E-Cell System

E-Cell System er en begrebet konstruere virtuelle celler på computere.
E-Cell System er en suite til modellering, simulering og analyse af storstilede komplekse systemer såsom biologiske celler, arkitektes af Kouichi Takahashi og skrevet af et fantastisk team af udviklere software objektorienteret. Central del af systemet, E-Cell version 3 Simulation Miljø, giver mange komponenter drevet af flere algoritmer med forskellige tidshorisonter for at sameksistere.
E-Cell-projektet er et internationalt forskningsprojekt, der sigter mod at udvikle de nødvendige teoretiske understøtninger, teknologier og softwareplatforme til at tillade præcis helcelle simulering.
E-Cell System består af følgende tre hoveddele:
- E-Cell Simulation Environment (eller E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Miljø (eller E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Funktioner :

• Grundlæggende funktioner:
• Objekt-orienteret modellering og simulering af komplekse systemer.
• Plug-in-arkitektur. Kan udvikles nye bruger-objektklasser, dynamisk indlæst, og anvendes i simuleringen.
• Real-time brugerinteraktion og visualisering under simuleringen.


• Scripting:
• Python scripting af en simulation session (Kør / stop / parameter manipulation / databehandling etc ...).
• Python scripting af en simulering eksperiment, der involverer mange kørsler af simuleringen sessioner (såsom parameter tuning, metabolisk kontrolanalyse osv ..)
• Python scripting af model fil generation (f.eks til automatiseret model byggeri fra databaser).


• Kompatible:
• SBML niveau 1/2 import.
• SBML niveau 1/2 eksporterende.


• Parallel beregning:
• Delt-hukommelse, multi-tråd parallelisering af en enkelt simulation session. (Der skal flettes ind i den vigtigste gren.)
• Cluster og gitter distribueret beregning af flere simulation sessioner. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• Denne version tilføjer forskellige fejlrettelser

Hvad er nyt i version 3.1.107 RC2:

• Rettet en fejl i ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Rettet en fejl i ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Hvad er nyt i version 3.1.107 RC1:

• Fast kompilering problem på nyere GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• Integrerede pyecs ind pyecell. (Moriyoshi)
• Flettet ecell.emc ind ecell.ecs for at undgå statisk startværdi skørhed i nogle platform (herunder Mac OS X). (Moriyoshi)
• To GUI frontends (session-monitor og model-editor) blev fornyet til at være to pakker af python moduler, ecell.ui.osogo og ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Flyttet GtkSessionMonitor til ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor der er bosat i ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Renamed ecell.SessionManager at ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Fjernet følgende konstanter fra ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)