og hovedakserne af molekylet.
 ย ท Animation af konturer.
 ย ท Animation af farvemærkede fly.
 
 Gabedit kan vise IR og Raman beregnede spektre. Gabedit kan generere en povray fil til geometri (atomer + obligationer, herunder brint obligationsbeholdning), overflader (herunder farvemærkede overflader), konturer farvemærkede fly.
 
 Gabedit kan gemme billedet i PPM, BMP, (JPEG) og PS-format. Gabedit kan generere automatisk en række billeder for animation (vibration, geometri konvergens, rotation, konturer farvemærkede fly)

Hvad er nyt i denne udgivelse:

• Mindre fejl er blevet rettet.
• NWChem understøttes nu.
• De indfødte Windows-spil understøttes nu.

Hvad er nyt i version 2.3.5:.

• Mindre bugs blev fastsat
• Atomer kan fastsættes i løbet af en molekylær dynamik simulering.
• Migration fra Kairo til OpenGL til at tegne geometri vinduet.
• Migration fra gtkglarea til GtkGLExt.
• parallelisering hjælp OpenMP.

Hvad er nyt i version 2.3.0:.

• Mindre bugs blev fastsat
• Brugeren kan læse orbitaler, geometri og normale tilstande fra en FCHK Gauss-fil.
• Man kan læse orbitaler fra nye Mopac aux filformat (herunder komprimerede format).
• Flere nye muligheder i XYPlot og ContoursPlot vinduer (indsæt tekst, linje, pil, billeder, nye temaer ...).
• De bindingslængder kan fastsættes i løbet af en MD simulering.
• Delvis optimering er nu muligt med MM potentiale.
• Implementering af et værktøj til at forudsige masserne og mængderne af de isotoper for en given molekyle. Implementering af et værktøj til at beregne elektrofile, nukleofile og radikale modtagelighed for et molekyle.

Hvad er nyt i version 2.2.0:

• Mindre bugs blev fastsat
• Alle geometriske ændringer kan fortrydes og redone bruge Fortryd og Annuller fortryd (u / U eller Ctrl z / Ctrl y)
• Brugeren har fuldstændig kontrol over de obligationer, der vises i en tegning.
• Tegningen af ​​molekylet atom for atom er blevet forenklet.
• Tegningen af ​​molekylet fragment af fragment er blevet forenklet.
• Gabedit læste connectivities fra gabedit, Hin, FBF mol2 og mol filer.
• Brugeren kan indstille værdien af ​​afstanden, bond vinkel og toplansvinkel.
• en molekylær dynamik konformationel søgning implementeres ved hjælp af en MM potentiale (Amber 99).
• En Molekylær dynamik konformationel søgning implementeres ved hjælp af en semi-empiriske metode (fra Open Mopac eller PCGamess).
• Migration fra GDK tegning funktioner Cairo:. Cross-anordning Rendering for Vector Graphics
• Cairo bruges nu til XYplot gabedit widget (brugt af gabedit til draw spectrums).
• Cairo bruges nu til geometrien tegning vindue.
• Geometri kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil.
• Kurverne af XYplot vinduet kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil.
• Nyt værktøj til beregne afstanden mellem 2 punkter på XYPlot vinduet. & Quot; shift-knappen & quot Kontrol +; kan bruges til at gøre en zoom på XYPlot vindue.
• Den nye version af PCGamess (ildflue) understøttes nu

Hvad er nyt i version 2.1.13:

• Mindre bugs var fixe
• en molekylær dynamik konformationel søgning implementeres ved hjælp af en MM potentiale (Amber 99).
• En Molekylær dynamik konformationel søgning implementeres ved hjælp af en semi-empiriske potentiale (ved hjælp MOPAC eller PCGAMESS).
• Man kan optimere geometrien interaktivt ved hjælp MOPAC eller PCGamess semi-empiriske metode, fra Draw vinduet Geometry
• Migration fra GDK tegning funktioner Cairo: Cross-anordning Rendering for Vector Graphics. Cairo er nu bruges til XYplot gabedit widget (brugt af gabedit til draw spectrums). Cairo er nu brugt til geometrien tegning vindue.
• Geometri kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil. Kurverne i XYplot vinduet kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil.
• Nyt værktøj til beregne afstanden mellem 2 punkter på XYPlot vinduet. & Quot; Ctrl + venstre knap & quot; kan bruges til at gøre en zoom på XYPlot vindue.
• Den nye version af PC gamess / Firefly understøttes nu

Krav :

• gtk +