MetagenomeDB

MetagenomeDB er en Python-bibliotek designet til nemt at gemme, hente og anmærke metagenomisk sekvenser. & Nbsp; MetagenomeDB fungere som en abstraktion lag oven på en MongoDB database. Det giver en API til at oprette og redigere og forbinde to typer af objekter, nemlig sekvenser og samlinger:
& Nbsp; * sekvenser (Sequence klasse) kan være læser, contigs PCR-kloner, etc.
& Nbsp; * samlinger (Collection klasse) repræsenterer sæt sekvenser; f.eks læser følge af sekventering af en prøve, contigs samlet af et sæt af læser, PCR-bibliotek
Ethvert objekt kan kommenteret ved hjælp af en ordbog-lignende syntaks:
# Første, vi importerer biblioteket
import MetagenomeDB som mdb
# Så skaber vi en ny Sequence objekt med to
# (Obligatorisk) egenskaber, 'navn' og 'sekvens'
s = mdb.Sequence ({"name": "Min sekvens", "sekvens": "ATGC"})
# Objektet kan nu kommenteret
print r ["længde"]
s ["type"] = "læse"
# Engang ændret, objektet skal begås
# Til databasen for de ændringer for at forblive
s.commit ()
Objekter af typen Sequence eller Samling kan forbindes med hinanden for at repræsentere forskellige metagenomisk datasæt. Eksempler indbefatter, men er ikke begrænset til:
& Nbsp; * samling af læser som følge af en sekventering run (forhold mellem flere Sequence objekter og én Collection)
& Nbsp; * sæt contigs følge af samlingen af ​​et sæt læser (forholdet mellem to Collection objekter)
& Nbsp; * lyder der er en del af en contig (forhold mellem flere Sequence objekter og en Sequence)
& Nbsp; * sekvens, der ligner et andet sekvens (relation mellem to Sequence objekter)
& Nbsp; * samling, der er del af en større samling (forholdet mellem to Collection objekter)
Resultatet er et netværk af sekvenser og indsamling, som kan udforskes ved hjælp af dedikerede metoder; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Hver af disse metoder giver mulighed for avancerede filtre ved hjælp af MongoDB forespørge syntaks:
# Liste alle samlinger af typen 'collection_of_reads'
# Sekvensen 's' tilhører
samlinger = s.list_collections ({"type": "collection_of_reads"})
# Liste alle sekvenser, der også hører til disse samlinger
# Med en længde på mindst 50 bp
for ci samlinger:
& Nbsp; print c.list_sequences ({"længde": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB giver også et sæt kommandolinjeværktøjer til at importere nukleotidsekvenser, proteinsekvenser, BLAST og FASTA tilpasning algoritmer output, og ACE montage filer. . Andre værktøjer leveres at tilføje eller fjerne flere objekter, eller at anmærke dem

Krav :

• Python