QuasiRecomb

QuasiRecomb er en letvægts program, der kører i kommandoen konsol, der simulerer en Markov model til generering viral quasispecies. Det beskriver frembringelsen af ​​den virale quasispecies og en fremgangsmåde til at udlede dens parametre ved at analysere næste generation sequencing data. Modellen er valideret på simulerede data, som viser den fordel, udtrykkeligt tager rekombination proces i betragtning, og testet ved på læser fås fra eksperimentelle HIV prøver. Det tilbyder en implementering af EM-algoritmen til at finde maksimum en efterfølgende estimater af modelparametre og en metode til at estimere fordelingen af ​​virusstammer i quasispecies

Krav :.

Java