edittag

edittag er et program kollektion til design sæt edit metriske sekvensmærker, kontrol sekvensmærker for kropsbygning til redigeringen metriske, og integrere sekvensmærker til platform-specifikke sekventering adaptere og PCR-primere. edittag adskiller sig fra andre metoder:
& Nbsp; * edittag genererer vilkårlige længder af edit-metriske sekvensmærker i rimelige tidsrammer ved hjælp multiprocessing
& Nbsp; * edittag producerer edit metriske sekvensmærke sæt overensstemmelse med redigeringen distance valgte
& Nbsp; * edittag brugte primer3 at integrere sekvensmærker til PCR-primere
Vi leverer flere store sæt edit metriske sekvensmærker designet ved hjælp edittag i følgende formater:
& Nbsp; * tekst - denne fil er i et passende format for check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite database
Henvisning
Faircloth BC, Glenn TC. Store sæt Edit-metriske sekvens identifikation
tags at lette storstilet multipleksing af læser fra massivt
parallel sekventering. doi_
Installation:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tjære -xzf package.tar.gz
python setup.py installere
repository
git klon git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
valgfri pakke (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py installere
valgfri pakning (primer3)
Hvis du ønsker at designe primere indarbejde redigere metriske sekvensmærker, skal du først installere en modificeret version af primer3:
git klon git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
lave
make install
Sørg for, at du flytter de binære filer fra MOD-primer3 til en placering i din sti (flyt mindst primer3 lange og primer3_config i den samme mappe i din vej). Du kan derefter køre

Krav :

• Python
• numpy
• Levenshtein
• mod-primer3