Marvin

Marvin Projektet tilbyder en samling af Java-værktøjer til at tegne, visning og karakterisere kemiske strukturer, underkonstruktioner og reaktioner.
Marvin kan nemt installeres på dit skrivebord og problemfrit integreres i websider og tredjeparts applikationer via sin Application Programming Interface (API).
Den Marvin familien består af følgende værktøjer:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets eller bønner?
Marvin fås i to pakker afhængig af brug:
* Marvin Applets for web-udvikler
* Marvin bønner til apoteket skrivebordet og for software udvikler.
Marvin Applets er værktøjer til at bygge kemiske websider, der er kompatible med de fleste browsere (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) De tilbyder adgang fra / til JavaScript og kan tilpasses af applet parametre.
Marvin Bønner er nemt installeres applikationer til desktoppen og redskaber til at integrere Marvin kapaciteter i enhver Java-program

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• MarvinSketch:
• søgning Offentlig database i chemicalize.org.
• Mulighed for at ændre ligand orden i MarvinSketch.
• Fog-effekt kan styres på forskellige måder:
• Der er en skyder på fanen i dialogboksen Indstillinger i Sketch / View GUI for at indstille styrken af ​​tåge-effekt, og et afkrydsningsfelt for at slå den automatiske tåge-effekt Display.
• Applet og bønner parametre introduceres: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum emne).
• Montering til en gruppe fastgørelsespunkt ikke automatisk opdele det Sgroup længere.
• Bestemmelse af S-gruppen indhold:. Flere og generiske S-grupper til at indeholde hele delgraf mellem obligationerne krydser beslagene
• Opdatering af S-gruppen, indhold, hvis beslag positioner forandring: enten beslag eller strukturen flyttes
.
• S-gruppen indlejring og overlap kontrolleres ved molekyle overensstemmelseskontrol.
• Smarts import understøtter alifatiske carbonatomer med dobbeltbinding (forum emne).
• SMILES import / eksport understøtter allener.
• Generer traditionelle navn for fragmenter inde i en større forbindelse (f.eks & quot; dextromethorphanhydrobromid & quot;).
• Understøttelse af CAS nummer konvertering.
• Forbedret OCR fejlkorrektion i DocumentExtractor (manglende kommaer, misrecognized parentes typen, ekstra mellemrum, ...).
• Document Extractor i PDF-dokumenter giver nu sidetallet hits.
• Forbedret støtte til almindelige navne i struktur-til-navn og navn-til-struktur. Den generelle støtte til navn import steg med omkring 5% for blød og 10% for systematiske navne. Konvertering hastighed øges med omkring 20%.
• JChem og Marvin Beans installatører til Windows også udtrække shell script til cygwin.
• Bevar exocycyclic grupper i Bemis-Murcko rammer.
• Halogen kan have mere end én forbindelse under tælling.
• Aromatiske obligationer betragtes under beregning af antallet af dobbeltbindinger for homologi ejendom kontrol.
• Lasso markeringstilstand kan indstilles til at være standard i MSketchPane (forum emne).
• En ny funktion, isChiral er blevet tilføjet til TopologyAnalyzer.
• New chmical Vilkår funktioner: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Fejlrettelser:
• Navn kassen blev ikke opdateret efter gruppe skabelse, fordi at oprette en gruppe ikke steg graf invariant forandring count (forum emne).
• MarvinSketch ansøgning forstod ikke & quot; - {navn} & quot; kommandolinje parameter.
• Når Struktur & gt; Find strukturere online menu blev påberåbt under Linux, kunne standardbrowser ikke påvises at vise resultat (forum emne).
• belastning af isotopes.data filen fra java cache mislykkedes hvis dens ukomprimerede version blev gemt i cache (dvs. hvis dekomprimeringen blev gjort automatisk af webserver, og ikke af Marvin). Forum emne, dokumentation.
• grafiske objekter ikke vises i Geometry Plugin resultat vindue.
• På elektron-flowpilen blev den blå boks til at fremhæve forpasset (forum emne).
• ligand ordre blev ikke vist på stilladset, hvis definitionerne blev slettet, selv om & quot; altid & quot; display option blev fastsat til & quot; Ligand ordrer og quot; på indstillingsdialogen.
• Indeks for multicenter atom blev korrupt efter eksporten til MDL Mol format, hvis det var forbundet med en R-gruppe.
• Pil holdt sig til rektangler blev beskadiget under MRV import / eksport (forum emne).
• Import af 1 bogstaver peptid mislykkedes på en enkelt histidin (forum emne).
• Implicitte hydrogenatomer manglede ved at importere fra SKC.
• Null ejendomsværdiskat af MolAtom ikke eksporteres / importeres i MRV-format.
• Ved at importere visse SMARTS blev forkert obligation, bestemt i stedet for enkelt eller aromatisk binding.
• Visse konsoller importeret fra CDX-filer trukket i ChemDraw blev vist i den forkerte retning.
• Smarts eksport:. 1-atom enkelt obligation nabo en aromatisk ring blev eksporteret som enkelt obligation i stedet for enkelt / aromatiske
• Eksport af forespørgsler med link node og R-grupperne i SMARTS format var forkert.
• H atom håndtering var tvetydig i kløgt udtryk.
• Mol fil kommentarfeltet import mislykkedes.
• Import af visse SMIL var forkert (forum emne).
• Hvis skabelonen indeholder en kæde del, som kan være placeret i målet som en del af en ring (eller ringsystem) vi skal ignorere, at en del af skabelonen.
• Fin med Hydrogenize mulighed for Clean3D ikke opdele S-grupper automatisk (forum emne).
• Molecule.contractSgroups () skabt op molekyle koordinater (forum emne).
• Eksplicitte hydrogenatomer ikke blev taget behørigt hensyn til i cis / trans stereokemi beregning.
• tautomeren generator kastede ArrayIndexOutOfBoundsException i nogle tilfælde.
• Homologi tælling produceret inkonsistente molekyler for nogle VMN input.
• Forkert afgift tælle efter anvendelse CovalentCounterion fixer.
• Loggen output format StructureChecker kommandolinje afveg fra output format i guiden.
• ChiralFlagErrorChecker ikke håndtere kiralitet korrekt. I stedet for at beregne chiralitet fra paritetsdata, det brugte en implementering baseret på isChiral metode TopologyAnalyser.

Hvad er nyt i version 5.4.0.1:

• Highlighting af elektron flow pile var galt, når bunden eller slutpunkt var en obligation (forum emne).
• Serialized konfigurationsmenuen virkede ikke.
• Indekset for den multicenter atom blev ukorrekt oprettet under MDL MOLFile eksport i tilfælde af konstruktioner, hvor R-gruppen var forbundet til multicenter atom (position variation obligationer).
• Implicitte hydrogenatomer manglede fra atomerne efter import eller pasta af strukturer i ISIS / Symyx Sketch filformat (SKC filformat).
• CDX filer, herunder roterede grafiske objekter, der eksporteres fra gamle versioner af ChemDraw kunne ikke importeres.
• tautomeren beregning
• Generisk tautomer var ikke enestående nok i nogle tilfælde. På grund af den rettelse, er det generiske tautomeren forudsat aromatisk form.
• beregning Canoncical tautomer er blevet forbedret som følge af rettelsen af ​​afaromatisering.
• Visse strukturer med eksplicitte hydrogenatomer forbundet med kile obligation gav en undtagelse under generisk tautomerisering.
• beregning Volume manglede fra cxcalc.
• Struktur Checker kastede NullPointerException stedet for at ignorere forkert konfigurationsfil.

Hvad er nyt i version 5.1.03.2:

• IUPAC Navn import: konvertere IUPAC-navne til strukturer.
• OLE 2 support:. Forbedret understøttelse af klistre MarvinSketch objekter i MS Office-dokumenter
• Kemiske regler:. Til rådighed fra Marvin i kommandolinjen, API og kan bruges i Java-scripts (i applets)
• Accelerated initialisering af MarvinSketch og MarvinView ved start, både som enkeltstående version, og som gennemført komponent i andre programmer.

Krav :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment