PathVisio

PathVisio er et open source og helt gratis grafisk program implementeret i programmeringssproget Java og designet fra bunden til at blive brugt til visning, analyse og redigering biologiske veje under en GNU / Linux operativsystem system.Can bruges til at veje , link biologisk entitiesThe software giver brugerne til at tegne veje, link biologiske enheder (proteiner eller gener) for biologiske data, ved hjælp af database identifikatorer, redigere veje, samt at analysere veje. Med PathVisio vil du også være i stand til at kortlægge eksperimentelle data, såsom microarray data og visualisere det på toppen af ​​den eksisterende vej tegning.
Derudover vil du være i stand til at vælge et gen-database, skal du vælge en metabolisk database, se statistik, import udtryk data, skal du vælge udtryk datasæt søgning veje, udsigt Legend, manipulere objekter, importere projekter, samt at installere og administrere plugins, som kan tilføje yderligere funktionalitet til app.Requires ingen installationThe program kan bruges uden at installere det på din GNU / Linux operativsystem. Alt du skal gøre er at downloade den binære pakke fra Softoware, gemme arkivet på en placering efter eget valg, pakke den ved hjælp af en arkiv manager hjælpeprogram, skal du åbne den udpakkede mappe og dobbeltklik på pathvisio.jar file.Under den hoodWhile tage et hurtigt kig under kølerhjelmen af ​​PathVisio software, vi & rsquo; ve bemærket, at ansøgningen helt er skrevet i programmeringssproget Java, og at dens grafiske brugerflade er designet med den nyeste Java Swing teknologier. Vi & rsquo; ve med succes testet programmet på computere, der understøtter en af ​​32 eller 64-bit CPU architectures.Runs på alle OS, hvor Java er supportedBeing skrevet i programmeringssproget Java, kan PathVisio erklæres en platformsuafhængig program, der understøtter GNU / Linux Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, og noget andet operativsystem, hvor den nyeste Java-teknologier understøttes

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• 31 Jan 2014: Bug fix release
• GeneOntology vilkår er nu fjernet fra Søgeresultat for annotationer
• DataNodes skal annoteret med ID og Datakilde eller ingenting (gemme data noder med kun id eller datakilde er ikke tilladt længere)

Hvad er nyt i version 3.1.2:

• Større fejl i fil import modul fast: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Hvad er nyt i version 2.0.11:

• Autosave
• Zoom hjælp rullehjul
• Valg af linier er nemmere: ikke længere nødvendigt at klikke på den nøjagtige pixel
• Nu med to metoder til overrepræsentation analyse; en sti-orienteret og en data-orienterede

Hvad er nyt i version 2.0.10:

• Ny måde at tegning afrundede rektangler for at undgå at strække effekt
• Forskellige små fejlrettelser

Hvad er nyt i version 2.0.9:

• Ny stik type til stik til vilkårlig længde og vilkårlig vinkler
• Ny & quot; cellulære komponent & quot; ejendom til lagring af biologiske betydning af et rum
• Ny & quot; dobbelt & quot; line type (især nyttigt for dobbelt-fungerende membraner organeller)
• Klikbare hyperlinks i veje
• se milepæl: & quot; milestone_27 & quot; for en komplet liste over fejlrettelser

Hvad er nyt i version 2.0.8:

• Forbedrede former for cellulære komponenter
• Et par usability forbedringer såsom copy / paste i popup-menuen
• se milepæl: & quot; milestone_26 & quot; for en komplet liste over fejlrettelser

Hvad er nyt i version 2.0.7:

• værktøjslinje ikoner og nye sidepanel for at gøre det lettere at vælge pil typer og former (tak liubing)
• Pathway databaser indgår som datakilde, så du kan tilføje links fra én vej til et andet
• BioPAX konverter er blevet forbedret og producerer mere gyldige BioPAX dokumenter.
• ny stiktype, hvor de enkelte punkter kan manipuleres (tak leonth)
• Antal datakilder er blevet øget til over 180
• se milepæl: & quot; milestone_25 & quot; for en komplet liste over fejlrettelser

Hvad er nyt i version 2.0.6:

• Antallet af ankre på en figur kan øges fra standard 12.
• En legende af datavisualisering kan nu vises på vej selve billedet. Tidligere var det kun ses i et sidepanel.
• se milepæl: & quot; milestone_24 & quot; for en komplet liste over fejlrettelser

Hvad er nyt i version 2.0.4:

• forbedret tekstformatering af former, etiketter og datanodes
• mange flere former til datanodes
• simpel pixelkoordinaterne
• sætte baggrundsfarve på datanodes

Hvad er nyt i version 2.0.3:

• Mest bemærkelsesværdigt i denne udgivelse er den nye XML Schema for GPML pathway format (version 2010a). Denne nye vej format vil gøre det muligt mange nye grafiske muligheder i fremtiden, du kan se frem til nogle af dem, der fremgår i den næste udgivelse.
• Andre nye funktioner:
• Usynlige ankre virkelig usynlig, i hvert fald når noget er tilsluttet dem (Tak til Margot)
• Ekstra -v kommandolinjeflaget (takket være Mark)
• Aktuelt valgte database vises korrekt i statuslinjen igen
• Mange nye udvidelse point for plugin-udviklere
• se milepæl: & quot; milestone_21 & quot; for en komplet liste over fejlrettelser

Hvad er nyt i version 2.0.1:

• Forbedret algoritme til automatisk konnektorer, der peger på et anker .
• Forbedret tegning af pil typer, der har en kort & quot; gap & quot; i slutningen.
• Fordi Thawte freemail service er blevet aflyst, vi opdateret vores sikkerhedscertifikat
• Pathway History Viewer havde en fejl, hvor hver linje blev anset ændret, selv om det ikke var. Dette er blevet rettet.

Krav :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment