POY

POY er et fylogenetisk analyse program, der understøtter flere typer data (fx morfologi, nukleotider, gener og gen-regioner, kromosomer, og hele genomer). POY er særegen ved, at den kan udføre korrekt tilpasning og fylogeni inferens dvs. input-sekvenser behøver ikke at være prealigned. Insertioner, deletioner og omlejringer kan derefter indgå i den samlede træet score ved maksimal parsimoni eller i modellen under Maximum Likelihood. En række heuristiske algoritmer er blevet udviklet til dette formål og gennemføres i POY.