SKRIDT er en pakke for nøjagtig stokastisk simulering af reaktion-diffusions systemer vilkårligt komplekse 3D geometrier. Vores kerne simulation algoritme er en implementering af Gillespie s SSA, udvidet til at beskæftige sig med diffusion af molekyler over elementerne i en 3D tetrahedral mesh.
Selv om det hovedsageligt er udviklet til at simulere detaljerede modeller af neuronale signalveje i dendritter og omkring synapser, er det et generelt værktøj og kan bruges til at studere enhver biokemisk pathway, i hvilken rumlige gradienter og morfologi menes at spille en rolle.
Vi har implementeret SKRIDT som et sæt af Python-moduler, hvilket betyder STEPS brugere kan bruge Python scripts til at kontrollere alle aspekter af oprettelsen af modellen, genererer en maske, styring af simulering og generere og analysere output. De centrale beregningsmæssige rutiner stadig implementeret som C / C ++ udvidelsesmoduler for maksimal hurtighed i udførelsen.
. TRIN distribueres under GPL v3 licens
Krav :
- Python
Kommentarer ikke fundet