RAPTOR

RAPTOR er en innovativ software designet til præcis proteinstruktur forudsigelse. Den kombinerer avancerede analyseværktøjer i en integreret softwareløsning og giver tre forskellige threading metoder. RAPTOR unikke heltal programmering optimering tilgang er mest effektiv til at finde struktur skabeloner af målene med lav sekvenshomologi og er i stand til at generere modeller af høj kvalitet. Den er nem at bruge interface og nem at forstå E-værdier er ideelle for begyndere og eksperter. Frem for alt, den intuitive display af produktionen giver brugerne mulighed for at forstå de resultater, blot på et øjeblik. Givet et målprotein sekvens, hvis der er et homologt protein med kendt 3D-struktur, det kan findes ved hjælp af sekvens søgeredskaber ligesom PSI-BLAST, også tilvejebragt i RAPTOR. Målets struktur er derefter bygget fra den kendte struktur; Men når sekvenshomologien er ikke signifikant, dvs. mindre end 25%, kan PSI-BLAST ikke komme med en selvsikker hit. I modsætning til PSI-BLAST, der blot gør en sekvens søgning, protein gevindskæring, fold anerkendelse, gør brug af både homologi og struktur oplysninger. Det scanner proteinsekvensen med et ukendt struktur mod en database over kendte strukturer. Ved at anvende en scoringsfunktion og ledelse kompatibilitet analyse mellem tredimensionale strukturer og lineære proteinsekvenser, vil den bedste strukturelle skabelon identificeres ud fra at bygge sekvensen struktur. Som et resultat, protein gevindskæring giver en overlegen forudsigelse end homologimodellering når der er marginal sekvenshomologi

​​ Begrænsninger :.

Begrænset funktionalitet