SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter er et grafisk Python redskab til interaktivt segment billede stakke af celler i væv med kant-labels & nbsp (aka hvide konturer.);. Samspillet er udelukkende baseret på redigering af frø, som igen er udvidet med et vendepunkt algoritme. Den største forskel mellem SWS og andre værktøjer er, at du kan placere mere end ét frø per celle, som kan hjælpe dig med at justere grænserne for vanskelige celler.
SWS er ​​bygget oven på wxPython, matplotlib, numpy, scipy og mahotas.
I sin kerne, det bruger en lynhurtig skelsættende algoritme (takket være mahotas projektet) og tillader real-time opdateringer. Det har en enkel (hvis rodet) UI og er fuldt interaktiv, selv inklusive 1-niveau undo.
Publikationen om SWS, der giver alle disse detaljer og mere i Cytometry Del A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Kildekode spejles til fire depoter og PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Google Code har også nogle binære udgivelser (http://code.google.com/p/seedwater/), der skal arbejde på 32-bit Windows eller 64-bit Linux, men disse er nu gammel. Brug "easy_install" -metoden nu.
For flere oplysninger, se Python Installation Instructions 20XX.txt Du kan også vælge at læse manualen: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
Installation og kørsel
Installation er ENDELIG nemt!
Faktisk kan du nu "easy_install SeedWaterSegmenter"
Hurtige instruktioner:
Windows / Mac:
& Nbsp; Installer Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
I et cmd vindue (skal køre som Administrator under Windows Vista / 7), eller Terminal (Mac / Linux), kør:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Detaljerede instruktioner:
Den nyeste version hedder:
"Python Installer Instruktioner August 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Installer Instruktioner August 2012.txt

Krav :

< li> Python