Spillet foregår på den tropiske feriested Isle Delfino, der er formet som en delfin og omfatter ti primære steder. Øen er hovedsageligt beboet af løbene Piantas og Nokis. Delfino Plaza er Isle Delfino hovedstad og spillets vigtigste knudepunkt. Mario opstiller for Isle Delfino for en ferie med Prinsesse Peach, hendes lange tid steward Toadsworth, og nogle andre Tudser, håber på en afslappende ferie. Ved ankomsten, de finder, at den engang uberørt ø er blevet forurenet, og pudset med graffiti. Som et resultat af denne forurening, sol-formede objekter kaldet "Shine Sprites", øens strømkilder, er forsvundet, og øen er dækket i en evig skygge. Synderen set sprede graffiti er forklædt som Mario (benævnt "Shadow Mario"). Mario er omgående anholdt, da han ankommer, falsk anklaget for vandalisere øen. Han er stillet for retten, fundet skyldig, og beordret til at rydde op i graffiti og inddriver Shine Sprites. For at hjælpe med rengøring, Mario finder Fludd, en kraftfuld vandkanon, der er toted som en rygsæk. Mario begiver sig ud på et eventyr for at rense sit navn og finde den rigtige kriminelle, mens genoprette ro og orden til Isle Delfino.
Kommentarer ikke fundet