CLC Main Workbench

Dette 4-ugers fuldt funktionel demo af CLC Kombineret Workbench aggregater alle DNA-sekvensen analyser af CLC Gene Workbench og al protein sekvens analyser af CLC Protein Workbench. Alle analyser er fuldt integreret i et enkelt, brugervenligt, og intuitivt program

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

Forbedringer

• Opdateret restriktionsenzymet liste fra Rebase. & nbsp;

• Fixed et problem med at køre BLAST på MacOS Sierra
• Opdateret Pfam links. & nbsp; rapporteret af Pfam domæne Søg værktøj
• Fixed et problem introduceret i. & nbsp;. CLC Main Workbench 7.7.2, hvor manglede enzymer, der er anført alfabetisk efter RdeGBI methylering oplysninger
• Forskellige mindre fejlrettelser

Hvad er nyt i version 7.7.2:

Arbejdsgange

• Workflow udgange kan nu konfigureres så undermapper at indeholde udgangene er oprettet.
• Nye pladsholdere er tilgængelige, når der definerer navnene på workflow udgange: {user}, {host}, og for elementer af tidsstempel af produktionen objekt, {år}, {måned}, {dage}, {time}, {minutter}, {sekunder}.
• Pladsholdere inden workflow output navne, der tidligere var kun tilgængelig som cifre nu kan angives ved hjælp skriftlige navne: {navn} er et synonym for {1} og {input} er en synonymer for {2}
.
• 
  

  Når du bruger {2} pladsholder for brugerdefinerede navngivning i workflow udgangselementer kun oplåste input vil indgå i det genererede navn.

  
  
• 
  

  I den genererede pdf viser alle de konfigurerede parametre for en arbejdsproces, poster for parametre forbundet med et værktøj eller et input element nu anføre navnene på de afgørende elementer. Tidligere parameter programoversigter for sådanne elementer blev tomt.

  
  
• 
  

  Hvor et værktøj navn er blevet ændret på en arbejdsproces, er det oprindelige navn nu inkluderet sammen med ændrede navn ved eksport workflow parametre.

• 
  

  Historik visning af dataelementer skabt ved hjælp af en arbejdsproces nu indeholder oplysninger om arbejdsgangen, der skabte dem.

  
  
• Rækkefølgen af ​​værktøjer i workflowet "Tilføj Element" menuen nu matcher orden i Workbench Toolbox menuen.
• Forbedret workflow validering at hjælpe brugeren med at identificere indgange, der vil blive ignoreret på grund af konfigurationen af ​​workflow elementer.

& nbsp;

& nbsp;

• Hurtig start værktøj er nu fundet under Toolbox menuen i stedet for menuen Vis og en knap kaldet Launch, der bringer op dette værktøj er blevet tilføjet til værktøjslinjen.

• Analyser kan nu blive lanceret på dataelementer, der er anført i resultattabellen af ​​en lokal søgning ved at vælge de elementer af interesse, højre klikke med musen og navigere gennem kontekst menu, der vises.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A. & Nbsp; "Fjern Association (s)" valgmulighed til at fjerne metadata foreninger fra udvalgte dataelementer er blevet tilføjet synd Metadata Elements visning i et højreklik kontekstmenu

• I Metadata Find Associated data se den er nu også muligt at bruge Find i Navigation Area når flere rækker er valgt.

  
  
• Når du importerer metadata fra et regneark med formler i det, resultatet af evalueringen af ​​formlen (som vist i Excel) er nu importeret snarere end selve formel.

& nbsp;

• Alle NCBI server kommunikation er nu krypteret. (NCBI vil flytte alle web services til HTTPS-protokollen 30. september 2016). & Nbsp;

  
  

• Listen af ​​enzymer forudinstallerede i arbejdsbord. & Nbsp; er blevet opdateret fra Rebase

  
  

• indstillingen "er ikke i listen" er blevet indført som en ny tabel filtrering mulighed.

  
  

• Læs gruppe detaljer er nu vist på Element Info visning af sekvens lister.

  
  

• GenBank import nu også mulighed for filnavne med 'GBFF "udvidelse.

  
  

• "Sort mappe" værktøj bruger nu numerisk sortering for filnavne foranstillet med et nummer.

• Nye pladsholdere er tilgængelige, når der definerer navnene på eksportør udgange: & nbsp; {User}, & nbsp; {vært}, og for elementer af tidsstempel af produktionen objekt, {år}, & nbsp; {måned}, & nbsp; {dage}, & nbsp; {time, & nbsp; {minutter}, & nbsp; . {sekunder} & nbsp;
• Pladsholdere inden eksport output navne, der tidligere var kun tilgængelig som cifre nu kan angives ved hjælp skriftlige navne: {input} er et synonym for {1}, {extension} er et synonym for {2} og {tæller} er en synonym for {3}.

Hvad er nyt i version 7.7.1:

• Fixed et problem, der opstod, da udfører arbejdsgange med flere indgange i batch, hvor ændringer til foruddefinerede, faste input angivet under lanceringen processen ikke er blevet anvendt.
• Fixed et problem, hvor Motif søgeværktøj fejlagtigt rapporteret alle match nøjagtigheder som enten 0% eller 100%.
• Fixed et problem, hvor sortering en mappe samtidig spare i det kunne udløse en fejl.
• Rettet en fejl i dialog tilstand partiet, der ville føre til en fejl, når problemer relateret til den underliggende fil eller data placering opstod.

Hvad er nyt i version 7.7:

Importer metadata - grundlæggende og let metadata import. Dette værktøj supplerer de værktøjer, der er tilgængelige i Metadata Table Editor.

Hvad er nyt i version 7.6.4:

• Rettet en fejl, når Søg efter sekvenser på NCB værktøj ville undlade at hente nukleotidsekvenser med fejlmeddelelsen "Følgende sekvenser blev ikke downloadet korrekt.
• Rettet et problem med BLAST ved NCBI trin i Opret Protein Rapport værktøj.
• Fixed et problem, der fører til en fejl under VCF udførsel, hvis de involverede havde oprindeligt blevet importeret fra VCF filer data og værdierne i QUAL feltet var heltal. & Nbsp;
• Eksport af floating-point (decimal) numre til VCF & nbsp; format tidligere var afhængige af den angivne locale. Dette er rettet således, at & nbsp; decimal separator. & Nbsp; nu altid er et punkt
• Når du gør automatisk sammenslutning af metadata, log viser nu hvilke metadata rækker ikke var forbundet med nogen data.
• Rettet en fejl, der forhindrede metadata manuelle oplysninger, der skal tilgås inde fra Workbench.
• Rettet en fejl, hvor laver automatisk forening ved hjælp af en metadatatabel lagret på en CLC Server ville mislykkes.
• Automatisk sammenslutning af metadata håndterer nu sammenslutning baseret på et præfiks af data navne snarere og præcis passer til data navnet det hele.
• En metadatatabel ikke længere har brug for en central søjle for sine rækker manuelt forbundet med dataelementer.
• En mulighed for at tilsidesætte metadata roller tidligere synlige i konfigurationen af ​​Workflow udgange blev fjernet.
• Rettet en fejl der sker, når en Workbench data Placering pegede på en fil på systemet i stedet for en mappe. Det vil nu blive vist som utilgængelig i Workbench Navigation området.
• Aktiveret tooltips for alle parametre, når du konfigurerer og udførende arbejdsgange.
• login processen fra en Workbench til en CLC Server skal nu afsluttet, før du åbner en CLC url vil begynde.
• Løs et problem på Mac-computere, hvor Workbench ikke blev anerkendt som en brugerdefineret protokol handler for CLC:. // Webadresser
• Løst en sjælden forekommende undtagelse, kan udløses ved at skifte editor visning med et dobbeltklik.

Hvad er nyt i version 7.6.3:

Nye funktioner og forbedringer

• Batching på udvalgte elementer er nu muligt: ​​det plejede at være begrænset til udvalgte mapper
.
• Man kan nu vælge "EST" som database, når du bruger Søg efter Sekvenser på NCBI værktøj.
• Hierarkisk Gruppering af prøver værktøj kan nu udføres som en del af arbejdsgange og på serveren.
• Forbedret hukommelse ledelse, når håndtering af store rapport elementer.
• Tooltips på blade af fylogenetiske træer nu vise en beskrivelse af den vedhæftede sekvens.
• Tal er ikke længere føjes til navnene på Workflow elementer, når du opretter en kopi af en Workflow ved hjælp af "Open Kopi af Workflow".
• Metadata Management. Hold styr på input filer og importere meta information til dine prøver.

Fejlrettelser

• Rettet en sjælden forekommende problem, hvor Workbench ville vise en fejlmeddelelse, når du installerer en 3. part licenseret plugin.
• Fixed et problem, hvor du vælger en post i en Blast resultater tabel kunne fremhæve den forkerte tilpasning i Blast editor, hvis tabellen var blevet filtreret eller sorteres.
• Fixed et problem, hvor du klikker på en anmærkning i Design Primere redaktør kunne give anledning til en fejlmeddelelse.
• Fixed et problem, hvor anmærkninger, der strakte enderne af en cirkulær sekvens ville være forkert placeret i cirkulæret Sequence View.
• Rettet en fejl, der forårsagede arbejdsbordet til at fryse, hvis visse sekvenser blev vist i cirkulære visning med radial gengivelse af etiketter.
• Faste eksporterede rapporter har den forkerte forfatter i visse situationer.
• Fixed et problem, hvorved Opret Box Plot og Principal Component Analysis kunne undertiden køre med ulovlige argumenter, hvilket fører til en fejlmeddelelse.
• Udgangen af ​​Reverse komplement Sequence værktøj nu får endelsen -RC knyttet til navnet på den indgang i stedet for -1 før.
• Rettet en fejl i Forudsige Sekundær struktur værktøj, når muligheden for at beregne den partition funktionen blev valgt til lange molekyler (& gt; 1000 nukleotider).
• Fixed et problem, hvor man ikke kunne zoome ind efter zoome helt ud på meget store arbejdsgange.
• Fixed et problem, der forhindrede en rodmappen på Windows kører i at blive brugt som en filplaceringen.
• Fixed et problem, hvor opdatering af en eksisterende installation på Windows ville resultere i .vmoptions filen blive slettet, hvilket gør Workbench løb med standard Java-konfigurationen.

Hvad er nyt i version 7.6.2:

• Tilføjet et værk rundt til en java problem, der lejlighedsvis resulterede i Workbench vise en intetsigende fejl og kræver en genstart for at fortsætte med at arbejde.
• Fixed et problem med rindende BLAST på NCBI hvor en NCBI-genereret fejl om deres CPU-forbrug grænse overskrides ikke blev rapporteret gennemsigtigt og et resultat af "ingen hits" blev rapporteret i stedet.
• En rettelse blev anvendt for at undgå en undtagelse i tilfælde, hvor oprydning af downloadede filer fra BLAST mislykkedes.
• Reverse Oversæt værktøj ignoreret enhver genetiske kode er angivet i codon frekvens tabeller. Alle omvendt oversættelse vil således standard til den standard genetiske kode.
• Når du installerer en arbejdsgang med bundtede data, er det ikke længere muligt at vælge en read-only mappe til lagring af data.
• Fast forkert visning af "Understøttet format" ved eksport elementer fra enten Folder Editor eller Local Search Editor.
• Fix af potentielle forkert fil gemmes, når du redigerer en fil findes via Local Search Editor.
• Plots inde rapporter er nu vist med deres gemte indstillinger side panel.
• Fast besparelse forskellige line farver i parceller gennem sidepanelet.
• Side panel mulighed for at vise legender for et plot med mere end 10 prøver er nu aktiveret.
• Fixed et problem, der førte til en fejl, når rendering grunde til tomme datasæt.
• Fixed et problem, hvor "Tøm papirkurv" valgmulighed var til tider forkert utilgængelig.

Hvad er nyt i version 7.6.1:

• GTF eksportør er nu tilgængelig for Main Workbench.
• Transcriptomics eksperiment og prøve tabeller kan nu sorteres, selv med et stort antal rækker.
• Forbedret Excel, HTML og tabulatorsepareret eksport af varianter (Vælg kun de annotationer / kolonner, du har brug for).

• Rettet en fejl, der påvirker "Cut Sequence Før / Efter Selection" værktøj i Kloning editor.
• Rettet fejl, hvor en venstre-klik hurtigt efterfulgt af højreklik blev tolket som dobbeltklikke på OS X (i vedholdenhed listen med søgeresultater, i værktøjskassen træet, og i arbejdsgangen editor).

Hvad er nyt i version 7.6:

• Spor:
  • Konsekvent output, når berigende variant spor og annotation spor med ekstra tabelkolonner. Output spor fra disse værktøjer har nu samme antal tilsatte tabelkolonner og kolonnerne vil altid være i samme rækkefølge. Tidligere hvis en ekstra kolonne havde tomme værdier for alle variant rækker, ville det have været fjernet fra finalebordet, hvilket resulterer i varierende antal og relative rækkefølge af yderligere kolonner, når flere prøver blev behandlet med de samme værktøjer / arbejdsgange. Alle søjler bevares nu, letter nedstrøms behandling af eksporterede tabeller, og giver umiddelbar visuel reference, hvilken berigelse / annoteringsværktøjer er blevet anvendt, selv om de ikke producerer nogen resultater for en bestemt prøve.
  • Tabeller til variant spor og annotation spor kan nu sortere og filtrere kolonner med celler, der indeholder flere numre.
  • Forbedret sporet fremviser til variant spor at vise sekvensen ændring på den leverede variant.
  • Graf spor viser nu negative værdier fyldt op til y = 0 (som forventet).
  • Øget decimaler for tal, når eksporterende tabel til CSV, tabulatorsepareret tekst, og Excel.
  • Forbedret rapportering af fejl i forbindelse med lav diskplads.
  
  

Hvad er nyt i version 7.5.1:

• Det er nu muligt at køre et workflow uden en valgfri indgang.
• AAC værktøj ikke anmærke varianter i 3'UTR med deres DNA-niveau forandring ved hjælp af lastbiler c.xxx format. Dette påvirker enhver analyse udført med Gx 7.5 eller tidligere baseret på Ensembl CDS spor fra ældre versons. Den AAC analyse bør være redone hjælp Gx 7.5.1 for korrekt annotation.
• Pfam filtrering fejl rettet. Tidligere Pfam kun rapporteret det første domæne af hver type i en forespørgsel, og som en konsekvens mange domæner blev forpasset. Vi anbefaler, at brugere, hvis forskning er afhængig af Pfam anmærkninger igen køre værktøjet på deres data.
• Rettet en fejl i "Maximum Likelihood Fylogeni 'værktøj, der mislykkedes, når du genererer bootstrap værdier for visse input alignments.
• Rettet problem med at rulle til de relevante filer, når du vælger objekter som parametre i værktøj guider.
• Blast tekst resultater De er blevet forbedret, så de viser den korrekte forespørgsel og subjektpositioner uanset streng.
• Rettet et problem, der forhindrede BLAST operationer, når de vælger at køre disse på CLC Server.
• Det er nu muligt at køre et workflow uden en valgfri indgang.