ZOOM Lite er en næste generation sekventering data kortlægning og visualisering software. Brugere input referencepunkter genomer og Illumina / Solexa kort læser filer eller AB solid farverum læser filer i forskellige formater, såsom * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta osv ZOOM udsender kortlægning resultaterne af disse kort læser på henvisningen sekvens. ZOOM Lite har en hurtig og præcis kortlægning kerne baseret på en nydesignet flere afstand frø teori. Både single-end og parret ende læser af forskellige længder fra kan håndteres 15bp til 240bp. Er tilladt helst antal fejlparringer og en insertion / deletion af forskellige længder mellem læse- og dens målregion på referencesekvensen. Unikt kortlagte resultater eller bedste (top N) resultater for hver læsning vil blive rapporteret i henhold til de minimale paradoksproblemer og Indel længde. Kvalitetsresultater udnyttes til at forbedre kortlægning præcision. Baseret på kortlægningen kernen, ZOOM Lite giver brugerne mulighed for at indlæse lokale læste data og henvisning sekvens data, skal du vælge korrekte parametre, proces høj lydstyrke data parallelt blandt op til fire CPU'er, overvåge de løbende opgaver, gemme kortlægning resultater, se grafer af kortlægning resultater og output kortlægning resultater i enten * .BED eller * .GFF filformater for yderligere opmåling med UCSC browser track oplysninger. Kortlægningsresultater kan ses i enhver ønsket skala fra læsning dybde graf over en hel kromosom til en detaljeret sekvensopstillinger mellem læser og referencesekvensen. Brugerne let navigere til områder af interesse blot via klik og træk eller rulle. ZOOM Lite er et derivat af ZOOM Studio software
Hvad er nyt i denne udgivelse:.
Version 1.5 omfatter SAM eksport format, arkitektur justeres, bedre kode optimering, mindre program binær størrelse, og opgraderet dabase motorerne for bedre ydelse.
Kommentarer ikke fundet