Ghemical er en beregningsmæssige kemi softwarepakke frigivet under GNU GPL. Det betyder, at fuld kildekode af pakken er tilgængelig, og brugerne frit for at studere og ændre pakken. Ghemical er skrevet i C ++.
Ghemical Projektet har en grafisk brugergrænseflade (som er baseret på GNOME), og den understøtter både kvante-mekanik (semi-empiriske og ab initio) modeller og molekylære mekanik modeller (der er en eksperimentel Tripos 5.2-lignende kraftfelt for økologisk molecu Også et værktøj til reducerede proteinmodeller [1] er inkluderet. Geometri optimering, molekylær dynamik og et stort sæt af visualiseringsværktøjer er for tiden tilgængelige.
Ghemical afhængig af ekstern kode til at give kvantemekaniske beregninger. Semi-empiriske metoder MNDO, MINDO / 3, AM1 og PM3 kommer fra MOPAC7 pakken (Public Domain), og indgår i kilden distribution.
Den MPQC pakken (GNU GPL) bruges til at give ab initio metoder: de metoder baseret på Hartree-Fock teori understøttes i øjeblikket med basissæt spænder fra STO-3G til 6-31G **.
Den MPQC koden er ikke inkluderet i kilden distribution. For at kunne bruge den MPQC-baserede ab initio metoder i Ghemical, skal du først kompilere og installere MPQC programmet til dit system, og derefter kompilere Ghemical hjælp af nogle specifikke indstillinger der linker programmerne sammen; se filen INSTALL for mere information. Ghemical indeholder også OpenBabel pakke til import og eksport af mange forskellige filformater (samt andre opgaver).
Installation
Når du har downloadet den nyeste version, skal du udpakke alle filer fra din arkivfil hjælp "tar -zxvvf ghemical-1.00.tgz" eller tilsvarende "gunzip ghemical-1.00.tgz, tjære -xvvf ghemical-1.00.tar". Derefter skal du læse "Install" -filen du bare udvindes for at få yderligere oplysninger.
Hvad er nyt i denne version:
Kommentarer ikke fundet