InterMine

InterMine giver adgang rutiner til datawarehouses drevet af InterMine teknologi.
InterMine er en kraftfuld open source data warehouse system. Brug InterMine, kan du oprette databaser over biologiske data tilgås af avancerede web forespørgsel værktøj. Parsere leveres til integrering af data fra flere almindelige biologiske formater, og der er en ramme for at tilføje dine egne data. InterMine omfatter en attraktiv, brugervenlig web-interface, der fungerer 'out of the box ", og kan nemt tilpasses til dine specifikke behov.
Alle InterMine kode er frit tilgængelig under LGPL licensen

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• Sammenkædning ind på InterMine:
• Der er flere nye måder at link i din Mine. Se links til yderligere oplysninger.
• Web service-JSON formater:
• Der er flere nye webservicen resultater formater. Vær med jsonobjects der udkom i 0,95, har vi nu JSON formater til stort set alt andet:
• Resultater:
• jsonrows - tabelform repræsentation af data med ekstra metadata
• & quot; jsontable & quot; . - Container format til opbygning indlejrede skabeloner (se: imbedding tutorial)
• & quot; count & quot; og & quot; jsoncount & quot; - Formater for blot at modtage optælling af en forespørgsel
• Webservice meta-data (Model og skabeloner):
• & quot; JSON & quot; - Let fortolkelig versioner af datamodellen og tilgængelig skabelon liste
• Authentication arbejder nu i Perl Webservice Bygherre:
• Brugere af Perl Webservice klient har nu programadgang til deres lister og private skabeloner. Du skal blot give dine login oplysninger til kunden for at få adgang til din konto (dine oplysninger sendes i krypteret format). Denne funktion vil samarbejde med alle miner med webservices, ikke kun dem på 0,96 og derover.
• Object Resultater med webservice klienter:
• Perl og Java klienter er i stand til at få resultater tilbage som objekter (JSON objekter, eller i Perl, oppustet op til fuld resultat objekter). Dette forenkler nogle komplekse databehandling problemstillinger, og beskæftiger sig med ydre slutter og samlinger.
• Indlejrede tabeller:
• Du kan nu indbygget integrere datatabeller fra enhver minen med en understøttende webservice i dine websider med JavaScript og CSS. Se imbedding tutorial for en demonstration og en introduktion til denne teknik. Vær sikker på at lege med den nye JavaScript-biblioteket findes på http://www.intermine.org/lib/imbedding.
• Registry:
• Vi har lanceret en central registrering service for InterMine implementeringer. Dette vil ikke kun tjene som en & quot; Yellow-sider & quot ;, der gør det muligt besøgende til at opdage nye data-kilder, og fremme interoperabilitet mellem minerne selv, men det understøtter også de webservices ved at give et register over webservicen webadresser og versioner. Besøg registreringsdatabasen på http://www.intermine.org/registry, og om hjælp til at registrere din egen mine, besøg RegisteringYourMine.
• Link Omdirigeringer:
• Du kan tilføje en til at have links i resultaterne sider omdirigerer til enhver webadresse. Se LinkRedirects for mere information.
• Hjemmeside indhold:
• Hjemmesiden for InterMine kan nu konfigureres til at vise forskellige oplysninger baseret på, hvorvidt brugeren er nyt. Se HomepageConfig for instruktioner om, hvordan du konfigurerer denne adfærd.
• Nyt tag:
• Vi har tilføjet et nyt tag: im: admin. Hvis du mærker en skabelon med im: admin, vil det ikke blive vist i din webapp. Dette er nyttigt til at skjule skabeloner brug af InterMine s webservices fra dine brugere. Se Tagging for en liste over alle tilgængelige mærker.
• List upload:
• Listen upload-processen er blevet forbedret.
• Andre ændringer:
• UPDATE - strengere flere hypotesetest korrektion på berigelse widgets. & Quot; Antal test & quot; er nu antallet af vilkår knyttet til referencelisten.
• UPDATE - mere nyttige filterindstillinger på berigelse widgets
• NEW - Holm-Bonferroni option tilføjet til berigelse widgets
• UPDATE - nye & quot; slette & quot; knappen på lister side
• Opdater - interaktioner displayer indlæses via AJAX så rapportere side belastninger hurtigere
• FIX - & quot; score & quot; billeder vises korrekt på søgeresultater
• UPDATE - QueryBuilder mere interaktiv, vælge et emne på listen vil tage dig tilbage til det oprindelige element efter side opdateringshastighed / reload
• UPDATE - link tilføjet til kolonne resumé på forespørgsel resultater, hvilket gør det lettere at se forskellige værdier
• FIX - login bug om blandet case brugernavne
• FIX - widget bug, når du ser efter eksporten widget data
• NEW - skabelon forespørgsler bestilles efter popularitet, med mindre du er logget ind, i hvilket tilfælde de er bestilt inden den dato, hver forespørgsel sidst blev kørt
• fix - data ikke gentages i & quot; diverse & quot; afsnit om rapportsider
• fix - skabeloner, der vises korrekt på rapporten side selv for underklasser
• FIX - skabeloner korrekt gengivelse på aspekt sider
• UPDATE - opdateret BioGRID konverter til at håndtere ændringer i nyeste datafiler
• FIX - forskellige & quot; guld & quot; tema CSS og billeder forbedret og opdateret
• FIX - tråd sikkerhedsproblem behandles i template sporing
• UPDATE - table widgets kan gruppe ved en attribut samt en klasse

Krav :

• Python