BioRuby

BioRuby giver en integreret miljø for Bioinformatik (Biologi informationsvidenskab).
Objekt orienteret scriptsprog Ruby har mange funktioner, der er egnede til bioinformatik forskning, for eksempel, at klare syntaks udtrykke komplekse objekter, regulære udtryk til tekst håndtering som kraftige som Perl & rsquo; s, en bred vifte af biblioteker, herunder web service mv
Da Ruby syntaks er enkel og meget ren, mener vi, at det er let at lære for begyndere, let at bruge for biologer, og også stærk nok til softwareudviklere.
I BioRuby, kan udvikleren hente biologiske database firmaer flade filer, internet web-servere og lokale relationelle databaser.
Disse database poster kan analyseres for at udtrække oplysninger du har brug for. Biologiske sekvenser kan behandles med de berigende metoder Ruby & rsquo; s String klasse og med regulære udtryk.
Biblioteket kan integreres med værktøjer som Blast, Fasta, HMMER og mange andre softwarepakker til biologisk analyse.
 BioRuby understøtter store biologiske databaseformater og giver mange måder til at få adgang dem gennem Fladfil indeksering, SQL, web services mv forskellige web-tjenester, herunder Kegg API kan nemt udnyttes af BioRuby.

Funktioner :

• BioRuby shell
• API
• Dokumentation

Krav :

• Ruby 1.8.7 eller højere