MACS2 er en model baseret analyseværktøj til chip-Seq data.
Med forbedring af sekventeringsteknikker, kromatin immunofældning efterfulgt af high throughput sekventering (chip-Seq) bliver populært at studere genom-dækkende protein-DNA-interaktioner. For at afhjælpe manglen på kraftig chip-Seq analysemetode, præsenterer vi en ny algoritme, opkaldt Modelbaseret analyse af chip Seq (MACS), til identifikation afskrift faktor bindende sites. MACS fanger indflydelse genom kompleksitet at vurdere betydningen af berigede chip regioner, og MACS forbedrer rumlige opløsning bindingssteder ved at kombinere oplysningerne om både sekventering tag placering og orientering. . MACS let kan anvendes til chip-Seq data alene, eller med kontrolprøve med stigningen af specificitet
Krav :
- Python
Kommentarer ikke fundet