Genom-dækkende mRNA profilering giver et øjebliksbillede af den globale tilstand af celler under forskellige betingelser. Men mRNA-niveauer ikke give direkte forståelse af opstrøms reguleringsmekanismer. Expression2Kinases (X2K) er en ny tilgang til at identificere opstrøms regulatorer sandsynligvis ansvarlige for observerede ændringer i genom-dækkende genekspression. Ved at integrere chip-seq / chip og position-vægt-matricer (PWM'er) data, protein-protein interaktioner, og kinase-substratphosphorylering reaktioner X2K kan bruges til at identificere reguleringsmekanismer opstrøms af genom-dækkende forskelle i genekspression. Ideen er først at udlede de mest sandsynlige transkriptionsfaktorer, som regulerer forskelle i genekspression, derefter bruge protein-protein interaktioner til at forbinde de identificerede transkriptionsfaktorer anvender yderligere proteiner til opbygning transkriptionsregulatoriske undernetværk centreret om disse faktorer, og endelig bruge kinase-substrat protein Phosphoryleringsreaktionerne at identificere og rang kandidat protein-kinaser, der mest sandsynligt regulerer dannelsen af de identificerede transskriptionelle komplekser. X2K indeholder også værktøjer til at udføre gen-liste berigelse analyser og forudsige medicin, der kan vende eller forværre ændringer i genekspression. . Den X2K tilgang kan fremme vores forståelse af cellesignalering og optrævle narkotika virkningsmekanismer
Krav :
Java Runtime Environment 6.0
Kommentarer ikke fundet