DendroPy

Den giver klasser og funktioner til at arbejde med fylogenetiske data såsom træer og karakter matricer.
Det understøtter også læsning og skrivning af data i en række standard fylogenetiske dataformater, såsom NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, osv ..
Desuden er scripts til at udføre nogle nyttige fylogenetiske beregninger distribueres som en del af biblioteket, såsom SumTrees, som opsummerer støtte til revner eller clader givet af en posterior prøve af fylogenetiske træer.
Der er forlænget dokumentation og tutorial filer i download-pakke

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• Ny infrastruktur til metadata anmærkninger:. AnnotationSet og Annotation
• Fuld understøttelse af NeXML 0,9 metadata parsing og skrivning.
• get_from_url () og read_from_url () metoder nu mulighed for læsning af fylogenetiske data fra URL'er.
• Tilføjet GBIF interoperabilitet modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Hvad er nyt i version 3.12.2:

• Ny infrastruktur for metadata anmærkninger: AnnotationSet og Annotation.
• Fuld understøttelse af NeXML 0,9 metadata parsing og skrivning.
• get_from_url () og read_from_url () metoder nu mulighed for læsning af fylogenetiske data fra URL'er.
• Tilføjet GBIF interoperabilitet modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Hvad er nyt i version 3.11.0:

• Nyt program script til sammenkædning af filialer etiketter fra hele flere input træer:. sumlabels.py
• Ny interoperabilitet klasse dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper for Seq-Gen integreret i biblioteket
• Ny interoperabilitet funktion dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper for muskel justering
• Ny interoperabilitet klasse dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. wrapper for RAxML
• prune_taxa () metode tilføjet til CharacterMatrix.
• Math moduler flyttede til deres egen underpakke:. dendropy.mathlib
• Ny modul til matrix og vektor beregninger:. dendropy.mathlib.linearalg
• Ny modul til beregning statistisk afstand:. dendropy.mathlib.distance
• Familie af Mahalanobis beregning afstand funktioner i dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Hvad er nyt i version 3.9.0:

• Nye funktioner:
• Fylogenetiske uafhængige kontraster (PIC) analyse kan nu udføres ved hjælp af dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts klassen.
• Forenklet indeholdt sammenflydningsmiddel (gen træ i art træ) simulering.
• Ændringer:
• Nøgleord argumenter til as_string (), write_to_path (), write_to_file osv metoder er blevet sammenknebne at blive mere konsekvent til NEXUS og Newick formater. Tidligere søgeord er stadig understøttet, men vil blive udfaset. Det nye sæt af søgeord argumenter understøttede kan ses i: ref: NEXUS og Newick skrive tilpasning & # X3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; afsnit.
• NEXUS og Newick Formaterne nu som standard og små bogstaver taxon etiketter; specificere case_insensitive_taxon_labels = false for case-følsomhed.
• Fejlrettelser:
• Læsning sammenflettet karakter matricer ikke længere resultater i den følgende blok blive sprunget over (NEXUS).
• Fanget OverflowError ved beregning summariske statistikker.

Hvad er nyt i version 3.8.0:

• Tree objekter kan nu rerooted ved midtpunktet (se Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Anmærkninger (dvs. attributter af Tree, Knude eller Edge objekter, der har haft & quot; anmærke () & quot; opfordrede dem) kan nu skrives som metadata kommentarer (& quot; [& felt = værdi] & quot;), når du skriver NEXUS / Newick format, hvis der anvendes søgeordet argument annotations_as_comments.
• Når du læser i NEXUS / Newick format træer med angivelse extract_comment_metadata = True, vil resultere i metadata kommentarer bliver trukket ind i ordbogen, med nøgler bliver fieldnames og værdier bliver feltværdierne.
• Når du læser NEXUS format data, SÆTTER blokke vil blive behandlet, og tegnsæt analyseres i den relevante CharacterDataMatrix.
• Tegnsæt (som for eksempel analyseres ud af NEXUS SÆT blokke: se ovenfor) kan eksporteres som nye CharacterDataMatrix objekter, og blive frelst / manipuleres / etc. independentally.
• Når du skriver i NEXUS eller Newick formater, kan write_item_comments nøgleordet argument (Sandt eller falsk) styre, om udvidede kommentarer forbundet med knuder på træer vil blive skrevet eller ej.
• TopologyCounter klasse tilføjet til dendropy.treesum:. giver mulighed for sporing af topologi frekvenser
• treesplits.tree_from_splits () giver mulighed konstruere af (topologi-only) træer fra et sæt af splittelser.
• Det meste funktionalitet, der plejede at være "dendropy.treemanip« er nu blevet overflyttet som indfødte fremgangsmåder ifølge dendropy.Tree klassen. 'Dendropy.treemanip' vil blive frarådet.
• Træer kan nu beskæres baseret på en liste af taxa etiketter til at fjerne eller beholde (tidligere, vil de metoder, kun acceptere lister over systematiske enhed objekter).

Hvad er nyt i version 3.7.1:

• Nye funktioner:
• Implementering af "General Sampling Approach" (Hartman et al 2010... Sampling Træer fra Evolutionary modeller, Syst Bio 49, 465-476). metode til at simulere træer fra fødsel-død model
• Ændringer:
• Korrekt / konsistente navne for nogle sandsynlighedsfunktioner.
• Fejlrettelser:
• Bug i bekræftelse overskrives af output-fil, når du bruger SumTrees '-e' / '- split-kanter ". option
• antikke og grizzled semi-forstenet henvisning til »taxa_block" korrigeret til "taxon_set«.

Hvad er nyt i version 3.7.0:.

• migreret til BSD-stil licens

Hvad er nyt i version 3.6.1:

• SumTrees nu arbejder (i seriel tilstand) under ældre Python-versioner (dvs. & # X3C 2.6).
• Rettelser til kompatibilitet med Python 2.4.x.

Hvad er nyt i version 3.5.0:

• Tilføjet ladderize () metode, for at bestille knuder i opstigende (standard) eller faldende (ladderize (højre = True)) orden.
• Tilføjet & quot; beast-summary-træ & quot; skema specifikation til at behandle BEAST annoterede konsensus træer.
• Tilføjet nyt modul til at interagere med NCBI databaser:. dendropy.interop.ncbi

Hvad er nyt i version 3.4:..

• Medfølgende ez_setup.py opdateret til nyeste version

Krav :

• Python 2,4-3,0