Gephi

Gephi er et værktøj til at importere, udforske, manipulere, analysere, filter, clusterize, spatialise og eksport store grafer og netværk

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• Denne udgivelse fokus på nye funktioner til både brugere og udviklere, og den nye licens låser muligheder for erhvervslivet. Rangordningen og preview-moduler er blevet fuldstændig omskrevet på en modulær måde, og kan nu udvidet med plug-ins! Eksempel kan nu udvides på mange måder, for eksempel gruppe figurer eller kant bundling. Desuden er der foretaget løbende fremskridt på den dynamiske netværksunderstøttelse, og vi frigiver i dag den sidste store del: statistik over tid, tilgængelig fra Statistics modulet, når netværket er dynamisk. Tak til brugere, der rapporterede fejl, det er den eneste måde at løse dem.

Hvad er nyt i version 0.7 Beta:

• Nye funktioner:
• Ny data Laboratory (Manipulere kolonner, Søg / Erstat, Flet, Minidiagrammer ...)
• Longitudinal netværk visualisering, topologi ændrer sig over tid, samt attributter
• Tidslinje nu fungerer korrekt, vises automatisk, når grafen er dynamisk, at enkelt knap aktivere filtrering
• Vis / Skjul etiketter fra filtre - kan nulstilles ved 'Nulstil Visible indsats (til venstre for grafen vindue)
• Display kant vægt som etiketter på visualisering
• Ny StAX- GEXF importør og eksportør, med hierarki og dynamisk support
• New List / Arrays attribut typer. Kan kun importeres fra GEXF for nu.
• NOT Operator (Filtre)
• MASK Operatør (Filtre) - holde kanterne ifølge kilden / target / både / nogen - kan nemt få naboer i et sæt af knuder
• Samkopier Filter - Flad en hierarkisk grafen til den synlige visning, transformere meta-kanter til normale kanter
• Ny Giant Component Filter
• Time Frame import, ny mulighed i 'Import Report "for at importere successive statiske filer og forvandle sig til dynamisk
• Zoomskyder i visualisering muligheder
• 'Importer manglende knuder' mulighed i import rapport - vælg, om du vil oprette dem eller ej
• Indstil størrelse til "Reset Size indsats, ved at højreklikke på knappen reset størrelse
• Få grad kolonne fra Ikke-styrede, grafer
• Statistik rapporter nu gemt i Gephi projekter
• Ny 'rescale Vægt' muligheden i Billedfremviser, for at tvinge vægten ser det samme som Oversigt
• Ny 'Original' muligheden for kanter farve i Billedfremviser, holder den oprindelige kant farve, der kommer fra Partition for eksempel
• Kopier og flytte noder til nye eller eksisterende arbejdsområde
• Nye forhåndsvisning presets
• Lokalisering er nu muligt, og ændre sproget fra Gephi
• Når parallelle kanter findes under import, er det nu øger vægten af ​​kanten som standard
• Mulighed i Ego Filter til også at omfatte den forælder node eller ej
• Meta-kanter har nu en separat skala skyder i Visualisering indstillinger, ændre, hvor tykke de er sammenlignet med normale kanter
• Ranking og Partition liste over attributter er nu sorteres
• Ranking nu opdaterer sig selv med filtrerede grafer. Hvis du klikker på Anvend, vil genopfriske grænser og transformation (farve, størrelse) er korrekt
• Det er nu muligt at trække et filter sub query til at blive en vigtigste forespørgsel
• Med dynamiske egenskaber, vil Ranking, Partition, Visualisering og filtre bruge til at finde værdier det aktuelle tidslinje interval
• Edge vægt kan være dynamisk, type DYNAMIC_FLOAT. Kraft Atlas layout vil bruge den aktuelle tidslinje interval
• Filtre opdateres, når grafen ændres, vises den aktuelle filter reexecuted
• Lokalisering er nu muligt, fransk og spansk vil snart være tilgængelige
• Fejlrettelser:
• Forkert kant fjernet fra Edge Vægt filter (bug 603469)
• Filtrering med konvekse skrog vist (bug 541819)
• NullPointerException når filtrering styrede grafer (bug 571153)
• NullPointerException på import af dynamisk graf (bug 581872)
• gtk + skyderen problem (bug 529913)
• Meta-kanter vises ikke (bug 584283)
• Eksempel ikke vise meta-kanter (bug 584289)
• Fejl med Yifan Hu Multilevel Layout på en filtreret graf (bug 594643)
• Node Size tilstand og Filter paramaters ikke spare på projektet (bug 596430)
• Memory Leak i GEXF / GraphML Parser (bug 596872)
• Forkert gensidig kant vægt på Billedfremviser (bug 610469)
• Progress vises ikke, når du åbner / besparelse projekt (bug 594644)
• Kan ikke annullere et projekt åbning (bug 616415)
• Langsom på plukke en partition post (bug 519549)
• EdgeList Database Configuration gemmes ikke (bug 571263)
• 'start' og 'ende' attributter mangler ved eksport dynamisk GEXF (bug 521848)
• Partition & quot; alle sorte & quot; Funktionen tilfældig rækkefølge farver (bug 601066)
• Filtreret graf ikke eksporteres med & quot; Vælg & quot; trykket (bug 573685)
• Partition Indstillinger i Filter ikke gemt på skifte arbejdsrum (bug 616052)
• Åbning Arkiverede ZIP-filer er brudt (bug 578876)
• Undtagelse på at klikke på "hierarki", mens den kører flere layout (bug 631663)
• GraphML importør ikke importerer node etiketter data (bug 581629)
• Kan ikke gemme / gemmer som når du åbner en Gephi af DoubleClick en graf i Windows (bug 583397)
• ForceAtlas og Fruchterman Reingold ikke layoute med meta-kanter (bug 584286)
• Memory Leak i Graph Distance (bug 587450)
• NullPointerException ved udførelse & quot; egenvektor Centrality & quot; Statistik (bug 589731)
• NullPointerException når du skifter mellem arbejdsrum, mens et layout kører (bug 597458)
• Kan ikke trække et filter sub-query til at blive en rod forespørgsel (bug 626495)
• Ranking parametre igen initialiseres ved hver ny rangordning (bug 594231)
• Ranking ikke opdateres, når grafen filtreret (bug 632459)
• Node usynlig (for lille), når oprettet med node blyant (bug 574807)
• Fejl ved åbning Plugin Center (bug 616829)
• Kan ikke vælge Postgresql driver i indstillinger database import (bug 595223)
• Kan ikke vise kant vægt som tekst (bug 603134)
• Importer forvandle til ikke-styrede ikke fusionere vægt (bug 603478)
• Højreklik på arbejdsområdet efter sletning af en node kaster & quot; node kan ikke være null & quot; (Bug 605947)
• In / Out grad metriske virker ikke med ikke-styrede grafer (bug 606305)
• NullPointerException når du vælger & quot; - Vælg et Layout & quot; i Layout ComboBox (bug 606964)
• Workspace Selection undladt at opdatere efter lukketid arbejdsområde (bug 616814)
• Visualisering valg farve inversion mellem »out" og "både" farve (bug 618726)
• 'Format' ikke genkendt på DL import (bug 619069)
• Rediger vinduet ikke skjult på faner (bug 552494)
• dynamisk graf genkendt, hvis evige noder (bug 555637)
• FileNotFoundException under lagring af PDF-fil (bug 572876)
• & quot; Node skal være i grafen & quot; fejl, når du importerer en hierarkisk graf med højde større end 1 (bug 577180)
• Auto-skalaen vender grafen (bug 577843)
• Umuligt at annullere Gennemsnitlig Stilængde Statistik beregning (bug 590226)
• Eksempel forholdet ikke tilgængelig på første gang (bug 594176)
• Standard udvalg af Nodes i data Laboratory nødvendigt (bug 594515)
• & quot; CommandLineParsing null & quot; meddelelse, når fejl ved åbning fil fra kommandolinjen eller desktop (bug 594630)
• Kan ikke importere den samme fil to gange i Welcome vindue (bug 598157)
• CSV-fil eksport problem (bug 598767)
• Kan ikke lukke projektet, når genererer en graf (bug 631341)
• Visualisering størrelse begrænsning (bug 602470)
• to eksemplarer etiket i filter vindue (bug 604003)
• Skillevægge ikke opdatere, når du åbner ikke projekt fra Oversigt (bug 612902)
• z-koordinat ikke eksporteres i GraphML (bug 614606)
• Forkert node positioner ved indstilling X eller Y til nul (bug 615844)
• Valgte filter forespørgsel ikke er korrekt opdateret i UI (bug 626483)
• Eksport til pdf baggrund er altid hvid (bug 583386)
• SVG-filer ikke er anført i dialogboksen Eksporter (bug 626394)
• Forkert node størrelse, når Ranking har samme min og max størrelse (bug 631689)
• Læs positioner fra dot-filer (bug 594793)
• Placering og Partition parametre a- ikke bestilt (bug 594520)
• Node Degree ikke i Label Text indstillinger (bug 598170)
• Forkert mappe valgt i Export Panel ved skift filtypen (bug 620337)
• Generering af en graf på en tidligere indlæst ikke-orienteret graf (bug 624671)
• Forkert slagtilfælde vægt, når SVG importeres i Illustrator (bug 626378)
• Filtrering ikke opdateres, når sub-forespørgsler, der er eller fjernes (bug 594511)
• Fejl på PDF-eksport, når etiketterne har skriftstørrelse nul (bug 626865)
• Tekst vises ikke i Billedfremviser (bug 627567)
• Kanter native farve vises ikke i Billedfremviser (bug 586237)
• Edge vægt skala er forskellig mellem Graph og Billedfremviser (bug 569329)
• Negative kanterne ikke gengives i Billedfremviser (bug 628223)
• Edges vægt ikke fusioneret med parallelle kanter (bug 648600)
• Partition filter filtrerer automatisk null værdi (bug 648600)
• Undtagelse ved åbning projektfil (bug 648617)
• Ego Filter omfatter ikke knude selv (bug 649908)
• PDF Export kun med standard skrifttype (bug 651273)
• Nodes ikke markeret, efter at slukke Selection på Filter Panel (bug 649920)
• API:
• Tilføj en flatten () metode til at HierarchicalGraph at flade det hierarkiske graf og omdanne meta kanter til regulære kanter.
• Tilføj ødelægge (Filter filter) i FilterBuilder at modtage besked, når et filter forespørgsel fjernes og oprydning.
• Tilføj MetaEdgeBuilder i Graph SPI til at tillade brugerdefinerede bygherrer. Tilføj GraphSettings.setMetaEdgeBuilder () i grafen model indstillinger.
• Rediger StatisticsModel at gemme rapporter direkte i stedet for Statistics instans. Som følge heraf har modellen nu et getReport () og en getResult () metode, UI kan bruge. De aktuelt kørende statistik kan nu komme med en ny getRunning () metode.
• Forenkle og forbedre attribut events ledelse. Begivenhed lyttere nu abonnere direkte fra AttributeModel stedet for AttributeTable og vil modtage arrangementer for alle tabeller. Refactoring af AttributeEvent klasse med AttributeTable som kilde, og en ny AttributeEventData objekt som data. En ny SET_VALUE er blevet gennemført for at få begivenheder, når attributværdier er indstillet.
• Ændringer i AttributeRowFactory den newNodeRow () metode tager nu ejer objekt NodeData som parameter. Tilsvarende for newEdgeRow () og newRowForTable ().
• Tilføj getEdge (Node, Node) i GraphAPI for konsekvens årsager.
• Ændringer i Processor SPI. Den Processor har nu settere i stedet for en proces () metode med parametre. Hvordan processorer er skabt forbliver den samme. Oprettelse af et ProcessorUI interface til processorer indstillinger konfiguration. En ProcessorUI implementering giver et panel, der vises, når importen rapport lukker. Den ProcessorUI tillader også at deaktivere en processor med nogle betingelser.
• Tilføj getColor () metode i NodeDraft og EdgeDraft.
• Definer & quot; Overview, & quot; data Laboratorium & quot; og & quot; Eksempel & quot; som perspektiver. Opret en ny SPI for perspecives og perspektiv medlemmer. Medlemmer er simpelthen den TopComponent der tilhører en perspektiv. Plugins kan implementere PerspectiveMember at definere åbne og lukke adfærd.
• Tilføj liste / array-typer i attributter API. Alle indfødte typer nu har en relateret liste typen, bortset fra dynamiske typer. De typer liste arver fra AbstractList.
• ændringer i den måde Import API omhandler tidsintervaller og dynamiske data. Er blevet tilføjet understøttelse af dynamiske egenskaber med en ny addAttributeValue () metode i NodeDraft og EdgeDraft. For at forbedre data oprydning muligheder, NodeDraftGetter og EdgeDraftgetter nu returnerer en AttributeRow stedet for en liste på kun attributværdier. Endelig til fortjeneste fra seneste forbedringer, udkast elementer returnerer direkte en TimeInterval form i stedet for listen over skiver. Metoder med "Slice" er blevet omdøbt til "Interval" for konsekvens årsager.
• Tilføj dynamiske typer i attributter API. Dynamiske typer gemme værdier med et tidsinterval og forespørgsel kan tilpasses med estimatorer. Alle dynamiske typer arver fra DynamicType
• Graph API forbedringer event management. Den GraphEvent nu har præcise arrangementer, herunder ADD_NODES, REMOVE_NODES, ADD_EDGES, REMOVE_EDGES og VISIBLE_VIEW. En ny GraphEventData grænseflade er skabt til at hente elementer i forbindelse med begivenhederne.
• Export API refactoring, inspireret fra ImportAPI. Opret en ExporterBuilder interface til eksportør oprettelse og forskellige eksportører: GraphExporter, VectorExporter, ByteExporter og CharacterExporter der dækker almindelige tilfælde. Den måde, eksportører skrive data er blevet rationaliseret ved hjælp af enten java.io.Writer (tekst) eller java.io.OutputStream (byte). Den ExportController er blevet forbedret til at støtte alle use-sager, herunder fil, forfatter og stream eksport.
• Tilføj Studs støtte til ImportAPI og SPI. Ligesom DatabaseImporter, at SpigotImporter interface er en ny type Importører. Ændringer har også ske til ImportController at støtte studs import.
• Refactoring og forbedringer i Importer API og SPI. Det refactoring mål er at løse den ugifte problem med importører og lade brugerne gennemfører bygherrer interface, der skaber importører instans. Derfor en ImporterBuilder brugerflade er blevet skabt, og skal registreres medServiceProvider annotation. De forskellige importører typer er blevet forenklet og overlade flere valgmuligheder til implementeringer om, hvordan indgangen styres. XML og tekst fil importører er blevet slået sammen i en FileImporter interface, der arbejder med java.io.Reader. Utility statiske metoder, for eksempel får Dokument fra Reader kan nu findes i en ny ImportUtils klasse. Den ImportController er blevet forenklet for File import og nu accepterer java.io.Reader også. Den vigtigste forbedring i disse moduler i støtte fra UI komponenter til importørerne. Målet er at lade importører definere en ImporterUI implementering til at administrere indstillingerne for disse importører.
• Forbedringer i GraphAPI identifikatorer ledelse. Systemet er nu opbevaring String id'er der kommer fra brugerne. Nye getters og setters metoder er blevet skabt i Graf: Graph.setId (Node, String), Graph.setId (Edge, String), Graph.getNode (String), Graph.getEdge (String). De NodeData.setId () og EdgeData.setId () metoder er blevet fjernet, kan kompatibilitet ikke holdes. Fabrikken har også ændres for at tillade at skabe elementer med String id direkte, da det ikke er muligt længere at gøre det fra NodeData.
• Ændringer i AttributesAPI med event management. Den opslag system AttributeTable er blevet erstattet af en mere traditionel event management-system, med nye AttributeEvent og AttributeListener grænseflader. Afsendelse implementering er nu også på en separat tråd.
• Ændringer i Importer moduler til separate kerne og brugergrænseflader. Den ImportController nu gør import opgave og kun en ny ImportControllerUI er at vise brugergrænsefladen (Report Panel). Den ImportControllerUI interfacet er placeret i DesktopProject modulet og bør være brugeren til korrekt importere filen fra Plugins. De ImportController metoder kunne bruges fra toolkit.

Hvad er nyt i version 0.7 Alpha 4:

• alpha4 release er netop blevet frigivet, og kommer med et sæt nye funktioner og mange bufixes. Den næste udgivelse skal være beta og komme med mere stabilitet og en fast sæt af funktioner.

Hvad er nyt i version 0.7 Alpha 3:

• Mere end 25 fejl er blevet rettet i denne version og nogle små funktioner tilføjet. Versionen tilføjer også & quot; Gephi 3rd Party & quot; plugin kilde i Plugins centrum. Katalog øjeblikket læses fra både officielle og 3. parts kilder. To nye moduler er blevet tilføjet.

Hvad er nyt i version 0.7 Alpha 2:

• Nye funktioner:
• Bedre kant vægt støtte. Vægt er ikke ændret længere af & quot; Auto-skala & quot; option på Importer.
• Bedre knudepunkter / kanter optælling. Tæller kun synlige knuder.
• Forbedre Statistik / Metrics indstillinger paneler. Tilføj beskrivelse og dokumentation om målinger og deres indstillinger.
• Projekt gemme / belastning er blevet korrigeret. Bemærk, at kompatibilitet med 0.7alpha1 er brudt.
• Fix AutoUpdate mekanisme. Yderligere opdateringer vil være tilgængelige via indbygget updater.
• Fejlrettelser:
• Application fryse, når du importerer filen på Linux (bug 519423)
• Layout vindue kan ikke gendannes, når der er frigjort (bug 519424)
• Anner ikke synlig på Mac OS X og Linux (bug 522403)
• Eksempel lægger ikke skjul filtrerede elementer (bug 522402)
• Projekt belastning / gemme grænseflade mislykkes (bug 522889)
• tom node label forårsager forkert fejlmeddelelse under import & quot; unkown node id & quot; (Bug 519254)
• I GDF eksport, fjerne en kolonne fjerner ikke komma (bug 519810)
• I GDF eksport er Id feltet dårligt undslap (bug 519820)
• Attribut kant filtrering dårlig opførsel (bug 522771)
• Kontekst data virker ikke på ikke-orienteret graf (bug 522886)
• Dynamisk filter viser 0 node (bug 523128)
• indstillinger tag virker kun for én-brev værdier (bug 519252)

Menuen
• Foretrukne, Ejendomme og output vises i vinduet, og kan ikke lukkes. (Bug 521400)
• forbedrede præstationer, når justering området med musen (bug 521939)
• fast bug når der beskæftiger sig med dynamiske datatyper andre at dato (bug 521544)
• fast bug med den visuelle fordeling af gradueringer (bug 521941)
• Usability:
• Node og Edge toggle knappen i VizBar har samme tooltip tekst
• Rapport Panel (Import) er lodret strækbar
• Opdateret moduler:
• DesktopContext
• DesktopBranding
• DesktopHierarchy
• DesktopPartition
• DesktopRanking
• DesktopTools
• VisualizationModule
• DesktopImport
• DesktopLayout
• ProcessorPlugin
• DHNSGraph
• DesktopTimeline
• TimelineAPI
• TimelinePluginUI
• eksport-
• ImportPlugin
• StatisticsPluginUI
• GraphAPI
• ExportPluginUI
• PreviewImpl
• DesktopPreview
• FiltersPlugin
• ImportAPI
• DesktopFilters
• ProjectAPI

Hvad er nyt i version 0.7 Alpha:

• Gephi 0.7 alpha-version er blevet frigivet og er tilgængelig til test formål. Som 0,7 er en komplet omskrivning, vil det være nødvendigt alfa og beta-versioner til frøs funktioner og løse alle fejl.
• vil Alle resterende 0,6 bugs nu blive ryddet.
• En ekstra bemærkning om kildekoden: Du skal opdatere Netbeans 6.8 med de nuværende moduler opdateringer at være forenelig med gældende repositiory
.

Hvad er nyt i version 0.6 Beta 3:

• Bugs relateret til 0,6 serie er blevet renset. Vi var omorganisering at gøre det klart for 0,7 udvikling.
• Faktum er, 0,7 er helt nyt i forhold til 0,6, så bugs ikke er forbundet og 0,6 udvikling er stoppet.
• Derfor er det eneste at gøre, er at vente på den 0,7 alpha kommer.
• Det er overflødigt at sige bugs rapporter eksisterer stadig, og vi gør os umage ikke gentage samme fejl for 0,7.

Krav :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment
• OpenGL