relax

slappe er et open source og frit distribueres software-projekt, der er designet til at studere molekylær dynamik ved at analysere eksperimentelle NMR-data, støtte organiske molekyler, RNA, proteiner, sukker, DNA, og mange andre biomolekyler.

slappe understøtter flere NMR-teorier, implementerer forskellige data analyseværktøjer som modulære komponenter, og det kan interface med andre programmer, såsom Dasha og Modelfree. Derudover er det understøtter en bred vifte af NMR teorier, indeholder flere data analyseværktøjer, giver brugerne mulighed for at visualisere data, samt at interagere med andre programmer.

På trods af, at ansøgningen kommer med både en CLI (Command-line interface) og GUI (Graphical User Interface) front-end, flere tredjeparts grafiske brugergrænseflader (GUI) findes for at slappe af.

Blandt de understøttede typer af analyser, slappe kan håndtere afslapning spredning, konsistens test af multiple felt NMR (Nuclear Magnetic Resonance) afslapning data, N-state model og ramme rækkefølge, model-fri analyse, R1 og R2, NOE, RSDM (Reduceret Spectral Density Mapping), samt stereokemi undersøgelser.

For at automatisere dataanalyse processen, er det muligt at skabe meget komplekse scripts ved hjælp byggesten. Til dette udviklerne giver forskellige eksempelscripts, der vil hjælpe dig til at forstå script konstruktion og til lettere oprette din egen.

Ser under kølerhjelmen, kan vi mærke, at programmet udelukkende er skrevet i programmeringssproget Python og bruger cross-platform Qt GUI toolkit for sin grafiske brugergrænseflade, hvilket betyder, at det kører på Linux, Microsoft Windows og Mac OS X operativsystemer.

Den ansøgning er tilgængelig for download som binære arkiver for mange GNU / Linux operativsystemer, der understøtter både 32-bit (x86) og 64-bit (x86_64) instruktion sæt arkitekturer, samt en kilde tarball.

Hvad er nyt i denne udgivelse:

• Features:
• Mange forbedringer for udarbejdelse af HTML-versionen af ​​slappe manual.
• Opdateret slappe at fjerne alle FutureWarnings fra numpy & ge; 1.9, at fremtidssikre slappe mod kommende numpy adfærdsændringer.
• Mulighed for at håndtere replikeres R2, eff datapunkter af relax_disp.r2eff_read bruger funktionen, men tilføjer 0,001 til frekvensen værdi for den replikerede punkt.
• En ny prøve script for at indlæse en model-fri resultater fil og back-beregning afslapning data.
• Forbedringer for håndtering af FBF strukturelle data.
• Gennemførelse af structure.pca brugerens funktion til at udføre princippet komponent analyser (PCA) af et ensemble af strukturer.
• Tilsætning af et script til hurtig udrykning på Google Cloud Computing infrastruktur.
• Ændringer:
• Fix for den stive ramme orden model 2. grad ramme orden matrix i manualen. Den forkerte symbol blev brugt.
• Fjernet de newparagraph og newsubparagraph definitioner fra LaTeX manual. Disse blev forårsager konflikter med latex2html, forhindre HTML-version af manualen bliver kompileret. Disse definitioner er unødvendige for den aktuelle opsætning af sektionering i manualen.
• Modificeret de korte billedtekster i den nye ramme modeller kapitel i manualen. Den rune A> Z karakter er blevet erstattet ved blot at 'Daeg «. Dette skyldes uoverensstemmelser med latex2html som forhindrer HTML-vejledning i at blive kompileret.
• Fjernelse af definitionen på en fast bredde tabel kolonne fra LaTeX manual præamblen. Dette er nødvendigt, da definitionen pauser latex2html kompatibilitet, hvilket medfører en korruption i figuren nummereringen resulterer i billederne i HTML skal væsentlige randomiseret.
• Fjernelse af accenter pakken at tillade HTML-vejledning, der skal udarbejdes. Den accenter LaTeX pakke er ikke kompatibel med latex2html, så den nemmeste løsning er at fjerne pakken.
• Manuelt roteret rammen ordre matrix element EPS manuelle tal, for latex2html kompatibilitet. Den '90 rotate 'kommando er blevet slettet, og afgrænsningsrammen permuterede som a b c d - & gt; b -c d -a. Dette giver vinklen argument i includegraphics {} kommando der skal droppes, da latex2html ikke anerkender dette. Det giver tallene for at være synlige i HTML version af manualen.
• Redesign af rammen orden parameter indlejring tabel i manualen for latex2html kompatibilitet. Tabellen bruger tikz pakke, som er dødelig for latex2html, der ikke anvendes. Derfor bordet i docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex fil er blevet omdannet til en standalone LaTeX dokument for at oprette en beskåret efterskrift version af tikz formateret tabellen. En samling script er blevet tilføjet som godt. Den resulterende * ps fil er nu inkluderet i PCS numerisk integration sektion, snarere end dette afsnit skabe tikz tabellen. Alle tikz præambel tekst er blevet fjernet for at give latex2html at køre.
• Løsning for latex2html ikke at kunne håndtere allrunes pakke eller associeret skrifttype. I præamblen htmlonly miljø, er rammen orden symboler omdefineret ved hjælp af teksten "Daeg 'i stedet for den rune karakter A> Z.
• Rettelser til sub og hævet skrift i hele manualen. Dette indfører {} omkring alle sub og superscript textrm {} tilfælde. Dette er ikke nødvendigt for PDF version af manualen som den manglende beslag problem undgås, men det påvirker HTML udgave af håndbogen udarbejdet af latex2html, som kræver den korrekte notation. De rettelser er for både den nye ramme for kapitel samt kapitel spredningen afslapning.
• Redigering og rettelser til slappe 4.0.0 del af ÆNDRINGER filen.
• Opdateret og forbedret wiki instruktionerne i slappe frigive tjekliste dokument.
• Et mere wiki instruktion om kontrol for døde links i frigivelse tjekliste dokumentet.
• Mere mindre ændringer i "Bekendtgørelse 'i frigivelse checkliste dokumentet.
• Opdateret shell script til at finde duplikerede titler i LaTeX filer af manualen.
• Omregnet to eksemplarer titel finde shell script i en Python script. Den Python script er langt mere avanceret og bruger en anden logik til at producere en tabel over replikerede titler og deres tæller. Scriptet returnerer også en mislykket exit status, når der findes gentagelser.
• Omregnet den replikerede titel finde Python script til at bruge en klasse struktur. Dette gør det muligt script, der skal importeres som et modul. Den replikere fund er blevet flyttet ind i et fund () klasse metode.
• omdøbt replikere titel finde script.
• Fjernet dublerede LaTeX titel finde shell script. Dette er nu håndteres af langt mere avancerede Python script.
• Scons kompilering af PDF og HTML manualer kontrollerer nu for replikerede titler. En ny replicate_title_check mål er blevet sat til scons scripts. Dette kalder fund () metode af replikere LaTeX titel fund script til at afgøre, om nogen titler replikeres, og hvis så scons målrette vender tilbage med et sys.exit (1) opkald. Dette mål er sat til starten af ​​user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons mål. Resultatet er, at håndbogen ikke kan kompileres hvis der findes gentagne titler, tvinger titler, der skal ændres. Resultatet vil være, at HTML-sider alle vil være unikke, som replikerede titler resultater i kun én HTML-side bliver skabt for alle sektioner.
• Fjernelse af replikerede titler i latex kilder, at de nye ramme orden kapitler indført.
• Fjernelse af en gammel replikerede titel i LaTeX kilder til manualen. Dette er titlen "Model-fri analyse", som bruges til hele specifik analyse kapitel samt for modellen uden analyse afsnit af de værdier, forløb og hessere til optimering kapitel.
• Rettelser og forbedrede udskrifter for replicate_title_check scons mål.
• Opdateret alle slappe til at beskytte mod fremtidige forandringer i numpy Python-pakke. Fra numpy udgave 1.9, den FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: sammenligning med `None` vil resultere i en elementwise objekt sammenligning i fremtiden. ses i en stor procentdel af alle slappe bruger- funktioner. Dette er fanget og forvandlet til en RelaxWarning med det samme budskab. Problemet er, at adfærd sammenligningsoperatorerne == og! = Vil ændre sig med fremtidige numpy versioner. Disse er blevet erstattet med er og ikke hele slappe kodebase. er også blevet foretaget ændringer i minfx og bmrblib pakker til at matche.
• Mere fremtidige beskyttelse mod numpy ændringer. Den FutureWarning er `rank` er forældet; bruge `ndim` attribut eller funktion i stedet. For at finde rang af en matrix se `numpy.linalg.matrix_rank`. Derfor N-state model target funktion metode paramag_info () er blevet opdateret til at bruge .ndim attribut og længere brug numpy.rank () funktion.
• Oprettede Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids systemtest. Dette er designet til at fange bug # 23.933, den "NameError: global navn 'ids" er ikke defineret "problem ved indlæsning afslapning data. En afkortet udgave af FBF fil- og afslapning data, er de fulde versioner af hvilke vedlagt fejlrapporten, der udelukkende består af resterne 329, 330, og 331 er blevet tilføjet til de test suite delte datamapper, og systemet test skrevet til fange NameError.
• Opdateret den Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids systemtest at fange RelaxMultiSpinIDError. Dette giver systemet mulighed for test til at passere, som forventes RelaxMultiSpinIDError.
• Opdateret den minfx og bmrblib versioner i frigivelse tjekliste dokument til 1.0.12 og 1.0.4. Dette er for at fjerne numpy FutureWarning budskaber om == Ingen og =! Ingen sammenligninger til numpy datastrukturer, der i fremtiden vil adfærdsændring.
• Øget GNA! nyhed sektionering dybde i frigivelsen tjekliste dokumentet.
• Udvidet beskrivelsen af ​​sequence.attach_protons brugerens funktion. Dette følger af http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Tilføjet oprindelige data for testdata fra Paul Schanda. Det vil vise, at der er flere muligheder for at øge R2, eff punkt metode.
• Tilføjet Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 systemtest. Dette vil fange udlåne nan værdier.
• Made ekstra check i rækkefølge læsning, at nan værdier springes over.
• At sikre, at den replikeres 4000 Hz punkt for 950 MHz-eksperimentet ikke overskrives.
• I Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 systemtest, tilføjede en test af at tælle R2, EFF værdier. Dette viser, at replikeres R2, eff ved 950 MHz / 4000 Hz punkt overskrives. En løsning kunne være at ændre dispersionen frekvens meget lidt, til at muliggøre tilføjelsen af ​​datapunkt.
• Tilføjet yderligere tests til Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Det vil vise, at replikerer af R2, er eff værdier ikke håndteret godt.
• I funktionen af ​​r2eff_read i datamodul af dispersionen, tilsættes mulighederne for at læse R2, EFF værdier, som replikeres. Dette gøres først kontrol, hvis spredningen nøgle findes i R2, eff ordbog. Hvis den findes, fortsætter tilføje 0,001 til frekvensen, indtil en ny mulighed eksisterer. Dette bør hjælpe håndtere flere R2, eff punkter, som separate værdier og ikke tager nogen beslutning om at gennemsnittet dem.
• Tilføjet forventningen om at hæve en slappe fejl, hvis forsøger at plotte og ingen model oplysninger lagres.
• Raising en fejl, hvis plotte dispersion kurver, og ingen model er gemt.
• Ændret eksempel script til at analysere data.
• Udvidet det Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 systemtest at omfatte automatisk analyse og grupperet passer. Dette skulle vise, at analysen er nu muligt.
• Tilføjet en midlertidig tilstand, og et manuskript til GUI opsætning til data Paul Schanda.
• Tilføjet Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI test. Det vil vise, at du lægger en stat vil skabe et problem. Tilbagesporingstællingen (seneste opkald sidste): TypeError:. Int () argument skal være en streng eller et tal, ikke 'NoneType "
• Tilføjet en prøve script til back-beregning afslapning data fra en model-fri resultater fil. Dette er nyttigt, når resultaterne filen ikke er den endelige model, som disse resultater fil ikke indeholder de back-beregnede data. Dette er et svar på Christina Møller support anmodning # 3303.
• Brug Garys lib.float.isNaN () i stedet for math.isnan (), at have bagudkompatibilitet med python 2.5.
• Fix for stavefejl og dokumentere nye adfærd relax_disp.r2eff_read, når man læser R2, eff punkter med samme frekvens. Hvis spin-beholder allerede indeholder R2, EFF værdier med "hyppigheden af ​​CPMG puls" eller "spin-lock feltstyrke ', vil frekvensen ændres ved en uendeligt lille værdi på + 0,001 Hz. Dette giver mulighed for dubletter eller flere af samme frekvens.
• Ændret den interne strukturelle objekt, der skal mindre påvirket af formatet af FBF. Den serielle PDB nummer er nu intelligent håndteres, idet det nulstilles til 1, når en ny model skabes. Denne information er stadig holdt til understøtning af logikken i aflæsningen af ​​conect optegnelser, og vil blive elimineret i fremtiden. kæde ID information er nu ikke længere gemt i den interne strukturelle objekt, da disse oplysninger er genskabt af structure.write_pdb bruger funktionen er baseret på, hvordan det indre strukturelle objekt er blevet oprettet.
• Opdateringer til Noe og struktur systemtest klasser for de interne strukturændringer objekt. Serienummeret kan nu nulstilles, og kæden ID-oplysninger ikke længere gemt.
• Tilføjet en fil til test suite delte data til støtte for gennemførelsen af ​​PCA strukturel analyse. Dette er den N-domænet af knasten-IQ-kompleks anvendes i en ramme rækkefølge analyse. Det er de første 5 strukturer fra et opkald til frame_order.distribute brugeren funktionen, med de forskellige stive-organer flettes sammen igen i et enkelt molekyle.
• Oprettede structure.pca bruger funktionen frontend. Dette er i øjeblikket inspireret af structure.rmsd bruger funktionen rammer.
• Grundlæggende gennemførelse af structure.pca brugerens funktionen bagenden. Dette er den nye PCA () funktion pipe_control.structure.main modulet. Det udfører blot nogle kontroller, samler de atomare koordinater, og de passerer kontrollen til at slappe af biblioteket pca_analysis () funktion af den aktuelt ikke gennemførte lib.structure.pca modul.
• Delvis implementeret i PSA-analyse i slappe biblioteket. Dette er for den nye structure.pca bruger funktionen. Den lib.structure.pca modulet er blevet oprettet, og pca_analysis () funktion skabt til at beregne strukturen kovariansmatricen, via funktionen calc_covariance_matrix (), og derefter beregne egenværdi af kovariansmatricen, sortere dem og beskærer til ønskede antal PCA tilstande.
• Tilføjet algoritmen og num_modes argumenter til structure.pca brugeren funktionen. Disse er passeret hele vejen ind i slappe biblioteket backend.
• Implementeret den SVD algoritme til PCA-analyse i slappe biblioteket. Dette kræver blot numpy.linalg.svd ().
• PCA analyse i slappe biblioteket nu beregner pr struktur fremskrivninger langs pc'er.
• PCA analyse funktion i slappe biblioteket er nu tilbage data. Dette omfatter PCA værdier og vektorer og de pr struktur fremskrivninger.
• PCA værdier og vektorer og de pr struktur fremskrivninger er nu gemt. Dette er i structure.pca bruger funktionen backend i pipe_control.structure.main modulet.
• Tilføjet format og dir argumenter til structure.pca brugeren funktionen. Dette er for at forsiden og bagsiden slutter.
• Modificerede de assemble_structural_coordinates () metode til at vende tilbage mere information. Dette er fra pipe_control.structure.main modulet. Den lister boolean argument er nu accepteret som vil få den funktion desuden returnere objektet ID-listen pr molekyle, modelnummeret listen pr molekyle, og molekylet navnelisten per molekyle.
• structure.pca bruger funktionen opretter nu grafer af pc-fremskrivninger. Dette omfatter PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3, etc.
• Tilføjet den Gromacs PCA resultater for distribution.pdb fil. Dette omfatter et script bruges til at udføre alle dele af Gromacs og alle output-filer.
• Opdateret den Gromacs PCA resultaterne for den nyeste 5.1.1 Gromacs version.
• Oprettet en indledende Structure.test_pca systemtest. Dette udfører den nye structure.pca bruger funktionen, og kontrollerer, om data er gemt i cdp.structure.
• Forbedret graferne i backend af structure.pca brugerens funktion. Graferne er nu grupperet således at forskellige modeller af den samme struktur i de samme data rør er inden for en graf sæt. Grafen header er også blevet forbedret.
• Udvidet de Structure.test_pca systemet test kontrol for at sammenligne med værdierne fra Gromacs.
• En vægtet gennemsnitlig struktur kan nu beregnes. Dette er for calc_mean_structure () funktion af slappe bibliotekets modul lib.structure.statistics. kan nu leveres Vægte for hver struktur til at give mulighed for en vægtet middelværdi skal beregnes og returneres.
• Tilføjet understøttelse af observatør strukturer i structure.pca bruger funktionen. Dette tillader en delmængde af de strukturer, der anvendes i PC-analyse at have nul vægt, så der kan anvendes disse strukturer med henblik på sammenligning. De obs_pipes, obs_models og obs_molecules argumenter er blevet tilføjet til brugeren funktionen frontend. Den backend bruger denne til at skabe en række vægte for hver struktur. Og lib.structure.pca funktioner bruger nul vægte til at fjerne observatøren strukturer fra beregninger PC-tilstand.
• Oprettede Structure.test_pca_observers systemtest. Dette er for at teste den nye observatør strukturer begrebet structure.pca brugerens funktion.
• Forbedret udskrifterne fra slappe biblioteket principal komponent analyse. Dette er i pca_analysis () funktion lib.structure.pca modulet.
• Rettelser og forbedringer for graferne produceret af structure.pca bruger funktionen. De forskellige sæt er nu korrekt oprettet, og er nu mærkes i parceller.
• Tilføjelse af en test deploy script, til hurtig udrykning på Google Cloud Computing. Dette er for en tilsigtet installere i Ubuntu 14.04 LTS.
• Udvidelse script til installation.
• Sætte installation i funktioner i deploy script.
• Opdeling implementere script i flere små funktioner.
• Tilføjelse kontrol erklæringer for at installere script.
• Når sourcing scripts, flere funktioner kan udføres i stedet.
• Tilføjet mellemrum til at installere script til bedre udskrivning.
• Tilføjelse en tutorial script.
• Tilføjelse 2 tutorial scripts.
• Fix for lille spin-id fejl i tutorial script.
• skabt et system test for at fange fejl # 24131, eksport fiasko BMRB når SpinContainer objekt har ingen S2 attribut, som rapporteret af Martin Ballaschk.
• Ændret den Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition systemtest at kontrollere for RelaxError. Testresultaterne i en RelaxError, da resultaterne fil indeholder ingen udvalgte spins.
• Tilføjet Mf.test_bug_24131_missing_interaction systemtest at fange et andet problem. Dette er en del af bug # 24131, eksport fiasko med SpinContainer objekt ikke har nogen S2 værdi BMRB. Men den tidligere rettelse af springe fravalgte spins introduceret et nyt problem med at slappe stadig efter de interatomare interaktioner for at fravælges centrifugering.
• Fejlrettelser:
• Replikeres titler i HTML-version af slappe manuel og dermed gentaget HTML filnavne overskriver tidligere afsnit, er blevet fjernet.
• Fix for bug # 23.933, den "NameError: global navn 'ids" er ikke defineret "problem ved indlæsning afslapning data. Fejlen blev introduceret tilbage i november 2014 og er på grund af nogle ufuldstændige fejlhåndtering kode. Problemet er, at spin type, data afslapning tilhører (@N vs. @H) ikke er specificeret. Nu den korrekte RelaxMultiSpinIDError hæves. IDS variable eksisterede ikke -. Det var kode, var planlagt til at blive tilføjet, men aldrig var og blev glemt
• Fix for CSA konstant ligning i modellen fri kapitel i manualen. Dette blev spottet af Christina Møller og aflagt rapport om slappe brugere mailing liste.
• Bug fix til opbevaring af XML strukturelle objekt i staten og resultater filer. Tidligere genstande føjet til cdp.structure (eller enhver struktur objekt) ikke ville blive reddet af den strukturelle objekt to_xml () metode, medmindre funktionen udtrykkeligt ændret for at gemme objektet. Nu er alle objekter tilstedeværende vil blive konverteret til XML.
• Fix for spredningen afslapning analyse i GUI, som fanget af Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI test. Når du indlæser fra et script tilstand fil, kan værdien af ​​None være til stede. Dette er nu indstillet til standardværdierne.
• Fix for kørende slappe af på en server uden grafisk display og bruge matplotlib. Fejlen blev fundet med Relax_disp.test_repeat_cpmg systemtest. Og fejlen genererede var: QXcbConnection: Kunne ikke forbinde til vise. Afbrudt (core dumpet). Det backend af matplotlib skal ændres. Dette er for eksempel beskrevet i: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display og http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Ændret adfærd bmrb.write bruger funktionen backend til en model-fri analyse (rettelse til bug # 24131). Dette er i bmrb_write () -metoden af ​​modellen-fri analyse API. Fravalgt spins nu springes over, og en check er blevet tilføjet for at være sikker på, at spin-data er blevet samlet.
• En anden rettelse til bug # 24131, eksport fiasko BMRB når SpinContainer objekt har ingen S2 attribut. Nu er der ingen data er lagret i BMRB fil, hvis en model-fri model ikke er blevet oprettet for spin. Dette gør det muligt test suite til at passere.
• Bug fix at lade Mf.test_bug_24131_missing_interaction systemtest at passere. Dette er en del af bug # 24131, eksport fiasko med SpinContainer objekt ikke har nogen S2 værdi BMRB. Problemet var, da samling af diffusion tensor data. spin_loop () funktionen blev kaldt, da diffusionen tensor er rapporteret for alle rester. Derfor skip_desel = True er blevet tilføjet til at matche model-frie del.

Hvad er nyt i version 4.0.0:

• Features:
• Den endelige, fuldstændige og korrekt gennemførelse af rammen ordens teori for at studere stive krop bevægelser. Dette er i øjeblikket til at analysere RDC og PCS data fra internt afstemt systemer.
• Ændringer:
• Sletning af frame_order.average_position brugerens funktion og alle de tilhørende backend koden. Denne bruger funktion tillod brugeren at angive fem forskellige typer af forskydning til den gennemsnitlige bevægelige domænenavn stilling: en ren rotation, uden oversættelse, om omdrejningspunktet for bevægelse i systemet; en rotation omkring omdrejningspunktet for bevægelsen af ​​systemet sammen med en oversættelse; en ren oversættelse uden rotation; en rotation omkring centrum af massen af ​​den bevægelige domæne uden oversættelse en rotation omkring centrum af massen af ​​den bevægelige domæne sammen med en oversættelse. Nu er det sidste mulighed vil være standard og eneste mulighed. Denne mulighed svarer til den standard overlejring algoritme (den Kabsch algoritme) til en hypotetisk struktur på reelle gennemsnitlige position. De øvrige fire er på grund af historien om udviklingen af ​​teorien. Disse grænse nytten af ​​teorien og vil kun skabe forvirring.
• Rengør op af rammen orden target funktionskode. Dette matcher den tidligere ændring af sletning af frame_order.average_position brugerens funktion. Ændringerne omfatter fjernelse af oversættelsen optimering Marker som det er nu altid udføres, og fjernelsen af ​​flaget, som forårsager den gennemsnitlige domænenavn rotation omdrejningspunkt til at matche den motional omdrejningspunkt da disse er nu permanent afkoblet.
• Alfabetisk bestilling af funktioner i lib.frame_order.pseudo_ellipse modulet.
• Slået alle de 'line' frame orden modeller, da de ikke er implementeret endnu. Dette er blot frontend kode -. Backend findes ikke
• Opdateret den isotrope kegle CaM ramme ordre testmodel optimering script. Grundet alle af ændringerne i rammen rækkefølge analyse, den gamle skrift var ikke længere fungerer.
• Oprettet et manuskript til CAM ramme ordre testmodeller for at finde den gennemsnitlige domæne position. Som rotation omkring en fast drejetap er blevet elimineret, skiftet fra 1J7P_1st_NH_rot.pdb til 1J7P_1st_NH.pdb skal omdannes til en translation og rotation om COM. Dette script vil blive brugt til at erstatte den pivot rotation Euler vinkler med oversættelsen vektor og COM rotation Euler vinkler. den structure.superimpose bruger funktionen Dog skal ændres til at håndtere både standard tyngdepunkt overlejring samt en COM overlejring.
• Opdateret den CaM ramme orden testmodel overlejring script. Den structure.superimpose bruger funktionen nu korrekt hedder. Udgangen logfil er blevet tilføjet til lageret, da det indeholder den korrekte oversættelse og Euler rotation oplysninger til brug for de testmodeller.
• Parameter opdatering til isotrope kegle CaM ramme ordre testmodel optimering script. Euler vinkler for rotation omkring motional pivot er blevet erstattet af oversættelse vektor og Euler vinkel CoM rotation parametre.
• Fix for en række af rammen ordens modeller, som ikke har parameter begrænsninger. Den linear_constraint () funktion vender tilbage A, b = [], [] for disse modeller, men disse tomme numpy arrays var årsag til minfx biblioteket til at mislykkes. Disse værdier er nu fanget og den begrænsning algoritme slukket i minimere () specifik API metode.
• Øget præcision af alle data i CAM ramme orden testdata generation basis script. Disse er alle blevet konverteret fra float16 til float64 numpy typer.
• Fix for fejlen indstillingen RDC i CAM ramme orden testdata generation basis script. Den rdc_err datastruktur er beliggende i de interatomare data containere, ingen spin containere.
• Ændring af strukturen lastning del af CaM ramme orden datagenerering basis script. Strukturerne er nu kun belastet hvis DIST_PDB flaget er sat, da de kun anvendes til frembringelse af 3D fordeling af strukturer. Det sparer en masse tid og computerhukommelse.
• Kæmpe hastighedsforøgelse af CaM ramme orden testdata generation basis script. Ved at anvende flerdimensionale numpy arrays til at lagre de atomare positioner og XH enhedsvektorer af alle spin, og udføre de rotationer om disse strukturer ved hjælp numpy.tensordot (), beregningerne er nu en faktor på 10 gange hurtigere. Fremgangen meter måtte ændres for at vise hver 1000 snarere end 100 iterationer. De rotationer af holdninger og vektorer er nu udføres sekventielt, uheld fastsættelse af en fejl med de dobbelte motion modeller (dvs. den "dobbelt rotor 'model).
• Modificeret CaM ramme orden testdata generation basen script til at spare på computerens RAM. XH vektor og atomare position datastrukturer for alle n rotationer er nu af numpy.float32 snarere end numpy.float64 type. Den vigtigste ændring er at beregne de gennemsnitlige regionale distributionsselskaber og gennemsnit PCSS separat, slette N-størrelse datastrukturer når datafilerne skrives.
• Komplet redesign af CaM ramme orden datagenerering basis script for hastighed og hukommelse besparelser. Selvom den roterede XH bond vektor og atomare position kode var meget hurtig til nødvendige mængde hukommelse gemme disse i spin containere og interatomare data containere var enorm, da N & gt; 1E6. De efterfølgende rdc.back_calc og pcs.back_calc bruger funktionskald ville også tage alt for lang tid. Derfor basen scriptet er blevet redesignet. Den _create_distribution () metoden er blevet opdelt i fire: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), og _pipe_setup (). Den _pipe_setup () metode kaldes først at oprette data rør med alle nødvendige data. Så _calculate_rdc () og _calculate_pcs () metoder, og endelig _create_distribution () hvis DIST_PDB flaget er sat. Opkaldene til rdc.back_calc og pcs.back_calc brugerfunktioner er blevet elimineret. I stedet _calculate_rdc () og _calculate_pcs () metoder beregne gennemsnit RDC og PCS selv som numpy array-strukturer. Snarere end at lagre den enorme roterede vektorer og atomare positioner datastrukturer, er regionale distributionsselskaber og PCSS summeres. Disse bliver så delt med self.N i slutningen at gennemsnittet af værdierne. I forhold til den gamle kode, når N er sat til 20 millioner RAM forbrug falder fra ~ 20 GB til ~ 65 MB. Den samlede kørselstid er også faldet på ét system fra et par dage til et par timer (en ordre eller to størrelsesorden).
• Ændret statusmåleren opdatering til CAM ramme orden testdata generation basis script. Den spinner var alt for hurtigt, opdatering hver 5 trin, og er nu opdateret hver 250. Og det samlede antal er nu kun udskrives hver 10.000 trin.
• Forbedringer statusmåleren for CAM ramme orden testdata generation basis script. Kommaer er nu udskrevet mellem de tusinder og tallene er nu ret berettiget.
• Stor stigning i nøjagtigheden af ​​RDC og PCS gennemsnit. Dette er for CAM ramme orden testdata generation basis script. Som summen af ​​regionale distributionsselskaber og PCSS i 1D numpy.float128 arrays (for dette, er en 64-bit system, der kræves), og derefter dividere med N i slutningen, kan den gennemsnitlige værdi beregnes med en meget højere nøjagtighed. Som N bliver større, den numeriske gennemsnit introducerer større og større mængder af trunkering artefakter. Så denne ændring lindrer dette.
• Fix for RDC og PCS gennemsnit i CAM ramme orden testdata generation basis script. For den dobbelte rotor model, eller multipla tilstand model motional, midlingen var forkert. I stedet for at dividere med N, bør værdierne divideres med N ^ M, hvor M er antallet af bevægelsens tilstande.
• Kæmpe stigning i præcision for de frie rotor model testdata CAM ramme orden. Den højere præcision er, fordi de numeriske strukturer i fordelingen er nu tyve millioner snarere end en million, og den langt større præcision numpy.float128 gennemsnitsberegning af den opdaterede data generation basen script er blevet brugt. Disse data bør give mulighed for en langt bedre estimat af beta og gamma gennemsnitlige domæne position parameterværdier for den frie rotor modeller, som er berørt af sammenbruddet af alfa parameter til nul.
• Kæmpe stigning i præcision for dobbelt rotor model testdata CAM ramme orden. Den højere præcision er, fordi de numeriske strukturer i fordelingen er nu over tyve millioner (4500 ^ 2) snarere end en kvart million (500 ^ 2). Og den meget højere præcision numpy.float128 gennemsnitsberegning af den opdaterede data generation basen script er blevet brugt.

• Ændringer:



• Fejlrettelser:

• Features:















• Ændringer:












































































































Det vil sige

Hvad er nyt i version 3.3.4:

• Features:






• Ændringer:






































































• Fejlrettelser:

• Features:








• Ændringer:





















































• Fejlrettelser:

• Features:








• Ændringer:








































































































































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 3.3.1:

• Ændringer:












































































































































































































































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 3.3.0:

• Features:



















• Ændringer:

Hvad er nyt i version 3.1.5:

• Ændringer:




• Fejlrettelser:

• Features:




• Ændringer:
























• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 3.1.3:

• Ændringer:

Hvad er nyt i version 3.1.2:

• Ændringer:













• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 3.1.1:

• Features:













• Ændringer:

Hvad er nyt i version 3.1.0:

• Features:






























• Ændringer:

• Features:




• Ændringer:























































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 3.0.1:

• Features:






• Ændringer:







































































































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 3.0.0:

• Features:





















• Ændringer:





























































































































































































































































































































• Fejlrettelser:

• Features:







• Ændringer:










































• Fejlrettelser:

• Features:


• Ændringer:

Hvad er nyt i version 2.2.3:

• Features:









• Ændringer:














































































































































• Fejlrettelser:

• Features:


• Ændringer:


























• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 2.2.1:

• Ændringer:









• Fejlrettelser:

• Features:













• Ændringer:




















































































































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 2.1.2:

• Features:





• Ændringer:

Hvad er nyt i version 2.1.1:

• Features:










• Ændringer:


















































































































































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 2.1.0:

• Features:





• Ændringer:




































































































































• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 2.0.0:

• Features:





















• Ændringer:

Hvad er nyt i version 1.3.15:

• Features:


• Ændringer:


• Fejlrettelser:

Hvad er nyt i version 1.3.6:

Krav :