Arabidopsis Motif Scanner (AMS) er et Windows-program, der kører på lokale computere. Den blev udviklet til at bygge gen netværk ved at identificere holdninger cis-regulerende elementer i modellen plante Arabidopsis thaliana og ved at give en nem brugerflade til at vurdere og evaluere gen relationer. Dens største innovativ funktion er at kombinere de cis-regulatoriske element positioner, NGS og DNA-chip Arrays udtryk data, Arabidopsis anmærkninger og gen interaktioner til identifikation af gen-netværk reguleret af transkriptionsfaktorer. I undersøgelser med fokus på transkriptionsfaktorer funktion, softwaren bruger udtrykket data og bindende websted motiver i de regulative genregioner at forudsige direkte målgener. Derudover AMS anvender DNA-protein og proteinprotein interaktion data til at lette identifikationen af de metaboliske veje reguleres af transskription faktor interesse.
Kommentarer ikke fundet