Bibliosphere Analysis Kit

BiblioSphere tilbyder en unik kombination af litteratur-mining og sti analyse for molekylærbiologer interesseret i genregulering og biologiske netværk.
 BiblioSphere Pathway Edition anvender en omfattende database af individuelt modellerede relationer mellem gener, proteiner, komplekser, celler og væv samt up-to-date tekst mining teknikker til automatiseret viden udvinding, så du kan linke dine data til biologiske netværk i forskellige biologiske sammenhænge.
 Brug BiblioSphere til

• forlænge biologiske netværk ud over kanonisk pathway oplysninger (lovgivning og metabolisk)
• flette dine høje gennemløb resultater med biologisk viden og sekvens baserede analyser
• udføre kontekst- følsomme lovgivningsmæssige pathway analyse
• generere eksperiment-specifik pathway varianter
• Link veje til sygdomsmekanismer og gener
• gøre avancerede eksperimentelle design

Hvad er nyt i denne udgivelse:

Ny og Enhanced Data Sources

• Genomatix Expert kurateret Gene-Gene Forbindelser:
   Genomatix har integreret sin proprietære viden-base af ekspert kurateret data om genregulering i BiblioSphere. Denne unikke datakilde tilføjer semantik af gen-gen relationer til de dynamisk genererede BiblioSphere gen netværk, der giver oplysninger som "Gene A aktiverer transskription af genet B" eller "Gene En fysisk interagerer med gen B".
  
• signaltransduktionsveje:
   Dele af Gene ontologi relevante for signaltransduktion samt data indsamlet fra litteraturen er blevet kombineret til at muliggøre identifikation af kanoniske veje er forbundet med den fokuserede netværk.
  
• metaboliseringsvej Foreninger:
   Metaboliske vej foreninger er blevet integreret for at muliggøre identifikation af metaboliske begivenheder relevante for din sæt gener.
  

• Pathway View med ekspert kurateret gen-gen relationer
   Gene grupper samlet i let forståelige dynamisk netværk grafer kombinerer hånd kurateret gen-gen relationer med data fra automatiske viden udvinding. Netværk kan tilpasses af filtre og fokuseret i et gen centreret måde at udføre korteste vej analyse.
  
• Cellular Lokalisering View
   Baseret på GO Anmærkning gener er tildelt deres subcellulære placering og visualiseres som diagrammet celle layout, så du kan identificere subcellulære regioner og segmenter relevante for din gensæt.
  

• Projektledelse: Hold styr på dine analyser ved at organisere dem i projektets mapper. Få hurtig adgang til tidligere resultater med et par museklik eller tilføje nye søgninger til eksisterende projekter.
  

• Forskellige små forbedringer og fejlrettelser

Krav :

• Mac OS X 10.2 eller højere
• Java 1.4.1 (update 1 anbefales)
• forbindelse til internettet
• en Genomatix evaluering konto (gratis)