Topographica

Topographica er en softwarepakke til datamodellering af neurale kort.
Formålet er at hjælpe forskerne forstå hjernefunktioner på niveau med de topografiske kort, der udgør sensoriske og motoriske systemer.
Topographica skal supplere de mange gode lavt niveau neuron simulatorer, der er tilgængelige, såsom Genesis og Neuron. Disse simulatorer fokus på modellering af detaljerede interne adfærd af neuroner og små netværk af dem.
Topographica stedet fokuserer på storstilet struktur og funktion, er kun synlig, når mange tusinde sådanne neuroner er forbundet til topografiske kort indeholder millioner af forbindelser.
Mange vigtige fænomener kan ikke studeres uden sådanne store netværk, herunder den todimensionale organisering af visuel orientering og bevægelse retning kort og objektsegmentering og gruppering processer.
For at gøre sådanne modeller er praktisk muligt, Topographica den grundlæggende enhed er et ark af neuroner, snarere end en neuron eller en del af et neuron.
For de fleste simulationer, kan arkene gennemføres på et højt niveau, som består af abstrakt fyring-sats eller integrere-and-brand neuroner.
Når det er påkrævet til validering eller til specifikke fænomener, kan Topographica let udvides ved hjælp af et ark, grænseflader til mere detaljerede neuron modeller i andre simulatorer.
Mindre detaljerede plader kan også anvendes midlertidigt, f.eks når interagere med modellen i realtid.
Overalt, Topographica gør det nemt at bruge en passende detaljeringsgrad og kompleksitet, som bestemt af den tilgængelige computerkraft, fænomener af interesse, og mængden af ​​biologiske data tilgængelige for validering.
Tallet øverst til højre viser et eksempel Topographica model af de tidlige stadier i det visuelle system, modellering hvordan retinal input transformeres ved thalamus, primære visuelle cortex, og højere kortikale områder. Fordi Topographica er en generel formål map simulator, det understøtter også alle andre sensoriske modalitet, der er organiseret i topografiske kort, såsom berøring og hørelse samt motoriske områder.
Topographica er frit tilgængelig for download, og er et open source projekt, hvis kapaciteter kan udvides og ændres af enhver bruger. Vi glæder os over bidrag fra brugere, og invitere interesserede til at deltage i vores globalt distribueret udvikling team.
Selvom koden er stadig under meget aktiv udvikling, er det i daglig brug i en lang række forskningsprojekter og akademiske klasser.
I betragtning af den hurtige nuværende udvikling, at være en udvikler er sandsynligvis den bedste måde at holde op med alle ændringerne.