tapir

tapir er et Python værktøj, der indeholder programmer til at estimere og plot fylogenetiske meddelsomhed for store datasæt.
Citerer tapir
Ved brug af tapir, bedes citere:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir giver high throughput analyse af fylogenetiske meddelsomhed.
- Townsend JP: Profilering fylogenetisk meddelsomhed. Systematisk Biol. 2007 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: hypotese test hjælp fylogenier. Bioinformatik 2005 21: 676-679.
Installation
For øjeblikket er den nemmeste måde at installere programmet er:
git klon git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / sti / til / tapir
At køre test:
cd / sti / til / tapir /
python test / test_townsend_code.py
Brug
Den estimate_p_i.py koden kalder en batchfil til Hyphy der er i skabeloner /. Denne fil skal være i den samme position i forhold til, hvor du lægger estimate_p_i.py. Hvis du installerer represents som ovenfor, vil du være fint, for øjeblikket.
Til at køre:
cd / sti / til / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epoker = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - gange = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing er valgfri, uden at det vil hvert locus køres efter hinanden.
Hvis du allerede har kørt de ovennævnte og gemte resultater til din output mappe (se nedenfor), kan du bruge de allerede eksisterende hjemmeside forrentede poster i stedet anslå dem igen med:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epoker = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - gange = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - site-priser
Resultater
tapir skriver resultater til en SQLite database i output mappe, som du vælger. Denne mappe også holder websted rate filer i JSON format for hvert locus passeret tapir_compute.py.
Du kan få adgang til resultaterne i databasen som følger. For flere eksempler, herunder plotning, se dokumentationen
- Skru op SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / fylogenetiske-informativeness.sqlite
- Få integreret data for alle epoker:
& Nbsp; skal du vælge locus, interval, pi fra loci, interval hvor loci.id = interval.id
- Få integreret data for en bestemt epoke:
& Nbsp; skal du vælge locus, interval, pi fra loci, interval
& Nbsp; hvor interval = '95 -105 'og loci.id = interval.id;
- Få optællingen af ​​loci har max (PI) på forskellige epoker:
& Nbsp; oprette midlertidig tabel max som vælge id, max (pi) som max fra interval gruppe ved id;
& Nbsp; oprette midlertidig tabel t som vælge interval.id, interval, max fra interval, max
& Nbsp; hvor interval.pi = max.max;
& Nbsp; vælg interval, tæller (*) fra t gruppe ved interval;
Tak
Vi takker Francesc Lopez-Giraldez og Jeffrey Townsend for at give os en kopi af deres web-applikation kildekode. . BCF tak S Hubbell og P Gowaty

Krav :

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (du downloade eller bygge en single-threaded hyphy2)