FlexS forudsiger kropsbygning og orienteringen af en af liganderne i forhold til den anden. I FlexS antages reference ligand at være stive, således, bør den gives i en konformation, som svarer til den bundne tilstand. Den superposition algoritme i FlexS kræver kun lidt manuel indgriben. Du kan integrere denne viden i beregningerne med FlexS ved at udføre enkelte trin manuelt. Således er FlexS designet til interaktive arbejde ligandpar samt for ligand-baserede virtuelle screening. De to vigtigste anvendelser af FlexS er ligand super positionering (f.eks. For CoMFA / QSAR) og virtuel screening. Hvis du har et protein og et lille molekyle binder til det (såkaldte henvisning-ligand), men ingen struktur af proteinet, kan du tage referencen struktur som en negativ fingeraftryk af det aktive site. FlexS bestemmer ligheden mellem testen og henvisningen struktur ved at tilpasse dem. I virtuel screening, har du en henvisning-ligand og et sæt af forbindelser, og du er interesseret i at prioritere forbindelserne til eksperimentel test.
Kommentarer ikke fundet