Spindelen er en alternativ fremgangsmåde til biologisk identifikation baseret på længden af ribosomalt RNA (rRNA) genregioner. Generelt opstillinger af primære rRNA-gen-sekvenser fra forskellige arter viser alternerende regioner af nucleotid bevarelse og variation, både hvad angår nukleotidsubstitutioner (almindeligvis kaldes "SNP'er") og insertion / deletion (InDel) begivenheder. Tilstedeværelsen af indels resulterer i sekvenser af forskellige længder og indfører huller i opstillingen, typisk betegnet med en streg "-".
Vores koncept for biologisk identifikation bruger rRNA gensekvenser som følger: konserverede regioner anvendes til at definere variable segmenter ("Spindel hypervariable regioner"), hvori en kombination af sekvens længder er karakteristisk for hver art (en "spindel profil"). Således kan hver art defineres ved en unik numerisk profil.
I teorien, en undersøgelse af blot 6 hypervariable regioner med 20 alleler hver (eller 11 regioner med 5 alleler hver) er nok til at diskriminere alle eukaryote arter på Jorden, som skønnes at være mellem 5 og 15 millioner i antal. I praksis Spindel er i stand til at skelne 93,3% af eukaryote arter med lav intraspecifikke variation og høj fylogenetiske opløsning.
Kommentarer ikke fundet