Malign

De mange tilpasning procedurer, der gennemføres i ondartet er nære paralleller til dem, der anvendes til at søge efter minimumslængde cladograms. De logiske og programkommandoer vil være klart for dem bekendt med programmer som Hennig86, NONA og PAUP. Tilpasning topologier er konstrueret via forskellige sekvenser og forbedres gennem gren swapping. Hver linie topologi giver en multiple alignment og cladograms er konstrueret af at tilpasningen. Udgifterne til de mest påholdende kladogram derefter tildelt som omkostningerne multiple alignment.