Swiss-PdbViewer (aka DeepView) er et program, der giver en brugervenlig grænseflade gør det muligt at analysere adskillige proteiner på samme tid. Proteinerne kan overlejres for at udlede strukturelle tilpasninger og sammenligne deres aktive sites eller andre relevante dele. Aminosyremutationer, H-bindinger, vinkler og afstande mellem atomer er let at opnå takket være den intuitive grafiske og menu interface.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) er blevet udviklet siden 1994 af Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer er tæt knyttet til SWISS-MODEL, en automatiseret homologimodellering server udviklet inden den schweiziske Institut for Bioinformatik (SIB) på Structural Bioinformatics Group på Biozentrum i Basel.
arbejde med disse to programmer i høj grad reducerer mængden af arbejde er nødvendigt for at generere modeller, da det er muligt at tråde en protein primær sekvens på en 3D skabelon og få en øjeblikkelig tilbagemelding om, hvor godt det gevindskårne protein vil være accepteres af henvisningen struktur inden indgivelse af en anmodning om at bygge manglende loops og forfine sidekæde pakning.
Swiss-PdbViewer kan også læse kort elektron tæthed, og giver forskellige værktøjer til at bygge ind i tætheden. Desuden forskellige modelværktøjer er integrerede og kommando filer til populære energiminimering pakker kan genereres.
Endelig som en særlig bonus, POV-Ray scener kan genereres fra den aktuelle visning for at gøre fantastiske ray-spores kvalitet billeder.
Hvad er nyt i denne udgivelse:
- Thymin C6 atom er nu korrekt indlæst
- Ordnede POV-Ray udgang endeløs løkke på pc-versionen
- Den lejlighedsvise nedbrud samtidig spare FBF-filer (f.eks 2i37) på pc er blevet fastsat
- Opdateret adressen på Uppsala elektrontæthed Kort Server
Kommentarer ikke fundet