goby

kutling er en Python API til læsning binære datafiler oprettet ved hjælp af rammer datastyring Goby next-gen.
Normalt denne mappe kommer som en del af den komplette Goby pakke, tilgængelig fra:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Den komplette pakke indeholder Java kildekode. Hvis du har downloadet denne pakke fra PyPI eller en anden Python-specifik kilde, kan du have modtaget kun Python del af koden.
Udvikling Advarsel
De Goby Python biblioteker er ikke så modne som Java implementering. Det kan være mere buggy og er ikke beregnet til at levere samtlige funktioner, der findes i Java-versionen.
Installation:
& Nbsp; 1. Sørg for at have Python 2.5 eller nyere. Er du i tvivl, kør:
python -V
& Nbsp; 2. Hent og installer den forudsætning python pakker:
& Nbsp; 1. Protokol Buffere
& Nbsp; Tilgængelig fra http://code.google.com/p/protobuf/ eller PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python erstatning for java.util.Properties
& Nbsp; Tilgængelig fra http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installer Goby pakken:
python setup.py installere
& Nbsp; Dette trin kan kræve superbrugeren.
Anvendelse:
Eksempel scripts leveres at demonstrere, hvordan at få adgang til indholdet af Goby filer i Python.
& Nbsp; * Her er hvordan du scanner en Goby tilpasning fil:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Filerne basename.entries og basename.header skal afslutte.)
& Nbsp; * Den næste kommando udskriver indholdet af en tilpasning fil som tekst:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Den næste kommando vil konvertere en kompakt læser fil til FASTA format:
GobyCompactToFasta.py file.compact-læser
& Nbsp; * Den næste kommando udskriver statistik om indholdet af en kompakt læser fil:
GobyReadsStats.py file.compact-læser

Krav :

• Python