tigreBrowser

tigreBrowser er en genekspression model browser til resultater fra tigre R-pakke (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installation:
tigreBrowser kræver Python version> = 2,5. tigreBrowser kan installeres med følgende kommando:
python setup.py installere
For flere oplysninger om installation python moduler (f.eks installation uden root for kun den aktuelle bruger), se http://docs.python.org/install/
Start server
Webserveren inkluderet i tigreBrowser skal køre for at kunne bruge det faktiske resultat browser.
Du skal bruge en database-fil genereret af tigre R-pakken (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Denne pakke indeholder en test database filen 'database.sqlite ", som kan bruges til at teste tigreBrowser. Testen Databasen blev genereret ved hjælp af instruktioner og eksempler data inkluderet i tigre pakken.
Execute tigreServer.py at starte den grafiske brugergrænseflade i serveren. For at starte resultatet browser, skal man først vælge en databasefil hvoraf resultaterne vil blive vist. Dette kan opnås ved at vælge 'Åbn database fil "og vælge en database fil. Databasefilen må ikke have skriverettigheder. Serveren kan så startes ved at klikke på "Start server". Når der klikkes, vises en etiket under knapperne for at vise webadressen på resultatet browser.
Resultatet browser er nu tilgængelig i den pågældende webadresse ved hjælp af en almindelig webbrowser. Oplysninger om brug af browseren er i næste afsnit af denne manual. Browseren er tilgængelig indtil serveren er stoppet med knappen 'Stop server.
tigreServer.py kan også bruges med en kommando-line interface. Start scriptet med "--help 'muligheden for flere detaljer.
Brug af browseren
Datasæt udvælgelse
Udvælgelsen datasæt bestemmer, hvilke resultater vil være synlig i resultaterne synlig og i hvilken rækkefølge. Eksperimentopsætningen valg anvendes til at vælge det sæt af eksperimenter. Kun resultater fra disse forsøg vil blive vist i listen.
Næste i udvælgelsen datasættet er udvælgelsen af ​​transskription faktor (TF), eller mål sæt, at afhængigt af, om resultatet browser er indstillet Målret ranking tilstand eller regulator ranking mode (se installation). I målet ranking tilstand, valg TF er til rådighed, og resultaterne notering indeholder resultater for forskellige mål med den givne TF. Regulator ranking tilstand er målet sæt valgt og notering vil vise resultater for forskellige regulatorer.
Da antallet af resultaterne kan være høj, kan resultaterne være opdelt i flere sider. "Antal gener per side" udvælgelse kan anvendes til at justere antallet af viste resultater. Det kan være nyttigt at reducere antallet af resultater, hvis siden indlæses langsomt på grund af stort antal billeder.
Endelig kan den rækkefølge, som resultaterne er vist ændres med "Sorter efter" valg. Resultaterne vil blive sorteret descendingly i det givne kriterium.
Filtrering
Resultaterne kan filtreres efter forskellige kriterier. Man kan for eksempel viser kun resultater for gener, der har z-score højere end en vis tærskel.
Det er muligt at kombinere flere kriterier, når filtrering. "[+]" Linket kan bruges til at tilføje et andet kriterium. Et kriterium kan ligeledes fjernes ved hjælp af "[-]" linket (ikke vist når der kun er ét kriterium). Når der anvendes flere kriterier, at et gen resultat skal opfylde alle de kriterier, der viste i listen.
Filtrering er aktiveret ved hjælp af "Anvend filtre" afkrydsningsfeltet.
Fremhævning
Hvis gener i databasen indeholde supplerende, kan resultaterne fremhæves ved hjælp af disse data. De tilgængelige fremhæve muligheder er vist med farverne forbundet til disse muligheder.
De fremhæver værker ved at vise farvede boksene nedenfor sonden navne i resultatet notering for gener, som har supplerende data, der matcher udvælgelsen.
Søg
Det er muligt at søge resultater for de givne gener. Søgningen virker ved at skrive kommasepareret liste af gen eller sonde navne til søgefeltet. Gen alias kan også anvendes som en søgning post.
Viser resultater
Resultaterne for den givne udvælgelse af datasæt, filtre, højdepunkter og søgningen vil blive vist, når "Send" knappen er klikket. Databasen vil derefter blive forespurgt til resultater, som matcher den givne markering. "Reset" knappen kan bruges til at rydde alle valg og tekstfelter.
Resultaterne notering indeholder flere kolonner. I første kolonne en sonde navn vises med en GENENAME forbundet med proben. Ved siden af ​​genet navn, er den genekspression figur hvis man er defineret i databasen. Følgende kolonne indeholder de faktiske resultater for gener. Supplerende data vises også her. Eksperiment tal vil blive vist sammen med resultat-værdier.
. Endelig eksperimentparametre, hvis der er indsat i databasen, vil blive vist som en tabel ved siden af ​​tallene

Krav :

• Python