GAMGI

GAMGI er et open source og helt gratis software projekt designet fra bunden til at blive brugt til at skabe og analysere atomstrukturer. Den har en grafisk brugergrænseflade, der er enkel, ren, nem at bruge og kraftig.

Programmet understøtter et bredt spektrum af atomstrukturer, såsom krystaller, molekyler, væsker og briller. Den understøtter også de 230 krystallografiske rumgrupper og kan bruges til at udføre 3D Voronoi-analyse og punktsymmetri.

GAMGI understøtter mange objekttyper, herunder tekst, orbital, bond, atom, retning, fly, gruppe, molekyle, kluster, celle, pil, form, graf, samling, lys, lag og vindue. Derudover giver programmet maksimal kontrol over objekter på lavt niveau som atomer.

Blandt andet kan vi nævne denne evne til at opbygge RCP (Random Close Packing) strukturer, krystaller til enhver rumgruppe af symmetri, samt koordinationspolyeder og Voronoi til tilfældige strukturer. Det kan også bestemme enhver punktgruppe af symmetri.

Leveres med omfattende dokumentation

En anden interessant funktion er evnen til at udføre handlinger i en liste over objekter eller en enkelt objekt, der tidligere blev fremhævet. Den leveres med omfattende dokumentation og atomdata, herunder isotopdata og ionisk radius. Derudover kan softwaren manipulere en lang række uafhængige vinduer, lys, herunder spot, retnings- og positioner, lag med forskellige visibiliteter, referencer, visningsporte eller fremskrivninger samt 3D-tekst skrifttyper, som kan enten strøk eller ekstruderes.

GAMGI ansøgningen kan også bruges i skoler og universiteter til at undervise i atomernes struktur af materie. Det er det perfekte værktøj til forskerne, der arbejder i atomistisk modellering, såvel som for dem, der har brug for en open source-applikation til at studere atomstrukturer og forberede billeder til deres præsentationer.

Hvad er nyt i denne udgave:

• Opdateret Hjælp-> Konfigurer filer til lys- og atomobjekter.
• Synced gamgi-g og gamgi-x trees.
• Opdateret gamgi_expat_import_object: Importering af celleobjektdata til XML-filer med de nye config-regler skal fungere fint.
• Opdateret gamgi_expat_export_object: Eksporterende celleobjektdata til XML-filer med de nye config-regler fungerer nu fint.
• I Cell- & gt; Opret og Cell-> Modificer, opdateres oprindelsesvektorer og aksevektorer automatisk for standardindstillinger (konventionelle eller primitive), når modellen ændres.
• Udskiftede celle- & grænser = FALSE ved celle- & gt; grænser = GAMGI_PHYS_NONE, i motor, gtk, expat og mesa-kode.
• Opdateret gamgi_expat_export_config: Eksporterer Cell-konfigurationsdata til XML-filer fungerer nu fint
• Opdateret gamgi_expat_import_config: Importerer Cell-konfigurationsdata fra XML-filer fungerer nu fint
• Forbedret dialogen Cell- & gt; Config, der også håndterer standardværdier for Model, Borders, Faces and Noder.

Redesignede objekt-> Config-dialoger: Konfig-data adskilles nu i standarddata (på sider med samme navne som i Objekt-> Opret dialoger) og globale data (gælder for alle objekter, gamle og nyt) på den globale (sidste) notesbog side. Dialoger berørt: Atom-> Config, Cell-> Config, Light-> Config.

• Implementeret Cell- & gt; Config dialog og infrastruktur. Størrelsen af ​​Cell grænselinier, knudepunkter og vektorakser kan nu indstilles globalt for alle celler i GAMGI, en funktion, der er meget nødvendig. Standardværdier for brug af cellefarve og akser er også indstillet.
• Løst et problem i gamgi_gtk_bond_create: Farven i static_init ignorerede tidligere config data.
• Løst et problem i gamgi_mesa_draw_pick og gamgi_mesa_draw_grab: Cellegengivelsesbredde blev sat til linjebredde i stedet for punktbredde.

Hvad er nyt i version:

• Løst en fejl, der netop blev introduceret: Vi kan ikke fjerne den visuelle GDK efter at have fjernet en GL-kontekst. Lige fjernet denne kode. Tilsyneladende gør GTK dette, når widgeten er ødelagt.
• Forbedret gamgi_gtk_area.c, der bruges i X-versionen af ​​GAMGI, der erstatter GTKGLExt-biblioteket med vores egen GLX-baserede kode. Javier Cabezas portede denne kode til GTK 3 og fungerer fint! Tilbage ported ændres, så forskellene mellem koden til GTK 2 og GTK 3 er absolut minimal.
• Vi kan ikke bruge r, g, b farver på grund af a, b, c celle akser.
• Forbedret akse-layout i Orbital-> Opret og Orbital-> Rediger dialoger.
• Ændret etiket Model til Scope i Orbital-> Opret og Orbital-> Rediger og ændret Hjælp-grænsefladen i overensstemmelse hermed.
• Kontrollerede alle Help Formats dokumentationssider.
• Opdateret hjælpedokumentation for klusterformater.
• Klynge-> malerier er ikke længere nulstillet.
• Synced gamgi og gamgi_exp brancher.
• I XML-filer, i gruppeelementer, erstattes attributtype ved reference.
• Opdateret hjælpedokumentation for plan- og retningsformater.
• Opdateret hjælpedokumentation for gruppefunktioner og -formater.
• Fornyet EU's varemærke GAMGI frem til 2024.
• Opdateret kildekoden og dokumentationslicensen til GPL v3.
• Startet ved hjælp af sha256sum til checksum alle distributionsfiler.
• Fornyet registreringen af ​​gamgi.org-domænenavnet indtil 2020.

Hvad er nyt i version 0.17:

• Fixed en makefile bug (introduceret i gamgi0.15.6) i GAMGI filialen, der ikke kræver GtkGlExt biblioteket: the make_rules indeholdt gtkglext afhængigheder, der ikke burde være der.
• Planer, Kørselsvejledning kan nu sælges af projektionsnet: Wulff eller Schmidt.
• Synkroniseret kode, dokumentation og datafiler mellem gamgi og gamgi_exp distributionstræer.
• Kontrollerede dat / omløbende XML-filer for at opdatere attributter for orbital-akser.
• Kontrollerede alle dat / XML-filer for at erstatte attributtype efter etiket, i atomelementer.
• Kontrollerede alle dat / XML-filer for at erstatte attributtype efter model, i fly, retning, celleelementer.
• Af hensyn til konsistens erstattes globalt navnefremskrivningen med net i retnings- og flykode og XML-elementer.
• Af hensyn til konsistens erstattes globalt navnetype efter model i celle-, plan-, retningskode og XML-elementer.
• Ændret etiketype til Model i Cell-> Opret og Cell-> Rediger.
• Ændret etiket Metode til at skrive i Bond-> Opret.
• Opdateret Hjælp-> Formater dokumentation for XML Plane og Direction objekter.
• Opdateret Hjælp-> Interfaces dokumentation for Type og Projektion i Plan-> Opret, Plan-> Rediger, Retning-> Opret, Retning-> Rediger.
• Debye-Waller-atomtemperaturen kan nu kun tage værdier mellem 0,0 (blå) og 100,0 (rød) som det er almindeligt i denne analyse.
• Opdateret grænseflader og formater dokumentation for Objekt objekter.
• Fast standard Debye-Waller atomtemperatur: Den nye værdi er 0,0, svarende til et atom med en velkendt position.
• Opdateret formater dokumentation for Atom og Cell objekter.
• Hjælp-> Aktuel og Hjælp- & gt; Emne kan nu læse dokumentationen for Orbital-> Rediger.
• Skrevet dokumentation for Orbital-> Rediger.
• Opdateret dokumentation for Orbital-> Opret.
• Orbital-akser håndteres nu på en meget enklere måde i Orbital-> Opret, Orbital-> Ændr og XML-native filer.
• Orbital-> Select fungerer nu fint for alle muligheder, herunder de mange egenskaber, der kan bruges til at vælge orbitaler.
• Forenklet let funktionerne gamgi_gtk_select _ *. c.
• Fast to fejl i H orbitalkoden, introduceret i GAMGI 0.16.6: 1) vilkårene rho ** L (fra Laguerre-polynomier) og 1 / r ** L (fra Legendre-funktioner) afbryder hinanden , bortset fra en konstant, der manglede. 2) Standardradiusberegningen manglede rho ** L termen.
• Lister over planer kan nu vælges efter model: Polygon, Pol, Spor, Vector.
• Retningslinjer kan nu vælges efter model: Linje, Pol, Spor.

Hvad er nyt i version 0.16.8:

• I stereografiske projektioner hævede du lidt z-højden i pole bitmaps (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), så disse vises altid over spor. Dette løser en visuel fejl, men gør det også meget nemmere at vælge poler med spor rundt, da farverne nu er klart adskilt.
• Synced gamgi og gamgi_exp code branchs.
• Opdateret static_press i Plane-> Modify and Direcyion-> Rediger, så objektnavnet overskrives ikke af automatisk navnindstilling.
• Automatisk navneskift i Plan-> Rediger og retning-> Rediger fungerer fint nu, for krystallografiske planer, diretcions.
• Fundet og fjernet en fejl i Plan-> Opret og retning-> Opret: I nogle tilfælde blev det objektnavn, som brugeren angav, ignoreret.
• Fundet og fjernet en alvorlig fejl i Plan-> Opret og retning-> Opret: Efter at have oprettet fly / retninger ved hjælp af lister, der tidligere var oprettet med dialogboksen List anden niveau, blev disse ikke nulstillet korrekt. I nogle kredse kan dette kollidere GAMGI.
• Fundet og fjernet en fejl i Plan-> Opret og retning-> Opret: Pole og spor blev ikke oprettet simultaneosuly, hvis det kræves, kun én hver gang.
• Orbital-> Vælg fungerer nu. Lister over orbitaler kan kopieres, linkes, vælges, ændres, fjernes, som for andre objekter.
• Synced gamgi og gamgi_exp code branchs.
• Fixed Cell-> Link: Den arbejder (igen) fint for lister over celler, i objekt (over og under), krystal og tilfældige tilstande.
• Fundet og fjernet en simpel, men alvorlig fejl: Når flere vinduer var åbne, og en liste over objekter var aktiv og valgt som det aktuelle objekt, ville Reset (men ikke Exit) kollapse Gamgi.
• Celle- & gt; Tilfældig (RCP) fungerede ikke: erstattet af ældre kode. Cell-> Link kræver mere arbejde.
• Kompilere igen med -O3 flag.
• Løs en alvorlig fejl i alle objekt- & gt; Vælg-dialoger i metoderegionen: Når prøveudtagningsrektiklet ikke var helt inde i grafikområdet, ville nogle af de samplede farver være udefinerede, og GAMGI ville gå ned, når du trykker på Ok. Krasjene blev registreret for længe siden, men årsagen var uklar indtil nu.

Hvad er nyt i version 0.16.7:

• Synced gamgi / dat og gamgi_exp / dat data træer.
• Synced gamgi / doc og gamgi_exp / doc dokumentation træer.
• Synced gamgi / src og gamgi_exp / src kode træer.
• Faste flere GUI-fejl i Orbital- & gt; Modify.
• Fixed Orbital-> Rediger nedbrud: orbital-> prikker skal nulstilles til 0.
• www.gamgi.org og ftp.gamgi.org serveres nu fra en VM, der er vært på IT-centret på Lisboa Universitet. Forhåbentlig betyder det mere pålidelige forbindelser og mindre tid ned.
• Automatisk navneskift i Orbital- & gt; Modify fungerer fint nu.
• Automatisk navneskift i Atom- & gt; Modify fungerer fint nu.
• Implementeret automatisk navneskift i Atom-> Rediger.
• Implementeret automatisk navneskift i Orbital-> Rediger.
• Orbital- & gt; Modify arbejder nu for single orbitals. Lister over orbitaler skal fungere i den næste udgivelse.
• Oversættelse, Rotation, fungerer nu fint for Orbital-> Rediger.
• static_apply for Orbital- & gt; Modify er for det meste gjort.
• Afsluttet static_grab for Orbital-> Rediger.
• Tilføjet static_ok_global og static_ok_local for Orbital-> Rediger.
• Afsluttet static_press for Orbital-> Rediger.
• GUI-adfærd for Orbital- & gt; Modify er næsten fuldført.
• Startede arbejdet med Orbital-> Rediger og Orbital-> Vælg.
• Opdateret gamgi_mesa_pick.c og gamgi_mesa_grab.c for at tage højde for solide repræsentationer af orbitaler.
• Fixed a little bug i orbital axes mesa drawing code.
• Laguerre polynomier har en faktor r ** L (L = vinkelkvantumtal), der afbryder nøjagtigt med faktor 1 / r ** L i Legendre-funktionerne, så de matematiske beskrivelser af H-orbitalerne bliver meget enklere! Takket være Jose Luis Martins for at henvise mig til dette! For sådanne lave sandsynlighedstætheder (1E-6) er de numeriske problemer så følsomme, at de orbitaliske visuelle repræsentationer kommer lidt anderledes, selv for L = 1, efter denne forenkling.

Hvad er nyt i version 0.16.6:

• Synced gamgi / dat og gamgi_exp / dat kildekode træer.
• Synkroniseret gamgi / src og gamgi_exp / src kildekoden træer.
• Tilføjede skærmbilleder, der viser de nye repræsentationer for orbitaler.
• En smule øget theta, phi-nøjagtighed ved bestemmelse af den orbitale standardprøveudtagningsradius: testet mod (6,5, -5) orbital (6hy5).
• Debugged kode til udførelse af signalinterpolation i faste orbitaler. Fungerer fint nu! Dette var virkelig den sidste hindring for at have en verdensklasse orbital repræsentation i GAMGI! Tid til skærmbilleder! Fremadrettet vil vi forsøge at reducere antallet af hjørner, normaler og trekanter, og vi kan implementere Gorauld-skygger, men ingen af ​​dette vil ændre vores videnskabelige og visuelle evner. Et glas Port for at fejre!
• Implementeret en metode til udførelse af signalinterpolation i faste orbitaler for at løse problemet med signalændring, der er konstateret tidligere.
• Renset kode i gamgi_chem_orbital.c og gamgi_chem_orbital.h.
• Fixed a bug: Orbital sandsynlighedstætheden blev ikke eksporteret korrekt til XML-filer.
• Orbital-akser er nu enklere at bruge og har flere muligheder.
• Signalkoden virker nu: 3D-orbitaler ser virkelig fantastisk ud, men signalkoden skal raffineres, da manglen på interpolation resulterer i for meget visuel lyd, når signalet ændres.
• Fastgør koden for at bytte positive og negartive trekanter.
• Fastsatte signalinterpolationskoden i static_edge.
• Løst et interpolationsproblem relateret til den orbitale isosurface løgseffekt: kraftfraktion til [0,1] området.
• Fast orbital fast kode kant orientering: Dette er nødvendigt for nøjagtig interpolering.
• Faste numeriske unøjagtigheder: Bare en fejl, der opdeler terningerne (som i et 3D-skakbræt). Ser godt ud nu!
• Debugged den solid orbital 3D kode, synes at fungere fint, stadig med nogle numeriske usikkerheder i overfladen.

Hvad er nyt i version 0.16.5:

• Orbitalobjekter kan nu eksporteres, importeres til GAMGI native XML-filer. Erstat den rekursive static_outside rutine med en loop og stack version, og fjerner dermed en kritisk flaskehals i den faste orbitalkode. Fixed mem leaks i GTK kode, sintax fejl i objektvalg efter farve, advarsler på grund af ubrugte variabler mv.

Hvad er nyt i version 0.16.4:

• Synced gamgi og gamgi_exp kildeafdelinger.
• Opdateret make_local, for at inkludere stierne: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / inkluderer, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / inkluderet af Ubuntu.
• Løst en fejl i den nye faste orbitalkode: r-længdeprøven giver mening i den trådløse repræsentation, men ikke i den faste!
• Den nye rekursive kode virker for bitarrayer så store som 160x160x160, i værste fald.
• Den rekursive kode til at finde ydre overflader kolliderer for bitarrayer større end 50x50x50. Leder du efter et loop-alternativ.
• Orbitalkode: bølgefunktionsinterpolation til fremstilling af den trekantbaserede repræsentation virker rigtig godt.
• Den trekantbaserede 2D solide udførelse af plane overflader i H-baserede orbitaler er nu velprøvet og fungerer fint! Dette er afgørende for at opbygge en oktantbaseret repræsentation af disse orbitaler, hvor brugerne kan vælge hvilke oktanter der skal vises.
• Tilføjede nye spejle, http://atom.ist.utl.pt og ftp://atom.ist.utl.pt, til fremtiden vært gamgi.org.
• Tilføjede fyldige strukturer og informationsfiler til højtemperatur beta-kvarts, beta-cristobalit og beta-trydimit.
• Implementeret et nyt spejl: http://gamgi.ist.utl.pt/ eller http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Forenklet den måde, hvorpå H-Orbital-okanter er valgt i Wired-tilstand.
• For hver H-orbitale oktant skrev den topologiske kode for at opbygge alle de trekanter, der var nødvendige for at beskrive den ydre 3D-isosurface (tetra-cubes-algoritmen) plus de interne 2D-oktantiske grænser.
• For hver H-orbitale oktant skrev og testede den bit array kode, der var nødvendig for at fjerne de indre isofurfaces og kun vise den ydre.
• Forenklet den oktante binære kode i gamgi_chem_orbital.c.

Hvad er nyt i version 0.16.3:

• Forbedret læsbarhed i alle Objekt-> Kopier dialoger.
• Tilføjet dokumentation for Orbital-> Opret, Orbital-> Kopier, Orbital-> Link og Orbital-> Fjern.
• Opgraderet Hjælp-> Aktuel og Hjælp- & gt; Emne for tildeling af Orbital-> Opret, Orbital-> Kopi, Orbital-> Link, Orbital-> Fjern.
• Synced gamgi og gamgi_exp træer.
• Orbital-> Link fungerer nu fint (lister over orbitaler er endnu ikke implementeret).
• Løst en fejl i alle link_object.html-filer, hvilket resulterede i en GAMGI-fejlmeddelelse, da hjælpesubsystemet forsøgte at åbne en af ​​disse filer.
• Orbital-> Kopier fungerer nu fint (lister over orbitaler er endnu ikke implementeret).
• Orbital- & gt; Fjern fungerer nu fint (lister over orbitaler er endnu ikke implementeret).
• Startede opbygningen af ​​dialogerne Orbital-> Copy, Orbital-> Link og Orbital-> Fjern.
• Octants layoutet i dialogboksen Orbital-> Opret dialog er meget mere intuitivt nu.

Hvad er nyt i version 0.16.2:

• Synced gamgi / (med GtkGLExt) og gamgi_exp / (med GLX) versioner.
• Filtrerende volumenoktanter arbejder nu fint for H-orbitaler.
• Afsluttet søgning efter bedste standardværdier for H-baserede orbitaler. Standardtætheden er 1E-6, som er nødvendig for at vise alle regioner i 6s-orbitaler. Point er 50000 x n, hvilket er et rimeligt kompromis. Standardradius beregnes scanning fra den sidste maksimale i f2r2 radialtæthed, plus en 2,0 minimumslængde, indtil den maksimale tæthed (søgning på theta, phi) bliver lavere end standardtætheden.
• Forbedret, omdesignet Orbital- & gt; Opret dialogboks.
• H orbitaler arbejder nu fint i Gamgi. Ser nu efter de bedste standardværdier.
• Tilføjet al den kode, der er nødvendig for at opbygge og gøre H orbitaler.
• Optimeret H-kredsløbskode for hastighed.
• For alle hydrogenbaserede orbitaler fra n = 1 til 6 beregnes afstandene for radiale polinomia maxima.
• For alle hydrogenbaserede orbitaler fra n = 1 til 6 beregnes afstandene for radiale polinomia-nuller.
• Orbitalobjekter kan nu oprettes, skaleres (omkring det nuværende center), flyttes, roteres som enhver anden Gamgi-objekt.
• Afslutte dialogen Orbital-> Opret for at opbygge hydrogenbaserede orbitaler.
• Skrev den grafiske motor kode for at gøre hydrogenbaserede orbitaler i prikket tilstand.
• Tilføjet og testet s, p, d, f, g, h Hydrogenbaserede orbitaler for n = 6 i kartesiske x, y, z koordinater.

Krav :

• GTK +