NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit tilbyder gratis, bærbare, offentlige domæne biblioteker uden begrænsninger bruge. Det virker på Unix, MS Windows og Mac OS-platforme:
ย ท Netværk og kommunikationssystem (IPC) bibliotek med iostream adaptere
ย ท multithreading Bibliotek
ย ท CGI og Fast-CGI bibliotek
ย ท HTML Generation Bibliotek
ย ท SQL Database Access Bibliotek
ย ท C ++ wrapper bibliotek til BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adaptor / Wrapper Bibliotek
ย ท GZIP og BZ2 C ++ Wrapper Bibliotek med iostream adaptere
ย ท ASN.1 og XML serialisering bibliotek med C ++ Code Generator Tool (datatool)
ย ท Dato og tid Bibliotek
ย ท File System Funktionsbibliotek
ย ท Kommando-linje Argument, konfiguration og miljø Processing Library
ย ท Sequence justeringsalgoritmer Library
ย ท BLAST Engine Bibliotek
ย ท Biologisk Sekvenser kan hentes og behandles Bibliotek
ย ท Bærbar FLTK og OpenGL baseret GUI og grafiske biblioteker
Udover ovenstående, er der en hel masse mere brugbare biblioteker, både generelle formål og biotek-relaterede, der konstant udvikles, vedligeholdes og anvendes i det virkelige liv produktion af hundredvis af web og selvstændige programmer og deres programmører (også tælles i hundreder).
Hvis du er en C ++ udvikler vil du finde den bærbare karakter bibliotekerne meget nyttige i opbygningen cross-platform applikationer, selvom du ikke har meget interesse i bioinformatik. Biblioteker som dem for CGI / spol CGI, HTML, Netværk, SQL Database Access, ASN.1 og XML serialisering er helt generelle formål og kan bruges i en lang række applikationer uden for Bioinformatik problemområdet.
C ++ Toolkit gennemgår aktiv udvikling med bibliotekerne bliver bygget hver aften. Kildekoden er frit tilgængelig via FTP og CVS. Dokumentationen for C ++ Toolkit er tilgængelig online på NCBI Bookshelf format og også bog som kan downloades i Acrobat er PDF-format

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• HØJDEPUNKTER:
• Tilføjet LDS2 (Local Data Storage v.2), som er baseret på sqlite3, har nye funktioner og bedre ydelse. Også implementeret LDS2 data loader til at bruge LDS2 fra Object Manager.
• XmlWrapp-dette praktisk XML håndtering API har været det meste færdig (og endda poleret).
• Gennemført tunneling og godkendelse af HTTP-forbindelser og tunneling af Secure Sockets via HTTP proxies.
• CFormatGuess nu tillader at skelne mellem GTF, GFF3 og GFF2. Det er en muligvis bryde forandring. For flere detaljer se nedenfor.
• Gennemførte store dele af CFeatTree, klassen til at organisere funktioner defineret på en biologisk sekvens i et hierarki, der afspejler deres forældre-barn relationer (baseret på funktionen undertyper).
• CORELIB:
• Gennemført locale-uafhængig konvertering af strengen at fordoble og tilbage; ændrede centrale biblioteker til at bruge det.
• NSTR :: Begrund () - til formatering af stykker i tekst
.
• CNcbiApplication - gøre FindProgramExecutablePath statisk, og mere robust; tilføje en statisk højere niveau GetAppName metode. Kig efter de globale konfigurationsfiler i flere tilfælde.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Ny metode udsætte logik at bestemme, hvilken fil (hvis nogen) til at indlæse
• CEnvironmentCleaner -. Ny klasse til at skille sig uønsket miljøvariabler
• CFileIO - tilbage til original adfærd:. Ikke lukke filen håndtaget, hvis det er tildelt via SetFileHandle ()
• SERIAL:
• serialisering af AnyContent dataobjekter - fast at genkende og korrekt proces attributter i deres værdier
.
• Korrigeret læsning af XML-data til at tildele et element standard værdi, når den har intet indhold.
• Tilføjet understøttelse af sekvenser af elementer, hvor elementet har en standardværdi.
• DATATOOL:
• Korrigeret kodegenerering af:
• CHOICE dataobjekter;
• binære datatyper med attributter.
• Korrigeret konvertering af dobbelt typen værdier for at bevare mere betydende cifre.
• CONNECT:
• Tilføjet KeepAlive socket option (fSOCK_KeepAlive).
• Tilføjet NCBI forbindelsestesten (CConnTest).
• Hjælpeprogrammer:
• g_FindDataFile -. Ny funktion til lokalisering datafiler i (konfigurerbare) standard placeringer
• CChecksumStreamWriter -. Ny klasse til at beregne checksum af data skrevet til en strøm
• g_GZip_ScanForChunks () - ny API, at forespørge komprimerede stream positioner. Tilføjet implementering for at få positioner i separate gzip-filer i sammenkædede gzip-fil.
• Tilføjet kompression / dekompression stream manipulatorer (inkluderer / util / komprimere / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) opdateret, med en muligvis bryde forandring. Formålet med dette er at tillade CFormatGuess at skelne mellem GTF, GFF3 og GFF2. I øjeblikket er det klumper alle disse formater i en en "eGtf 'værdi. Den gamle 'eGtf' værdi (3) er ved at blive erstattet med »eGtf_POISONED", og vil ikke blive returneret igen. Den nye værdi for "eGtf« (21), vil betyde en fil, der skal læses med CGtfReader (objtools / læsere / gtf_reader.hpp). Den nye værdi "eGff3« (22) er efter filer beregnet til at blive læst med CGff3Reader (objtools / læsere / gff3_reader.hpp), og »eGff2« (24) er efter filer beregnet til at blive læst med CGff2Reader (inkluderer / objtools / læsere /gff2_reader.hpp)
• BIO-objekter:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Ny metode til at hjælpe sted sekvenser importeret fra FASTA filer med range specifikationer i mere sammenhæng; indpakket CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (ligeledes nyt).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Gennemføre eller forbedre anerkendelse for flere præfikser (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, og IAA-IZZ, hvoraf nogle svarer til den nye mulighed for DDBJ TPA WGS data) og mixed-i TPA protein tiltrædelser (hovedsagelig fra EMBL, men nogle fra GenBank også).
• Skelne WGS master-tiltrædelser af en ny flag bit. Slap af over-streng FBF anerkendelse logik.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Ny funktionalitet til at arbejde med almindelig tekst sekvens identifikatorer, indregnes ud af CFastaReader og generaliseret noget
• SSeqIdRange - Ny type (komplet med parser og on-the-fly & quot; iterator & quot;) til arbejde med Seq-id intervaller, som er til stede i nogle FASTA defline source modifikatorer
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Eventuelt acceptere brugerdefinerede titler til enlige sekvenser. Tag negativ-strengede intervaller med førende 'C'er.

.
• CFastaReader - Støtte negativ-strengede intervaller og Paillet kompakte defline stil hul syntaks (?? & Quot; & gt; N & quot; hvor N er et nummer, eller & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Tilføjet kommando-line option -num_domain_hits, der begrænser antallet af konserverede domæner pr sekvens anvendes til beregning alignment begrænsninger.
• Fylogenetiske træer:
• Tilføjet højere niveau interface til beregning fylogenetisk træ fra sekvensalignments (fx BLAST og kobolt resultater). Klasse CPhyTreeCalc beregner fylogenetisk træ, og CPhyTreeFormater udskriver træet i Newick og Nexus format.
• BIO-objektbiblioteker:
• Gennemførte CheckNumRows () og andre metoder til sparsomme alignments.
• For at reducere hukommelsesforbrug: tilføjet læst-kroge til at reducere hukommelse, der bruges af linjeføringer efter deserialization; Na-streng nu bruger en byte hukommelse hvor det er muligt; Score.value valg er nu indlejret i CScore.
• Udnyt tiltrædelse i CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-OBJECT MANAGER:
• Tilføjet getter metoder til boolean felter i CTableFieldHandle.
• Tilføjet GetBestGeneForFeat () baseret på CFeatTree.
• Gennemført GetBestOverlappingFeat () på CFeatTree.
• Tilføjet hurtigt cscope :: GetTaxid ().
• Gennemført bulk-lastning for acc / ver, gi, label, og taxid.
• Tilføjet huller nul-længde kontrollere, CSeqMap og CSeqVector.
• Gennemført GetLength () og GetCoverage () for obligations- placeringer.
• Forbedringer:
• Tilføjet hjælper metode til at fylde CFeatTree på stedet.
• drønede op kortlægning af simple CSeq_loc_mix steder i CFeat_CI.
• Skærpet sortering af funktioner i CFeat_CI at undgå uklarheder.
• CSeq_feat_Handle getters nu arbejder med Seq-bord funktioner også.
• Seq-table funktioner understøtter nu flere niveauer brugerfelter.
• Non Seq-feat Seq-tabeller er nu anerkendt, selvom beliggende i Split luns.
• drønede op CBioseq_Handle :: AddId ().
• Optimeret cscope :: AttachXxx ().
• Support split af navngivne anmærkning.
• CSeqVector og CSeqVector_CI s CanGetRange () nu return false stedet for at smide en undtagelse.
• Tillad at angive, hvordan til at håndtere eksisterende håndtag i ResetHistory ().
• Optimeret re-forældre, hvis der tilføjet flere funktioner til CFeatTree.
• Tilføjet mulighed for at fejlsøge cscope oprettelse / sletning.
• Mange ændringer i C ++ oprydning funktionalitet at efterligne oprydning funktionalitet, som allerede findes i C. Der er stadig mere arbejde at gøre med BasicCleanup, men der er gjort betydelige fremskridt. Lidt arbejde er blevet gjort for ExtendedCleanup som af endnu.
• CSeq_loc_Mapper kan nu initialiseres med en GC-forsamling.
• Fejlrettelser:
• Fast kortlægning af mix steder på minus streng i CFeat_CI.
• Mange rettelser i den måde CFeatTree links funktioner.
• Flere tråd-sikkerhedsmæssige rettelser.
• Fast typo forhindrer tilføje flugter og grafer til CSeq_annot_EditHandle.
• værn mod undtagelser, når sortering funktioner i CFeat_CI.
• GENBANK DATA LOADER:
• Registreret HPRD eksterne anmærkninger.
• Tilføjet valgfri exclude_wgs_master param i pubseqos / pubseqos2 læsere.
• Gennemført bulk-lastning for acc / ver, gi, label, og taxid.
• Tilføjet CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Forbedring:
• Brug isætning anmodninger i cscope :: GetBioseqHandles ().
• Separate læser Statistikkerne efter lastede klatter.
• Tilføjet tidsstempel til GenBank debug beskeder.
• Brug IConnValidator til åbning PubSeqOS forbindelser.
• Tilføjet split-version luns anmodninger og luns undernøgler i GenBank cache at undgå at bruge forkerte bidder når blob split tilstand ændres i ID.
• Tilføjet sekundære mindre forvirrende param navne for åben timeout.
• Du må ikke formere prøve igen optælling af antallet af forbindelser.
• Objekt MANAGER Test og demoapplikationer:
• id2_fetch_simple -. Tilføjet -ID muligheder for vilkårlige Seq-id'er
• test_bulkinfo -. Ny test ansøgning
• FASTA:
• C ++ funktion tabel funktionalitet er blevet gjort mere funktionel som en del af BankIt projektet.
• asn2flat nytte
• Kæmpe række ændringer Fladfil formateringsplugin at bringe den meget tættere på at frigive klar tilstand (muligvis frigive klar på dette punkt, selv om nogle relativt mindre problemer tilbage).
• XMLWRAPP:
• Fast segmentering fejl i tilfælde af at tage en henvisning til XPath udtryk kører resultater.
• Tilføjet hjælpere at få offentlig ID, systemet id og DTD navn for eksterne og interne delmængder.
• Tilføjet metoder til opslag node attributter.
• Fast udførelse af XPath udtryk:. Det nu starter fra given knude
• Fast søge attributter (herunder standard), når et namespace til rådighed.
• Tilføjet mulighed for at køre XPath udtryk uden behov for at registrere navnerum eksplicit.
• Tilføjet evne til at levere containere til opsamling af fejl og advarsler ved fortolkning dokumenter.
• Tilføjet evne til at modificere værdier og namespaces for node standardindstillinger attributter.
• Tilføjet mulighed for at teste, om en attribut er standard.
• Tilføjet mulighed for at indsætte eller fjerne attributter under hensyn til deres navnerum.
• Tilføjet mulighed for at fratage XML erklæring, når et dokument gemmes.
• WindowMasker:
• Tilføjet en ny input format, & quot; seqids & quot ;; med dette input format, indgangen er en fil, der indeholder en sekvens id på hver linje, og algoritmen bruger Bio-Object Manager til at se op sekvenserne.
• Tilføjet en ny klasse CWinMaskConfig, til opbevaring af alle de WindowMasker konfigurationsparametre. Klassen kan bruges til at tilføje de nødvendige kommandolinjeargumenter til CArgDescriptions, og derefter få de konfigurationsparametre fra kommandolinje-argumenter.
• BUILD RAMMER (UNIX):
• Fortolk kommandolinje-specifikationer APP_PROJ eller LIB_PROJ som cue at rydde ud andre * _PROJ indstillingerne ikke også leveres der. (Kræver GNU Make;. Bygger med Sun gøre fortsat arbejde som før)
• Supply flere mål i undermapper:. * _F (Ved hjælp af lokale flade makefiler produceret på efterspørgslen, ignorerer afhængighed af andre dele af træet), * _fd (indpakning øverste niveau Makefile.flat), clean_sources og purge_sources
• Indstil, og dens bekvemmelighed scripts (compilere / unix / * sh.):
• Bemærkelsesværdige nye flag, uden hold-3psw -. Ikke at bruge med nogen 3.-parts software
• Tilføjet en check på GLEW.
• Forbedret kontrol af Boost og OpenGL.
• Support angivelse run stier på Darwin (Mac) systemer med moderne toolchains.
• BLAST:
• Til Darwin (Mac OS X), bygge kun til Intel-processorer, selv i ellers universel bygger på grund af en PowerPC toolchain begrænsning.
• Tilføjet support for at hente NCBI Taxonomy ID'er for hvilke WindowMasker support er tilgængelig.
• Tillad specifikationen af ​​en forespørgsel sekvens sammen med flere sekvensalignment fil i psiblast.
• Tilføjet database hårdt maskering support.
• Tilføjet database soft-maskering for oversatte søgninger.
• Tilføjet understøttelse af btop (BLAST tilbagesporingstabel operationer) og forespørgsel og emne længde i tabelform rapport.
• Kommando-line applikationer - tillade psiblast at søge flere forespørgsler, tilføjede valgfri -input_type for makeblastdb
• Tillad brug af bedste hit og XML i blast2sequences mode.
• Forbedret formatering ydeevne til fjernransagninger.
• makembindex kan nu opbygge maskerede MegaBLAST indeks direkte fra en BLAST nucleotid database ved hjælp af maskering lagret i BLAST database. Dette opnås ved ny kommandolinje option -db_mask at makembindex. Muligheden accepterer heltal id filtrering algoritme understøttes af BLAST database. Den mulighed kan kun anvendes i forbindelse med -iformat blastdb.
• For at hjælpe en bruger med at finde ud af de numeriske id'er for filtrering algoritmer, der understøttes af en BLAST-database, er de flag -show_filters indført. Anvendelse af flag med -iformat blastdb og BLAST database som input får makembindex til output en liste over tilgængelige filtrering algoritmer og afslutte.
• Programmer NetCache:
• NetCache er omarbejdet til at omfatte følgende funktioner:
• bedre styring af diskplads
• lock-mindre arbejde med klatter, der versionering i stedet
• multi-port lytte og pr-klient indstillinger differentiering.
• NetCache og ICache API'er:
• Brug Uint8 overalt for blob størrelse.
• Tillad delvis blob hentning.
• Indført beskyttelse blob password; tomme adgangskoder behandles som ingen adgangskode.
• Worker node API'er:
• Ny parameter for terminering arbejdstageren node, hvis dens hukommelsesforbrug overskrider den angivne grænse (parameter & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Ny parameter for terminering arbejdstageren node, hvis dens køretid overstiger den angivne grænse (parameter & quot; total_time_limit & quot;)
.
• GRID ANVENDELSE:
• netscheduled
• Rettet en fejl, der forårsagede noget svar på køen sletning kommando.
• remote_app
• Ny konfiguration parameter (& quot; tmp_dir & quot;). At styre, hvordan midlertidige mappe navn genereres - at reducere dens længde
• Log blob skrive fejl.
• netcache_control
• Tillad delvis blob hentning.
• Ny kommando -Fjern at slette klatter af deres id'er.
• Ny parameter -auth at angive strengen godkendelse til at bruge.
• Nye kommandoer -reconf og -reinit til brug NetCache administratorer.
• netschedule_control
• Aktiveret kompatibilitetstilstand at gøre netschedule_control arbejde med ældre arbejdstager noder.
• cgi2rcgi.cgi
• Opret ikke et tomt NetCache klat som pladsholder for de fremskridt besked.
• Log Grid fejl, der rapporteres til brugeren.
• Tillad mellemrum i jobbet ID parameter.
• Support output af de oplysninger, jobstatus i JSON format.
• Tillad brugerdefinerede HTML-skabeloner, der skal defineres for netfejl og andre arrangementer.
• tilføjet nogen-cache HTTP-headers for at undgå caching af mellemresultater.
• ncfetch.cgi
• Ny parameter for at få adgang kodeordsbeskyttede klatter.
• Fortolke ekstra parameter & quot; filnavn & quot; som et filnavn til den downloadede fil.

Hvad er nyt i version Dec 31, 2008:

• Denne udgivelse tilføjer en metode til at beregne kolonne-specifikke pseudocounts i PSI-BLAST.
• Det refactors den netydelser bibliotek.
• Det tilføjer unit test rammer og fejl logning for alle File API klasser.
• Det løser pthread support på IRIX. Det øger støtte til XML serialisering.
• Den fastsætter støtte til Sybase.
• Det tilføjer understøttelse af mindre opslagstabeller for små forespørgsler.
• Det tilføjer en API til at hente GenBank frontlæsser statistikker.
• Det har forskellige andre forbedringer, speedups og fejlrettelser.