Staden Package er et fuldt udviklet sæt DNA-sekvens samling (Gap4), redigering og analyseværktøjer (Spin) for Unix, Linux, MacOSX og MS Windows.
På Gap4 fronten har der været flere mindre sammenføjning relaterede
forbedringer i hvordan det scorer joins Find Interne Sammenføjninger og
funktionaliteten af align knappen i Deltag Editor.
Også følgelig til gap4 er de forskellige ændringer til io_lib (den
bibliotek for alle I / O til forskellige spor filformater). Med tilføjelsen
af et nyt hash_exp program det nu giver mulighed for eksperiment filer til at være
sammenkædet sammen og indekseret. Listen over eksperimentet filnavne
bør stil leveres til gap4, men forudsat EXP_PATH miljø
variabel er indstillet korrekt gap4 vil være i stand til at hente individuelle
sekvenser ud af sammenkædede eksperiment fil
arkiv. Forbedringer af brugergrænsefladen for dette stadig nødt til at være
foretaget.
454 SFF arkiver nu bedre understøttet. De defsult 454 indeks
nu arbejde, selv om hash_sff program kan anvendes til at tilvejebringe en
alternativ indeksering strategi (muligvis hurtigere i nogle tilfælde).
Gap4 og Trev har også en anden spor display stil for spor, der
har 1 prøve scanning (x4 kanaler) pr basen opkald. I dette tilfælde kan det
også trække 4 tillid værdier i stedet for 1 pr base. Disse evner
vil give mulighed for bedre integration af Solexa spor når lettere
tilgængelige.
Plus selvfølgelig den sædvanlige blanding af fejlrettelser og mindre tweaks. Se
fuld ændringslog for detaljer (via SourceForge webstedet).
Andre bemærkelsesværdige ændringer
Gap4
Kommentarer ikke fundet