Bedst Bioinformatik Til Linux
Genepidgin er en suite af Python-værktøjer, som hjælper i evaluerings- og tildeling gen produktnavne & nbsp; Der er tre primære komponenter.:genepidgin * renere *& Nbsp; standardiserer gen navne pr UniProt navngivning retningslinjergenepidgin *...
SKRIDT er en pakke for nøjagtig stokastisk simulering af reaktion-diffusions systemer vilkårligt komplekse 3D geometrier. Vores kerne simulation algoritme er en implementering af Gillespie s SSA, udvidet til at beskæftige sig med diffusion af molekyler...
TRMiner er en Python hjælpeprogram, der sigter mod videnskabelige data kuratorer. & Nbsp; Det gør det muligt hurtigt at beskære store samlinger af videnskabelige publikationer til sætninger er relevante for en given minedrift mål.Dette opnås i to trin....
Bioinformatik Benchmark System er et forsøg på at opbygge en rimelig test rammer, tests, og data, for at gøre det muligt for slutbrugere og leverandører til at undersøge effektiviteten af deres systemer.Det, vi forsøger at gøre, er at skabe en ramme til...
Staden Package er et fuldt udviklet sæt DNA-sekvens samling (Gap4), redigering og analyseværktøjer (Spin) for Unix, Linux, MacOSX og MS Windows.På Gap4 fronten har der været flere mindre sammenføjning relateredeforbedringer i hvordan det scorer joins Find...
AREM er en baseret på MACS (Model Based Analyse for chip-Seq data).High-throughput sekventering koblet til chromatin immuno udfældning (chip-Seq) er almindeligt anvendt til at karakterisere hele genomet bindende mønstre af transkriptionsfaktorer,...
seriesoftubes er en udvidet pipeline for Solexa chip seq data.Pakke Dokumentation
Krav :
...
MetagenomeDB er en Python-bibliotek designet til nemt at gemme, hente og anmærke metagenomisk sekvenser. & Nbsp; MetagenomeDB fungere som en abstraktion lag oven på en MongoDB database. Det giver en API til at oprette og redigere og forbinde to typer af...
Seal er en Python-modul, der giver sekvensalignment på Hadoop.Seal er en af MapReduce ansøgning om biologisk sekvensalignment. Det kører på Hadoop (http://hadoop.apache.org) gennem Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), en Python MapReduce og HDFS API...
MISO (Blanding af Isoformer) er en probabilistisk ramme skrevet i Python, der kvantificerer ekspressionsniveauet & nbsp; af alternativt splejsede gener fra RNA-Seq data, og identificerer differentielt regulerede isoformer eller exons tværs prøver.Ved at...
