Open Babel

Åbn Babel er en open source, samarbejdsorienteret, fri og multiplatform bibliotek software, der er designet til at fungere som en kemisk værktøjskasse specielt udviklet til at genkende mange sprog kemiske data. Det er simpelthen døbt & ldquo; The Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Features på en glanceWith Open Babel, vil brugere være i stand til at søge, analysere, konvertere og gemme data fra kemi, molekylær modellering, biokemi, samt andre relaterede områder. Det understøtter en bred vifte af almindelige kemiske filformater, herunder Mol2, SDF / MOL, FBF, XYZ, smil, og CML.
Desuden Open Babel giver et komplet programmør værktøjskasse, kemisk MIME support, kløgt matcher, fleksibel atom / bond Typer, sletning brint og derudover bitvector klasse, matrix og vektor transformationer, samt en molekylær test suite.Under hætten og Understøttede operativsystemer systemsOpen Babel er udelukkende skrevet i C ++ programmeringssprog. Det & rsquo; s ægte cross-platform software, der understøtter GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows og Mac OS X-operativsystemer. Både 32-bit og 64-bit computere er officielt understøttet på det tidspunkt at skrive this.Getting startede med Open BabelFirst fremmest vi stærkt anbefale dig at installere Open Babel ved hjælp af pre-bygget binære pakker fra standard software repositories for dit Linux-distribution. Hvis din GNU / Linux-system gør ikke & rsquo; t har Open Babel software i sine repos, så er du & rsquo; ll nødt til at oversætte og installation programmet ved hjælp af universelle kilder arkiv leveres på Softoware.
Download tar-arkiv (tar.gz arkiv), pakke den ud på et sted efter eget valg, skal du åbne en terminal emulator, navigere til den udpakkede mappe og kør & ldquo;. CMake & rdquo; kommando (uden anførselstegn) til at konfigurere projektet. Derefter skal du køre ldquo &; gøre & rdquo; kommando, uden citationstegn, selvfølgelig, at kompilere den. Sørg for, at den CMake værktøj installeret på dit operativsystem, før ovenstående instruktioner

Hvad er nyt i denne udgivelse:.

• Denne udgivelse er en stor bug-fix-release og bør være en stabil opgradering, stærkt anbefales til alle brugere af Open Babel. Mange fejl og forbedringer er blevet tilføjet i det sidste år siden 2.3.0 udgivelse.

Hvad er nyt i version 2.2.2:

• Denne udgivelse er en stor bug-fix release og er en stabil opgradering, stærkt anbefales til alle brugere af Open Babel. Selvom der måske ikke er mange nye funktioner, mange nedbrud og andre fejl er blevet rettet siden 2.2.1.
• opgraderet til den nye InChI 1,02 udgivelse til at producere standardiserede InChI og InChIKey output.
• Fast mange stereokemi fejl, når du læser / skriver smiler. Dette er en del af et større projekt, som vil være færdig i 2.3 udgivelse.
• Fast kompilering og installation på cygwin og MinGW platforme.
• Betydeligt forbedret aromaticitet og Kekule bond opgave.
• Forbedret 2D - & gt; 3D koordinere generation
• Forbedret koordinere generation ved hjælp af --gen3d kommandolinjen operation
• Forbedret ydeevne til koordinere generation.
• Ny --fillUC kommandolinjen operation for babel.
• Rettelser til pH-afhængig brint tilføjelse.
• Tilføjet understøttelse til læsning vibrationelle data fra Molden, Molpro og NWChem output-filer.
• Opdateret atomare radier fra de seneste teoretiske beregninger.
• Fixed bug, når du læser gzip-komprimeret Mol2 eller XML-filer.
• Luk filer efter en fejl. Løser en fejl med Pybel hvor filerne ville forblive åben.
• Mange flere fejlrettelser og små har forbedringer. == Nye filformater == Import & Export:
• Molpro input og output.
• VASP koordinere filer (CONTCAR og POSCAR).

Hvad er nyt i version 2.2.1:

• Forbedret scripting grænseflader, herunder Python 3 support og forbedret Java og C # support.
• Tilføjet understøttelse af MACCS fingeraftryk. Takket være RDKit projektet.
• Mange rettelser og forbedringer til kraftfelt kode. Navnlig bør UFF gennemførelse kraftfelt håndtere mange flere molekyler.
• Forbedret 3D koordinere generation, især med ring fragmenter. Du kan give dette en chance med obgen nytte.
• Rettet en række FBF import- fejl med atom-typer.
• Tilføjet understøttelse til læsning gebyrer og radier fra PQR filformater.
• Tilføjet understøttelse af læsning og skrivning enhed celler i FBF formater.
• Ny & quot; output & quot; filformat til at tage generisk & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, og & quot; .dat & quot; filer og læsning med passende filtype baseret på indhold. I øjeblikket fungerer særdeles godt for kvantekemi pakker.
• Tilføjet forbedret fejlhåndtering og rapportering, når ikke indlæse filformater.
• Forbedret CIF filformater.
• Mange, mange, mange flere fejlrettelser og små forbedringer.