CWC Simulator

CWC Simulator er et C ++ implementering af CWC, en calculus for repræsentation og simulering af biologiske systemer. & Nbsp; Efter en vellykket installation (se INSTALL) vil du være i stand til at køre simulationer end CWC modeller, som vist i nogle eksempler (se eksempler /).
(Kommando-line) grænseflade
Som en generisk bruger, skal du køre:

-i model.cwc
-o
-t
-s
-n
-c
--qt-tærskel
-q
-W
Hvor:
- er navnet på den eksekverbare (standard: scwc);
& Nbsp; - model.cwc er input CWC program (se eksempler);
& Nbsp; - statistik er output-filer præfiks;
& Nbsp; - er simuleringen-fristen;
& Nbsp; - er prøvetagningsperioden (dvs. 0,12 for at få 250 point med frist = 30);
& Nbsp; - er antallet af tilfælde af simulation;
& Nbsp; - er antallet af klynger for k-midler
& Nbsp; - er tærsklen for QT klyngedannelse
& Nbsp; - er antallet af fraktiler;
& Nbsp; - har som regel til at matche antallet af kerner i dit system (dvs. 4 for quad-core CPU).
Output
Værktøjet giver:
- Nogle .dat filer (stikprøven output af simuleringerne)
- Nogle gnuplot scripts til at tegne statistiske analysises
Vi arbejder på en omfattende brugsanvisning

Funktioner :.

• Gillespie SSA algoritme i CWC modeller
• Hybrid stokastiske / deterministiske semantik
• Flere tilfælde af simulering med online statistik
• Optimering til multicore arkitekturer baseret på FastFlow rammer
• Extensible statistiske ramme (middel-varians, filtreret klynger osv.)
• Flere vurdering semantik (masse action, Michaelis-Menten, Hill osv.)