MacMolPlt

MacMolPlt er et Kemi visualisering værktøj, der kan bruges til at bygge molekyler med en integreret grafisk modelbygger, skabe input filer til gamess beregningsmæssige kemi program, og derefter visualisere resultaterne af beregningsmæssige kemi kørsler. Funktioner omfatter en høj kvalitet 3D-visning, animationer af normale tilstande og reaktionssekvenser og output til en række forskellige formater, herunder billeder i høj kvalitet og QuickTime og Flash-film.

• Input hjælp:
• MolPlt filformat udstanset af gamess
• ved at indsætte i retvinklede koordinater fra enhver gamess eller Gaussisk logfil
• enhver gamess input, log eller irc fil
• Xmol stil XYZ fil
• Molden format filer
• Protein Data Bank (FBF fil)
• Kemisk Markup Language (CML) filer
• Byg grafisk med en interaktiv molekyle editor
• Byg i hånden med retvinklede eller Z-Matrix stil interne koordinater
• 3D visning af struktur og Normal tilstand
• Animation af den normale form.
• 3D real-time rotation og translation under styring af musen
• Beregning af enhver Z-matrix parameter
• Visuelt foranstaltning / display afstande, vinkler og dihedrals.
• Automatiseret oprettelse af lineære mindste bevægelse (LLM) stier
• 2D og 3D beregning og visning af:
• molekylorbitaler (AO s, Mos eller LMO s)
• I alt elektrontæthed
• densitetsforskelle
• Molekylær Elektrostatisk Potentials (MEPMaps)
• Grundlæggende inddatafil generator til gamess
• OpenGL bruges til høj kvalitet 3D rendering
• Støtte til molekylær symmetri
• Generer symmetri afhængige atomer
• Bestem symmetri unikke atomer
• Automatisk bestemme liste over understøttede punktgrupper for et sæt koordinater.
• Roter koordinater i den korrekte princip orientering
• Display symmetri operatører for mange punktgrupper
• Offentliggørelse kvalitet output (farve eller sort og hvid) via direkte udskrivning eller kopiere og indsætte i et andet program.
• Output i en række forskellige former, herunder Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash Film og QuickTime-film.

Hvad er nyt i denne udgivelse:

Flere forbedringer er foretaget til displayet kode. Valg er blevet tilføjet til 3D rude i prefernces for glat skygge med og uden skygger.
Lagt rudimentær støtte til MOPAC filer.
Tilføjet mulighed for at skifte synligheden af ​​ab initio, MM, og EFP-atomer.
Forbedret understøttelse af Model Core potentialer.
Tilføjet en krog i input bygherre for det nye gamessq program.
Forbedret FBF fil parser.