mpiBLAST er en MPI baseret parallel gennemførelse af NCBI BLAST. Projektet består af et par programmer, som erstatter formatdb og blastall med versioner, der udfører BLAST jobs parallelt på en klynge af computere med MPI installeret. Der er to primære fordele ved at bruge mpiBLAST versus traditionel BLAST.
Første, mpiBLAST opdeler databasen over hver node i klyngen. Fordi hver node segment af databasen er mindre kan det normalt er bosiddende i bufferen-cache, hvilket giver en væsentlig hastighedsforøgelse på grund af afskaffelsen af disk-I / O. For det andet giver det BLAST brugere at drage fordel af effektive, billige Beowulf klynger fordi interprocessor kommunikation krav er lav.
mpiBLAST opnår super-lineære hastighedsforøgelse i situationer, hvor databasen er for stor til at passe ind i RAM, og i nærheden af lineære speedup i andre situationer. Det kræver ikke en dedikeret klynge.
Krav:
Kommentarer ikke fundet