Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Alignment Search Tool er i kort BLAST er et sæt af lighed søgning programmer designet til at udforske alle de tilgængelige sekvensdatabaser uanset om forespørgslen er protein eller DNA.
Den bruger en heuristisk algoritme, der søger lokale i modsætning til de globale justeringer, og er derfor i stand til at opdage sammenhænge mellem sekvenser, som kun deler isolerede regioner lighed.
Det kan køres lokalt som en fuld eksekverbar, og kan bruges til at køre BLAST søgninger mod private, lokale databaser, eller downloades kopier af NCBI databaser. Det kører på Mac OS, Win32, Linux, Solaris, AIX, SGI, Compaq OSF, og HP-UX-systemer

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• Forbedringer:
• Udvidet dokumentation, indeholder forenklede opsætningsvejledning, tilgængelig på http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Tilføjet understøttelse af hard-maskering af BLAST databaser.
• Forbedre ydeevne makeblastdb for FASTA indgang med et stort antal sekvenser, forbedre fejlkontrol.
• Tillad Bedste Hit muligheder og XML formatering for Blast2Sequences tilstand
• Tillad flere query sekvenser for psiblast.
• Tillad specifikation af enhver sekvens multipel sekvensalignment som master med -in_msa psiblast argument.
• Tilføj en valgfri -input_type argument at makeblastdb.
• Tilføjet understøttelse af forespørgslen og emne længde til tabelform output.
• Ydelse af -seqidlist argument forbedres.
• Det mindste af det antal beskrivelser og justeringer anvendes nu til tabelform og XML output (i overensstemmelse med den adfærd, de ældre blastall applikationer).
• Fejlrettelser:
• Makeblastdb og blastdbcmd problemer med parsing, opbevaring og hentning sekvens id'er.
• Manglende underlagt identifikatorer i tabelform output.
• Blast_formatter ignorerer -num_alignments og -num_descriptions
• Blast arkiv format kunne reddes forkert med flere forespørgsler.
• Blast_formatter etableret et unødvendige netværksforbindelse.
• Blast_formatter ikke gemme maskering oplysninger korrekt.
• Rpstblastn kan gå ned, hvis du søger mange sekvenser.
• Indekseret megablast ville ikke køre i multi-threaded tilstand.
• Query titel i PSSM spares ved psiblast ikke blev gemt.
• Mulig manglende køre i multi-threaded tilstand med flere forespørgsler eller store databasesekvenser.
• TBLASTN kører med database maskering kan gå glip af kampe.
• Afskåret output for sekvens indgang med ekstra mellemrum i defline
• Problem med MacOSX binære på MacOSX 10.5

Hvad er nyt i version 2.2.24:

• Introducerer BLAST Archive format for at tillade omformatering af stand- alene BLAST søger med blast_formatter.
• Det tilføjer understøttelse af oversatte emne blød maskering ved eksplosionen databaser.
• Det tilføjer støtte til BLAST Trace-back transaktioner (btop) output format.
• Det tilføjer kommandolinjeflag til blastdbcmd til notering tilgængelige BLAST databaser.
• Forbedret ydeevne formatering af fjerntliggende BLAST søgninger. Bruger en konsekvent exit kode for ud af memory forhold.
• En rettelse til en fejl i indekseret megablast med flere rum-separeret BLAST databaser.

Hvad er nye i version 2.2.19:

• BLASTDB miljøvariablen Den understøtter nu flere database søgeruter . Når det er muligt, er et mindre protein opslagstabel bruges til at forbedre ydeevnen.
• formatrpsdb understøtter nu oprette databaser større end 2G.
• seedtop understøtter nu søgninger med geografisk betegnelse lister.
• X3 værdi for BLASTN / megablast blev rettet.