Jmol

Hvad er nyt i version:

• fejlrettelse: Jmol SMILES gør det ikke muligt at indsætte kodekodesøgning - - tilføjer "^" til indsættelseskode: [G # 129 ^ A. *]

Hvad er nyt i version 14.20.3:

• fejlrettelse: Jmol SMILES tillader ikke insertion- kode søgning - tilføjer "^" til indsættelseskode: [G # 129 ^ A. *]

Hvad er nyt i version 14.6.5:

• fejlrettelse: Jmol SMILES gør det ikke muligt at indsætte kode-søgning - tilføjer "^" til indsættelseskode: [G # 129 ^ A. *]

Hvad er nyt i version 14.6.1:

• fejlrettelse: Jmol SMILES tillader ikke indsættelse- kode søgning - tilføjer "^" til indsættelseskode: [G # 129 ^ A. *]

Hvad er nyt i version 14.4.4 Build 2016.04.22:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.4.4 Build 2016.04.14:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.4.4 Build 2016.03.31:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.4.3 Build 2016.03.02:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt er ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.4.3 Build 2016.02.28:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.4.2 Build 2016.02.05:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.4.0 Byg 2015.12.02:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.2.15:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt er ikke justeret for tilsatte hydrogener
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.2.13:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt er ikke justeret for tilføjet hydrogen
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.2.12:

• fejlrettelse: annotationsatomsæt er ikke justeret for tilføjet hydrogen
• fejlrettelse: 14.3.3_2014.08.02 brækkede mmCIF-læser
• fejlrettelse: BinaryDocument (Spartansk fil) læsning brudt i 14.1.12_2014.03.18

Hvad er nyt i version 14.1.8 Beta:

• Ny funktion - sæt cartoonRibose:
• trækker ribose ringe med facetter der viser puckering
• forbinder via C4'-C5'-O5'-P udtrykkeligt
• viser C3'-O3 'som reference.
• deaktiverer cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof-kanterne)
• deaktiveret af SET cartoonBaseEdges ON
• foreslået af Rick Spinney, Ohio State
• Ny funktion: Animramme [a, b, c, d] arbejder med negative tal for at angive intervaller:
• anim ramme [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• læs som "1 til 5 og derefter 10 til 6"
• Ny funktion: Tinker fillæser (og FoldingXYZ læser opgradering):
• Kan bruge Tinker :: men det kræves kun, hvis første linje er JUST et atomCount
• rummer ældre Tinker-format med n-1 atomer for atomCount
• giver mulighed for baner og ønsket modelnummer
• Ny funktion: (faktisk 13,1 men ikke-dokumenteret) animationsramme [51 50 49 48 47 46 45 (osv.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (osv.) ....]
• Ny funktion: x = Sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• Ny funktion: x = Sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "alt")
• Ny funktion: x = Sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bedst")
• Ny funktion: x = Sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• Ny funktion: x = Sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• Ny funktion - x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
• genererer en eller flere korrelationslister baseret på ikke-aromatiske SMILES
• indeholder eventuelt H-atomer
• genererer eventuelt alle mulige atomkortlægninger
• returnerer int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• hvor an og bn er integer atom indekser eller liste når "alle" valg er valgt.
• Følgende vil danne et atomkorrelationskort for to strukturer, herunder hydrogenatomer: indlæs filer "a.mol" & Quot; b.mol & quot; x = sammenligne ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
• Følgende sammenligner koffeinmodellen fra NCI til den fra PubChem:
• Indlæs $ koffein; læg append: koffein; ramme *
• vælg 2.1; label% [atomIndex]
• sammenligne {1.1} {2.1} SMILES rotere oversætte
• x = sammenligne ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
• for (a i x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; vælg atomindex = a1; label @ a2}
• Ny funktion: Sammenlign {model1} {model2} SMILES:
• Ingen grund til at give smil; Jmol kan generere det fra {model1}
• Ny funktion: x = {*}. find ("SMILES", "H"):
• genererer SMILES med eksplicitte H-atomer
• fejlrettelse: understruktur () funktion ved hjælp af SMILES i stedet for SMARTS, så kun fulde strukturer;
• fejlrettelse: bedre fejlfinding og meddelelser i SMILES-relaterede metoder
• fejlrettelse: gør webexport-opdagelsen af ​​sti til Jmol.jar og jsmol.zip mere robust.
• fejlrettelse: getProperty extractModel respekterer ikke delmængde
• fejlrettelse: sæt pdbGetHeader TRUE opfanger ikke ANMÆRKNING3 ANMÆRKNING290 ANMÆRKNING350
• fejlrettelse: getProperty ("JSON", ....) skal pakke værdien i {værdi: ...}
• fejlrettelse: MO vedvarende translucens brudt i 11.x
• fejlrettelse: vis MENU skriv MENU indlæs MENU alt brudt i 12.2
• fejlrettelse: {*} [n] skal være tomt hvis nAtoms

Hvad er nyt i version 14.0.7:

• Fejlrettelse: 14.0.6 fejlagtigt bugged - unitcell og ekko-gengivelse, getProperty

Hvad er nyt i version 14.0.5:

• Fejlrettelse: LCAOCarton translucency brudt
• Fejlfinding: gennemsigtig rygraden brudt
• Fejlrettelse: pqr, p2n læsere brudt
• Fejlrettelse: Isosurface map-ejendommen xxx kan mislykkes, hvis overfladen er et fragment, der på en eller anden måde har et punkt, der ikke er forbundet med et underliggende atom.

Hvad er nyt i version 14.1.5 Beta:

• fejlrettelse: LCAOCarton translucency brudt
• fejlrettelse: gennemsigtigt rygradsbrud
• fejlrettelse: pqr, p2n læsere brudt
• fejlrettelse: isosurface map ejendom xxx kan mislykkes, hvis overfladen er et fragment, der på en eller anden måde har et punkt, der ikke er forbundet med et underliggende atom.

Hvad er nyt i version 14.0.4:

• Fejlrettelse: raketter brudt
• Fejlrettelse: FBF byChain, afSymop understøttes ikke.

Hvad er nyt i version 14.0.2:

• fejlrettelse: modulering, der ikke skelner mellem q og t;
• fejlrettelse: modulerede målinger virker ikke
• fejlrettelse: ikke overspring sæt defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• fejlrettelse: isosurface map atomomløbet fejler
• fejlrettelse: Vibrationsvisning af modulering med afstande opdateres ikke
• fejlrettelse: vibrationer forårsager unødvendig advarsel i konsollen
• fejlrettelse: Tegn symop brudt
• fejlrettelse: array.mul (matrix3f) styrter Jmol
• fejlrettelse: vælg symop = 1555 brudt
• fejlrettelse: sæt vælger dragSelected ikke fungerer
• kode: refactored CifReader, adskille ud MMCifReader og MSCifReader kode: mindre omdøbning / refactoring af metoder i SV
• kode: tilføjer javajs.api.JSONEncodable interface
• super simpel implementering i org.jmol.script.SV
• tillader implementeringer af javajs at levere tilpassede JSON-resultater

Hvad er nyt i version 14.1.2 Beta:

• Ny funktion: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, udtryk):
• bedre end Jmol.evaluere fordi resultatet er en JavaScript-variabel, ikke en streng.
• DEPRECATER JSmol api Jmol.evaluate (applet, udtryk)
• Ny funktion: getProperty ("JSON", ....):
• returnerer JSON kode for ejendom
• tillader JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "some expression")
• Ny funktion: getProperty variableInfo:
• tillader hentning af variabler i Java eller JSON format
• evaluerer udtryk
• som standard til "alt"
• Ny funktion: Modulation justerbar med q og t, op til d = 3:
• modulering til / fra (alle atomer)
• moduation {atom set} on / off
• modulering int q-offset
• modulering x.x t-offset
• modulering {t1 t2 t3}
• modulering {q1 q2 q3} TRUE
• Ny funktion: PickedList:
• bestilt række nyligt valgte atomer
• kan bruges det samme som PICKED-variablen, men det ordnes i rækkefølge, ikke temporært
• dobbeltklik på strukturen rydder listen
• @ {pickedList} [0] sidst valgte atom
• @ {pickedList} [- 1] næste til sidst valgte atom
• @ {pickedList} [- 1] [0] sidste to udvalgte atomer
• Ny funktion: array.pop (), array.push () - ligner JavaScript
• Ny funktion: Modulationsskala x.x
• Ny funktion: billedtekst "xxxxx" x.x - antal sekunder at køre
• Ny funktion: Modulation 0.2 // Angiver t-værdi
• Ny funktion: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("test"); udskriv a.pop ()
• Ny funktion: Vælg ON / OFF atom-set:
• aktiverer eller deaktiverer valghaloer og gør valget
• Kun bekvemmelighed
• Ny funktion: pt1.mul3 (pt2):
• returnerer {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• Hvis begge ikke er point, vender tilbage til simpel multiplikation
• Ny reature: array.mul3 (pt2) - gælder mul3 til alle elementer i array
• Ny funktion: {atomset} .modulation (type, t):
• leverer P3 (forskydningsmodulering)
• kun implementeret for type = "D" (Valgfrit)
• Valgfri t er 0 som standard
• fejlrettelse: modulering, der ikke skelner mellem q og t;
• fejlrettelse: modulerede målinger virker ikke
• fejlrettelse: ikke overspring sæt defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• fejlrettelse: isosurface map atom orbitale fejl
• fejlrettelse: vibrationsvisning af modulering med afstande opdateres ikke
• fejlrettelse: vibrationer forårsager unødvendig advarsel i konsollen
• fejlrettelse: Tegn symop brudt
• fejlrettelse: array.mul (matrix3f) styrter Jmol
• fejlrettelse: vælg symop = 1555 ødelagt fejlrettelse: sæt picking dragSelected ikke fungerer
• kode: refactored CifReader, adskille ud MMCifReader og MSCifReader
• kode: mindre omdøbning / refactoring af metoder i SV
• kode: tilføjer javajs.api.JSONEncodable interface:
• super simpel implementering i org.jmol.script.SV
• tillader implementeringer af javajs at levere tilpassede JSON-resultater

Hvad er nyt i version 14.0.1:

• Ny funktion: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (standard 55)
• Ny funktion: load () funktion, som i udskrivningsbelastning ("xxx"), begrænset lokal fillæsning i applet:
• Ingen root-katalogfiler
• Ingen filer uden udvidelse
• Ingen filer med nogen "/.& quot; i sti
• Ny funktion: JAR-filer sikkert underskrevet
• Ny funktion: Applet JAR-filer omfatter JNLPs (Java Network Launch Protocols) til lokal filindlæsning
• Ny funktion: JSmol URL-indstillinger _USE = _JAR = _J2S = overrides for Info data
• Ny funktion: (var til stede, men ikke-dokumenteret) print quaternion ([array of quaternions]) - returnerer sfærisk gennemsnit a la Buss og Fillmore
• Ny funktion: Udskriv quaternion ([array of quaternions], true):
• returnerer standardafvigelse for sfærisk middelværdi a la buss og fillmore
• enheder er vinkelgrader
• Ny funktion - navngivne kvaternion modul værdier:
• print quaternion (1,0,0,0)% "matrix"
• indstillinger inkluderer w x y z normal eulerzxz eulerzyz vektor theta aksex axisy axisz akseangle matrix
• Ew funktion - indstil celShadingPower:
• angiver styrken af ​​cellegravering
• heltal værdier
• Standard 10 er en tyk linje
• 5 er en fin linje
• 0 slår celde fra
• Negativ værdi fjerner indvendig skygge - kun skitse
• virker på pixel baseret på normal til lyskilde (strøm> 0) eller bruger (strøm & lt; 0)
• Angiver farve til baggrundskontrast (sort eller hvid), når normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• Ny funktion: mmCIF læsning rapporter _citation.title i Jmol scripting konsol
• Ny funktion: Minimér SELECT {atomset} KUN - KUN option udelukker alle andre atomer
• Ny funktion: minimere {atomset} - implicit SELECT og KUN
• Ny funktion - "Udvidelser" mapper i JSmol for bidrag til JS og SPT scripts:
• jsmol / js / ext
• jsmol / SPT / ext
• Ny funktion: Indlæs ... filter "ADDHYDROGENS" - Lokalt indstillet pdbAddHydrogens kun for en belastningskommando
• Ny funktion: Sammenlign {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• Ny funktion: list = sammenlign ({atomset1} {atomset2} "SMILES" & quot; BONDS ")
• Ny funktion: Skriv JSON xxx.json
• Ny funktion: [# 210] JSON {"mol": ...} læseren
• ew funktion - sæt particleRadius:
• Globale radius for atomer over den maksimale radiusværdi (16,0)
• som standard er 20,0
• Ny funktion - CIF- og FBF-filtre "BYCHAIN" og & quot; BYSYMOP & quot; for viruspartikel:
• skaber kun et atom pr. kæde eller per symop
• Størrelsen kan skaleres større end maks. 16 Ångstrøm ved hjælp af for eksempel:
• Indstil partikelRadius 30;
• pladsfyld 30 // ethvert tal over 16 her bruger particleRadius i stedet
• Ny funktion: list = sammenlign ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
• Ny funktion: symop () -funktionen tillader symmetri fra biomolekylfilter til PDB og mmCIF
• Ny funktion - Isosurface SYMMETRY:
• anvender symmetrioperatører til isosurface
• mere effektiv gengivelse og oprettelse
• Standardvalg er kun {symop = 1}
• Standardfarver er at farve med symop baseret på propertyColorScheme
• eksempel:
• Indlæs 1stp filter "biomolekyle 1"
• farveegenskabssymbol
• isosurface sa opløsning 0.8 symmetri sasurface 0
• Ny funktion - Ny atomegenskab: ChainNo:
• sekventielt fra 1 for hver model;
• chainNo == 0 betyder "no chain" eller kæde = ''
• Ny funktion - Ny ejendomColorScheme "friendly":
• Farvelængdevenlig farveskema
• bruges ved RCSD
• Ny funktion: JSpecView helt Java-fri; Inkluderer 2D nmr og PDF udskrivning af spektra
• Ny funktion - WRITE PDF "xxx.pdf & quot; kvalitet & gt; 1 anmoder liggende tilstand:
• bruger effektive tilpassede PDF-oprettelsesklasser
• Størrelsen af ​​billedet passer til hvis det er for stort
• Ny funktion: JSpecView tilføjer PDF og 2D NMR til JavaScript
• Ny funktion: Indlæs "== xxx" FILTER "NOIDEAL" - Kemisk komponentbelastning fra FBF ved anvendelse af "nonideal" koordinatsæt
• fejlrettelse: skriv cd fjernet; ChemDoodle har ændret formater; brug JSON i stedet
• fejlrettelse: FBF og CIF-filer angiver samlinger som PAU som stort negativt tal
• fejlrettelse: SAMMENLIGN, uden at rotationen starter uendelig sløjfe
• fejlrettelse: looping problem med forsinkelse (-1)
• fejlrettelse: Mushjulet til Chrome i JavaScript
• fejlrettelse: JavaScript popup menu fix for sprogændringer
• fejlrettelse: JavaScript-kernekomponenter behandles ikke Jmol._debugCode ikke genkendt
• fejlrettelse: enhedscell offset forkert for biomolekyler; Oprindelsen er forkert for akser.
• fejlrettelse: isosurface / mo FRONTONLY brudt
• fejlrettelse: sprog lokalisering brudt i JavaScript
• fejlrettelse: ADF-læser læser ikke MO-output fra DIRAC Build 201304052106
• fejlrettelse: Safari rapporterer gul Jmol info i stedet for at bede om at acceptere applet
• - Tag måtte være
• fejlrettelse: CIF-læser håndterer ikke _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id korrekt
• - Forkert atom sat til belastning = 3fsx.cif filter "ASSEMBLY 1"
• fejlrettelse: [# 558 Kompatibilitetsproblem med ChemDoodle] JSmol-fejl i definitionen af ​​Number.toString ()
• fejlrettelse: mushjulet virker ikke korrekt
• fejlrettelse: JavaScript J2S-kompilatorfejl trænger ikke int + = float til heltal
• fejlrettelse: JavaScript WEBGL-opsætning er brudt
• fejlrettelse: JavaScript NMRCalculation har ikke adgang til ressourcer
• fejlrettelse: JavaScript-stereo er ikke implementeret
• fejlrettelse: MOL-læserfejl til flere modelfiler (kun 13.3.9_dev)
• fejlrettelse: MOL-læserfejl med load APPEND - fortsætter ikke atomnumre
• fejlrettelse: CIF modulationslæser læser ikke lineære kombinationer af cellebølgevektorer
• fejlrettelse: CIF-læsning med filter "BIOMOLECULE 1" mislykkes, hvis kun identitetsoperationen
• fejlrettelse: mmCIF-læser læser ikke alle _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expressionsindstillinger
• fejlrettelse: FBF CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 bør betyde "ingen enhedscelle" uanset biomolekylfilter
• fejlrettelse: isosurfaceplader tilpasser sig ikke godt til flade molekyler som HEM
• fejlrettelse: print userfunc () kan mislykkes (userfunc () i sig selv er fint)
• fejlrettelse: inden for (helix) ikke implementeret til C-alpha-only-polymerer
• fejlrettelse: _modelTitle opdateres ikke, når en ny fil er indlæst eller zapped
• fejlrettelse: {*}. symop.all leverer ikke symmetri operatør korrekt
• fejlrettelse: for tredobbelt obligation i SMILES i webadresser
• fejlrettelse: build.xml mangler PDF-oprettelsesklasser
• fejlrettelse: Følg Java-opdatering, tilføj korrekt stikontrol for lokal underskrevet applet
• fejlrettelse: {xxx} .property_xx ikke gemt i tilstand (brudt 8/7/2013 rev 18518)
• fejlrettelse: Manifester opdateret for JAR-filer med signeret og usigneret applet
• fejlrettelse: skrivning fejler
• fejlfinding: applet scriptWait () metode brudt
• fejlrettelse: PyMOL-session kan vise enhedscelle efter læsning fra gemt tilstand
• fejlrettelse: MMCIF-læseren fejler for flere samlingstyper
• fejlrettelse: CIF-læser "biomolekyle 1" oversætte til "molekylær" snarere end "samling"
• fejlrettelse: Indlæs bane med flere filer, der ikke virker
• fejlrettelse: popup-menuen JS applet lukker ikke korrekt efter sprogændring
• fejlrettelse: HTML checkbox id attribut ikke tildelt
• kode: refactoring af applet / appletjs kode; org.jmol.util.GenericApplet
• kode: refactoring, forenkling af bufferede læsere og bufferede input streams.
• kode: JavaScript refactoring, bedre bygge _... xml
• kode: JavaScript Integer, Lang, Kort, Byte, Flyde, Dobbelt alle omarbejdet
• kode: disambiguering af GT ._
• kode: Refactored alle unødvendige indre klasser til øverste niveau
• kode: isoleret util / ModulationSet ved hjælp af api / JmolModulationSet
• kode - Alle lokalisering af appletter sprog læst fra almindelige .po filer:
• som for javascript allerede
• Ingen grund til at kompilere klassefiler til applet-sprog
• Ingen sprog .jar filer
• Ny jsmol / idiom-mappe indeholder .po-filer til både Java og HTML5
• kode: hurtigere isosurface rendering tilføjer implicit & quot; frontonly & quot; Vælg kun {xxx}
• kode: hurtigere isosurfacegengivelse med implicit "isosurfacepropertySmoothing FALSE" i relevante (heltal) tilfælde
• kode: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - konsoliderer alle referencer til URL.getContent () og Class.getResource ()
• kode: JavaScript arbejder rundt for indre klasse problem med omdirigering af variabel navn
• kode: work-around til eval (funktionnavn), der ikke fungerer i JavaScript.
• kode: eksperimenterer med omgivende okklusion
• kode: Påkrævede manifester tilføjet til Java Ju51 (januar 2014).
• kode: JmolOutputChannel flyttet til javajs.util.OutputChannel
• kode: jsmol.php fast for at tillade & quot; i saveFile metode
• kode: refactoring Parser til javajs.util
• kode: DSSP flyttet til org.jmol.dssx, hvilket reducerer JSmol bio-belastning med 20K
• kode: iText-pakken jettisoned, ikke længere, da jeg skrev min egen PDF-skaber

Krav :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment