capsid er en omfattende open source-platform, der integrerer en højtydende beregningsmæssige rørledning til identifikation & nbsp patogen sekvens; og karakterisering i menneskelige genomer og transcriptomes sammen med en skalerbar resultater database og et brugervenligt webbaseret software til styring, forespørge og visualisere resultaterne.
Kom godt i gang
Du skal bruge en MongoDB database, en Python 2.6+ installation og Apache Tomcat 6+. For flere detaljer, kan du læse wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What er nyt i denne udgivelse:
- Rettelser Fejlmeddelelse, når du kører subtraktion og tilpasning er ikke fundet
- Mere arbejde på fastsættelse langvarige forespørgsler
Hvad er nyt i version 1.4.2:
- Fjerner MongoKit afhængighed
Hvad er nyt i version 1.4.1:
- Rettelser markør timeout for lange kører statistik forespørgsler
Hvad er nyt i version 1.4.0:
- Tilføjer statistikker, mens de bliver kørt frem for alt i slutningen
- Gemmer unik id for gener som uid
Hvad er nyt i version 1.2.7:
- Rettelser README
Hvad er nyt i version 1.2.6:
- Subtraktion filtrerer unmapped når bygningen kortlagt læser
Hvad er nyt i version 1.2:
- værktøj til at oprette FastQ filer fra unmapped læser
- Utility til at returnere skæringspunktet mellem FastQ filer
- Utility til at returnere filter FastQ filer
- Tilføjet mapq tærskel flag til subtraktion
- Gbloader kan nu indlæse bakterier og svampe-genomer
- Gemmer genomsekvenser til databasen ved hjælp GridFS
- Reduceret hukommelse footprint ved beregningen statistik
- brug delprocesser i stedet for os.system
- mapq scores filter skal indeholde 0
Hvad er nyt i version 1.1:
- tilføjer understøttelse for pair-end læser
Hvad er nyt i version 1.0.1:
- Tilføjet understøttelse af MongoDB godkendelse
Krav :
- Python
Kommentarer ikke fundet