CodonW

CodonW er et program designet til at forenkle den multivariate analyse (korrespondance analyse) codon og aminosyre brug af. Den beregner også standard indekser for codon. Det har både menu og kommando-line grænseflader.
Den CodonW Projektet blev skrevet af John Peden i laboratoriet af Paul Sharp, Dept for Genetik, University of Nottingham. John arbejder i humangenetik og er i øjeblikket ansat som ProCardis database manager i WTCHG i Oxford University.
Her er nogle vigtige funktioner i "CodonW":
· Skrevet i ANSI-kompatibel C
· Menu drevet
· Omfattende antal kommandolinjeflag
· Genetisk kode uafhængig
· Ingen grænser for
1. Antallet af sekvenser
2. sekvenslængde
· Beregner codon indeks
1. CAI: Codon tilpasning indeks
2. Fop: Frekvens af optimale codoner
3. Nc: Effektiv antal kodoner
4. CBI: Codon Bias Indeks
· Beregner aminosyre-indeks
1. GRAVY score
2. aromaticitet
· Beregner korrespondance analyse af
1. kodonanvendelse
2. RSCU (Relativ synonym kodonanvendelse)
3. Aminosyre brug
· Korrespondance analyse
1. kan omfatte / udelukke kodoner / aminosyrer
2. kan generere detaljerede rapporter om tendenser
3. forsøg på at identificere optimale kodoner automatisk
4. kan tillade yderligere datasæt skal tilføjes
5. registrerer enhver række tendenser
· Beregner gen parametre
1. Gene længde
2. GC, GC3s og kodonposition specifik G + C
3. dinukleotid sammensætning (i alle tre kodon rammer)
4. Aminosyre brug
5. Relativ aminosyre forbrug
6. Kodonanvendelse
7. Relativ synonym kodonanvendelse
· Kan konceptuelt oversætter sekvenser til protein
· Reformaterer sekvens data
· Menneske eller maskinlæsbart output
· Kan sammenkæde gener (samtidig bevare læseramme) for at beregne
1. samlet kodonanvendelse
2. GC-indhold
3. dinukleotid sammensætning
· Frembringer tabeller af codon, aminosyre, eller til brug RSCU
· Kan endda hjælpe dig med at lære den genetiske kode.
· Og mere